1465年（成化元年）正月，明宪宗命都督同知赵辅为征蛮将军，都督佥事和勇为游击将军，擢浙江左参政韩雍为右佥都御史，赞理军务，率兵征讨。太监卢康、陈宣为监军，户部尚书薛远监督军饷，御史刘庆、汪霖负责军纪叙功。

同年六月，韩雍抵达南京，与诸将商议进兵方略，将领均称应当分兵进攻广东，然后再大军进入广西。韩雍则认为应当聚合部队直攻大藤峡，在击溃其心腹后再分兵追讨余众。随后大军以三万部队兼程而进。七月，大军抵达全州，韩雍并斩军中失律指挥李英等四人，使得军纪俨然。

九月，大军抵达桂林，韩雍与众将领商议派遣永顺、保靖及西江土兵十六万人，进攻藤峡两翼的修仁、荔浦，并生擒一千二百余人，斩首七千三百余级。

十一月，大军抵达浔州，当代父老乡亲进言建议屯兵围困；而韩雍则坚持主张趁胜追击，并分兵：以总兵欧信、参将孙骐、高瑞等帅六万八千人为右军，自象州、武宣分五道入攻其北；以都指挥白全、杨屿、张刚、王屺等帅九万二千人为左军，由桂林、平南分八道入攻其南；以参将孙震、指挥陈文章等守左江及龙山、五屯，防其逃跑；韩雍则与赵辅、和勇营高振岭以督诸军。

同年底，韩雍督诸将从四面并进，双方在山林中发生激烈交战；韩雍并用火攻，随后攻入山寨，并生擒侯大狗等七百八十余人，斩首三千二百余级，数月后归还。大藤峡原因山峡中有大滕，叛军可以藉助大藤在两岸悬崖峭壁通过。韩雍遂命斩断大藤，并改名为“断藤峡”。此后再派兵追捕余党，先后平定。

当时，大军由修仁、荔浦抵达大藤峡，其中有儒生里老数十百人，持香而跪称：“我们都被贼军而困久矣，不敢去进攻。现 在幸亏遇到天兵，我们这些良民愿意为先三军锋。”韩雍大怒，顾左右叱道：“这些都是贼的耳目，都捆绑了杀掉。”左右的人最初还怀疑韩雍为何杀良民，继而捆绑后从身上搜出利器，原来才知道这是离间。于是悉数枭首分尸并把肠胃刨出，挂在箐棘中，叛军看到后大惊沮丧。

韩雍领军威严，军门设铜鼓数千，仪节详密。当地三司官员拜见时，均慑悚长跪奏报。一日，大军在进攻顾峒时不克，韩雍求策，新会县县丞陶鲁（陶成之子），遂进言之只率领三百精兵就好。并选拔其中能举一百钧、箭射两百步的壮士，得二百五十名，数日后招足。由陶鲁率领训练，并杀牛犒劳、同甘共苦，人称陶家军。其所参加战役，无不率先登入，其所参加的战役无不所向匹敌。

平定之后，韩雍上奏建议设置郡县并派遣各处巡检、千户所，均得到批准采纳。于是改断藤峡设武靖州，命岑铎为知州，属浔州府。此后大军班师论功，升任韩雍左副都御史，赐文采币六，官一子锦衣镇抚。封赵辅为武靖伯，子孙世袭。

自成化年间，韩雍平定藤峡叛乱，百姓安居乐业二十余年。正德五年后，当初的叛军逐渐气焰嚣张，峡南之地更尤其强烈。总制都御史陈金，称这些蛮叛不过是为了点鱼盐的利益，于是与其约定，商船入峡者，计船大小给予鱼盐。最初此法可以通行，于是陈金改峡名永通。不久，诸蛮缘此益无所忌惮，于是开始大肆掠夺，稍微不满意的即杀害，遂为大寇。至此，王守仁抵达两广，定军田州，卢蘇、王受归降，但是两江父老遮道言断藤峡及八寨贼倡乱状。嘉靖六年五月，世宗起用新建伯王守仁以兵部尚书总制两广、江西、湖广军务，负责平定叛乱。

嘉靖七年二月，王守仁率湖广兵抵达南宁，而卢蘇、王受刚归降，愿意立功自赎。王守仁于是派遣大臣商议，并命湖广佥事汪溱、广西副使翁素、佥事吴天挺及参将张经、都指挥谢佩监湖广土兵，袭剿断藤峡叛军。此后仍然总督分永顺兵进剿牛肠等寨，保靖兵进剿六寺等寨，约好以四月初二各至抵达地点。

当时，叛军听闻明军檄湖广土兵抵达，均逃匿深险之中；又听闻卢蘇、王受归降，王守仁进驻南宁，故以为王守仁以散遣诸兵布阵，于是防备弛缓。至此，湖广兵皆偃旗卧鼓驰马抵达，与明军一同突进，四面夹击。叛军大败，于是退守保仙女大山，据险结寨。官军攀木缘崖仰攻，并随后连连攻破油榨、石壁、大陂等地，直击断藤峡。随后王守仁密檄诸将移兵剿仙台等贼，分永顺兵、保靖兵各自进剿，约定在五月十三日抵达巢穴。叛军退守永安力山，仍然被王守仁围困的大军进攻而大败，后溃军均为为防截参将沈希仪等所擒。至此，断藤叛军几乎全尽。

此役前后擒斩三千余人，两江彻底安定。王守仁班师，上疏举荐林富为都御史，巡抚其地，诸位将领各自均论功褒赏。

王守仁在讨平叛乱后，死于回乡的路上。而武靖州知州岑邦佐不能镇守驯辑民众，并私自接受贿赂，给予叛军庇护，至此滕峡以北叛军势力恢复并渐肆猖獗。其中头目侯胜海在弩滩作乱，被指挥潘翰臣诱杀。侯胜海之弟侯公丁在城下杀人，佥事邬阅、参议孙继武请都御史潘旦征讨，参将沈希仪阻挡称叛军不易占领，应该等春江水涨后以数千人从武宣顺流进攻，方能逮捕。而潘旦不听，于是派兵进攻，但是叛军逃去。

潘旦以为叛军已经离开，于是请设置城堡防守。沈希仪再次劝阻称叛军势力未被大创，兵威不振，立堡难守。潘旦不听，于是设置三百人镇守。随后叛军联合岑邦佐，侯公丁率领两千人夜袭城堡，杀死两百士兵。巡按御史诸演随后上奏，潘旦被撤销，改由兵部侍郎蔡经代任。

嘉靖十七年正月，蔡经集合部队商议发兵并问对策，副总兵张经称不足万人即可平定。沈希仪则称必须有八万人以上。副使翁万达则建议听从沈希仪。当时朝廷正欲征讨安南，此事遂定。

随后副使翁万达力请征讨侯公丁，并得到，御史邹尧臣赞同。蔡经于是会同安远侯柳珣决计发兵，并将部队事情归属翁万达指挥。翁万达正好得到百户许雄素通贼之事，于是命其戴罪立功。此外翁万达表面上庇护侯公丁，并逮捕缉拿起诉侯公丁的数人，斥责其引发嫌隙，故意麻醉侯公丁。此后命参议田汝成设计诱侯公丁入城，随后诱捕捕杀死。

此后，田汝成上奏请求乘胜追缴，恰逢沈希仪生病，于是分两路进攻，副使萧畹纪功，参政林士元及汝成督饷。张经商议欲以少兵进剿，略示威，不深入进攻，又欲舍紫荆诸处贼薮勿击。翁万达反对，并得到田汝成附议，于是张经改变策略。嘉靖十八年二月，两路部队一同进发。

左军共三万五千人，分六道进。副总兵张经率领，副使翁万达监军，南宁指挥王良辅、朱升、凌浦、柳浦、周新、孙文绣听从节制。王良辅由牛渚湾越武靖攻紫荆、姜老鼠诸巢 、朱升由三等村渡蓼水攻石门、黄泥岭诸巢 、柳浦由白沙湾攻道袍、梅岭诸巢 、凌浦由白沙湾攻大昂、小梅岭诸巢 、周维新由白沙湾攻藤冲、绿水冲诸巢 、孙文绣由藤峡夹攻大坑巢。

右军共共一万六千余人，分四道进。都指挥高乾率领，副使梁廷振监军，宾州指挥马文杰、王俊、戚振、吴国章归属。 马文杰由武宣攻碧滩、绿水诸巢； 王俊等由武宣入山攻罗渌、上峒； 戚振攻中峒； 吴国章攻下峒； 随后部队大进，叛军势力日益窘迫，并平定时平南县有小田、罗应、古陶、古思诸瑶族叛军。此外江南胡姓诸瑶归顺者亦千余人，藤峡尽平。同年三月班师。翁万达、田汝成等进言增加管辖并设置部队管理，大多建议得到蔡经的批准并上疏请求采纳。此后各位将领守臣皆升赏有别。

大藤峡起义是发生在广西的一次以瑶族为主的农民起义。这次起义规模较大，斗争范围较广，持续时间较长。