她的婆婆，丹麦的索菲·玛格达莱妮公主对她很好，因为她记得自己的婆婆、普鲁士的路易丝·乌尔丽克公主曾经对她多么不好。

弗里德里克和古斯塔夫四世·阿道夫之间的关系最初并不融洽。据说由于两人都缺乏经验，他们很难在性方面建立联系，这让国王很沮丧，并导致他对她表现出不耐烦的不满和猜疑，而内向的弗里德里克的害羞又让问题变得更加严重。这引起了国王的注意，尽管问题最终得到了解决，在接下来的婚姻生活中，弗里德里克几乎一直在怀孕。从她的角度来看，这对婚姻并没有好处，因为他们在性生活方面并不和谐：国王性欲旺盛，但不喜欢婚外性行为，有时在早上“进入王后的寝宫”后要耽搁几个小时，以至于王室会议成员不得不打断他，请求国王“为王后的健康着想”。弗里德里克对瑞典宫廷的性开放感到震惊和好奇，她在给母亲的信中说，她可能是那里唯一一个没有至少三四个情人的女人，据说她的侍女官既有男性情人，也有女性情人。

1799年第一个孩子出生后，国王和王后的关系得到了改善，此后他们过上了亲密和睦的家庭生活。据说国王对王后很有保护欲，并保护着她的性纯真。1800年，他解除了王后所有年轻侍女的职务，因为她们行为轻浮，取而代之的是年长的已婚侍女。六年后，当一个法国剧团在瑞典皇家歌剧院当着王后的面演出一出轻浮的戏剧时，国王将法国剧团流放，并关闭了歌剧院。

国王夫妇更喜欢在小巧的哈加宫中过着亲密的家庭生活，在那里他们与宫廷生活隔绝，只有一小群随从。弗里德里克用她娴熟的大键琴演奏逗乐了国王，据说她与小圈子的朋友们在一起时非常开心，尤其是在国王不在的时候。她与家人保持着密切的通信联系，1801年，她的父母在俄罗斯看望了她的姐姐后访问了瑞典。据说在这次访问期间，她受到了母亲的责备，因为她在公共场合表现得呆板而疏远，无法让自己受欢迎。这次访问以悲剧收场，她的父亲巴登大公储卡尔·路德维希因意外事故去世。

1805年，古斯塔夫四世·阿道夫加入反法同盟对抗拿破仑。他的战役进展不佳，法国占领了瑞典波美拉尼亚。1807年，俄罗斯与法国讲和。一年后，俄罗斯入侵瑞典统治的芬兰，试图迫使古斯塔夫·阿道夫加入拿破仑。短短几个月，芬兰几乎全部沦陷于俄罗斯之手。1809年，瑞典将瑞典东部三分之一的领土交给俄罗斯，俄罗斯帝国内的自治芬兰大公国成立。

受芬兰的影响，一群贵族发动政变废黜了古斯塔夫四世·阿道夫。1809年，他在斯德哥尔摩王宫被俘，被囚禁在格里普斯霍尔姆城堡，并于5月10日被废黜，改由他的叔叔继位，后者于6月6日成为瑞典国王卡尔十三世。

1809年12月6日，前国王一家分乘三辆马车离开瑞典。古斯塔夫·阿道夫和弗里德里克乘坐一辆马车，他们的儿子古斯塔夫乘坐第二辆马车，他们的女儿和家庭教师乘坐最后一辆马车。如果弗里德里克单独出行，她将得到巴登家族成员应有的一切礼遇，但她拒绝了，没有带任何朝臣，只带了她的德国侍女伊丽莎白·弗雷德林。12月6日，一家人从卡尔斯克鲁纳乘船前往德国。

他们最终定居在巴登，然而当两人成为私人关系后，他们之间的矛盾立即体现在对生活方式的不同看法上。古斯塔夫·阿道夫希望在斯勒斯维格或瑞士的摩拉维亚教会的一个会众中过简单的家庭生活，而弗里德里克则希望定居在博登湖的梅尔斯堡宫殿中，这是她的家族给予她的权利。

这对夫妇曾两次试图当面和解，但和好的尝试没有成功。1811年，古斯塔夫·阿道夫与她的母亲弗里德里克·阿玛莉进行了离婚谈判，表示他希望能够再婚。弗里德里克不愿意离婚，她的母亲建议古斯塔夫·阿道夫缔结秘密的贵庶通婚，以避免离婚的丑闻。古斯塔夫·阿道夫同意了这一建议，但由于他们不知道该如何安排，最终于1812年2月正式离婚。在离婚协议中，古斯塔夫·阿道夫放弃了他在瑞典国内外的所有财产，以及在他母亲之后以继承权形式继承给子女的未来财产；他还放弃了对子女的监护权。两年后，弗里德里克将她的孩子们交由她的姐夫、俄罗斯皇帝亚历山大一世监护。弗里德里克通过书信与瑞典王后海德维希·伊丽莎白·夏洛特（她将自己在瑞典的经济利益托付给了夏洛特王后）以及前婆婆保持联系，虽然她没有直接与古斯塔夫·阿道夫接触，但她一直在了解他的生活，并经常在他不知情的情况下为他的经济提供资助。

弗里德里克定居在巴登的布鲁赫萨尔城堡，还在巴登购置了其他几处宅邸，以及瑞士洛桑郊外的一座乡村别墅维拉蒙。从1814年起，她大部分时间都在卡尔斯鲁厄宫廷中度过，还经常周游德国、瑞士和意大利，并以她在黑森获得的一处废墟为名，使用伊特堡女伯爵这个名字。据她的侍女们说，她拒绝了前妹夫不伦瑞克-沃尔芬比特尔公爵弗里德里希·威廉和普鲁士国王弗里德里希·威廉三世的求婚。

1819年，她的女儿索菲亚·威廉明娜嫁给了巴登的继承人、弗里德里克的叔父（她父亲同父异母的弟弟）、未来的巴登大公利奥波德一世。

她的晚年因身体衰弱而备受折磨。1826年9月25日，她因心脏病在洛桑去世，享年45岁。她被安葬在德国普福尔茨海姆的教堂。