嘉靖十五年（1536），与副总兵何卿共同平定深沟诸砦番。

嘉靖十六年（1537），丁生母忧。升贵州左参政，没有上任。

嘉靖二十年（1541），服阙，补山东左参政。

嘉靖二十二年（1543），升云南按察使。

嘉靖二十三年（1544），升山东右布政使。

嘉靖二十四年（1545），升广东左布政使。封川奏捷，附名荐章，赐白金。

嘉靖二十五年（1546），擢右副都御史，巡抚南赣，提督汀州、漳州等处地方军务。

嘉靖二十六年（1547），改任提督浙江、福建海防军务，巡抚浙江，防御倭寇。明朝初年，明太祖曾经定制，片板不许入海。天下承平已久，奸民私自出入，勾结日本人及佛郎机（西班牙、葡萄牙）诸国互市。福建人李光头、歙县人许栋占据宁波的双屿，管理其质契，有势的人家维护支持他们，漳州、泉州的这种家庭比较多，有的还与他们通婚。这些人假借济渡为名，造双桅大船，运载违禁物，将吏不敢追查。有的人欠他们的债，许栋等人就引诱他们攻打抢劫。欠债的人威胁说将吏要逮捕驱逐他们，泄露出征时间让他们离去，期望他日偿还。到期后，仍然像以前一样欠债。倭寇非常怨恨，加深了与许栋等人合作。而浙江、福建海防长久毁坏，战船、哨船十艘只剩下一两艘，漳、泉巡检司弓箭兵旧额二千五百多人，现在只有千人。倭人抢劫掠夺总是得志，更加无所顾忌，来进行抢掠的接踵不断。

朱纨巡视海道，采纳了佥事项高及士民言，说不革渡船则海道不可清，不严保甲则海防不可复，上疏具列其状。于是革渡船，严保甲，搜捕奸民。他首先从海上贸易的交通工具入手。下令各寨、澳、巡司，民船以载重量三百石、长四丈、宽一丈二尺、吃水深度六尺为限，过限民船必须在半个月之内到官府注册。对违式大船(包括所有民间双桅以上大船)，下令酌情付给官银，全部“承买编号在官”，且所编字号要大书，深刻桅下横木，以防调换，以备点检。已在官府注册的民船，仍令原主驾驶看守，但由官府统一管制调用。在此限以内的民船，则仍令其在海上往来谋生，但不许其假借乡官旗号出人，官府亦不予编号。其次，朱纨又从人员的管理入手，强化了保甲制度。他认为：“惟沿海官兵保甲，严加防范，使贼船不得近港湾泊，小船不得出港接济。贼船在海久，当自困，相机追击，乃胜算耳。”保甲制度推行不久就收到了显著的成效，“旬月之间，虽月港、云霄、诏安、梅岭等处，素称难制，俱就约束”。为了加强对走私行为的打击力度，朱纨还利用明世宗特批的“便宜行事”之权，对走私行为施以重典。他要求属下对佛郎机、倭寇、中国海盗，以剿灭斩杀为主，以安抚为辅。除此之外，朱纨还集中力量整顿军队，加强海防。他设置了一些军事防御设施，添置了战船，并培养了一支训练有素的部队。经过一番整顿，闽浙沿海气象一新，沿海居民私自下海的情况大为减少。

福建人以海为衣食父母，突然丧失重利，即使是士大夫之家，也觉不便，想阻止破坏这种制度。朱纨讨平覆鼎山的叛贼。

嘉靖二十七年（1548），朱纨准备进攻双屿，派遣按察副使柯乔、都指挥黎秀分驻漳州、泉州、福宁，阻断敌人的逃路，派遣都司卢镗率福清兵由海门进。而日本贡使周良违背旧约，以六百人先至。朱纨奉诏对此进行灵活处理。估计不可能推却，于是要周良自我表明，并且下不为例。命人登记他们的船，将周良引进宁波宾馆。奸民投书激变，朱纨防范甚密，使他们的诡计不能得逞。夏天四月，卢镗在九山洋遇到敌贼，俘虏日本国人天稽，许栋也被擒。许栋的同党汪直等人收集余众逃遁，卢镗筑塞双屿后回来。番船后到的不能进入双屿，分别停泊在南麂岛、礁门岛、青山岛、下八岛诸岛。

地方豪强既然失利，就公开扬言被擒的人都是良民，不是贼党，以此来蛊惑人心。又挟制有司，轻的按胁从被掳的罪名加以处理，严重犯罪的则按强盗拒捕的法律处理。朱纨上疏说“：现在海禁分明，不知由什么原因被掳，由什么原因胁从。如果以引进番导来寇为强盗，海洋敌对为拒捕，我很愚昧，实在不能理解。”于是朝廷让他不须请示灵活处置、杀戮。

朱纨执法严厉，地方豪强皆惧。贡使周良安插已定，福建人林懋和任主客司，宣言应当放他回去。朱纨因为中国制驭诸番，应当遵守大信，谏争得很强烈。就说：“除去外国强盗容易，除中国强盗困难。除去中国濒海的强盗还容易，除去中国衣寇的强盗特别困难。”福建、浙江的人更加恨他，竟勒令周良还泊海屿，以等候贡期。吏部采用御史、福建人周亮和给事中叶镗的话，上奏改朱纨为巡视，以减少他的权力。

嘉靖二十八年（1549）春，朱纨愤怒，上疏说：“我整顿海防，稍有次第，周亮想侵削我的权力，致使我管的官吏不肯听我的命令。”既而又陈述明国事、正宪体、定纪纲、扼要害、除祸本、重决断六事，语言多有愤激。中朝士大夫先听进浙江、福建人的话，也有不喜欢朱纨的人。

朱纨起初讨伐温、盘、南麂诸贼，连战三月，大破之，还平处州矿盗。三月，佛郎机国人到诏安进行劫掠。朱纨攻击擒获他们的头领李光头等九十六人，又用相机处理之法将他们杀戮。并将情况报告给皇帝，语言中又侵犯了诸势豪之家。兵部侍郎詹荣、巡按福建御史陈九德、兵部尚书翁万达等人相继弹劾朱纨擅自杀戮。于是免去朱纨的官职，命令兵科都给事中杜汝祯考察审问。朱纨听说后，慷慨流涕说：“我贫穷而且有病，又意气自负，不能对簿公堂。纵使皇帝不想杀我，福建、浙江人一定会杀我。我死，自己解决，不须他人。”写墓志，作绝命词，饮药而死。

嘉靖二十九年(1550)，给事中杜汝祯、巡按御史陈宗夔回来，说是奸民商贩拒捕，没有僭号流劫之事，问朱纨擅杀之罪。明世宗下诏令逮捕朱纨，朱纨在这以前已经死了。柯乔、卢镗等人一并被处死刑。

自从朱纨死后，罢去巡视大臣官职不设，朝廷内外都摇手不敢说海禁方面的事。浙江卫所四十一个，战船四百三十九艘，军籍尽为耗散。朱纨将福清捕获的盗船四十多艘，分布在海道，在台州海门卫的有十四艘，作为黄岩的外部屏障。副使丁湛全部将它们遣散，撤消防备放开海禁。不久，海寇大作，荼毒东南有十多年。

《明史》：①纨清强峭直，勇于任事。欲为国家杜乱源，乃为势家构陷，朝野太息。②朱纨欲严海禁，以绝盗源，其论甚正。顾指斥士大夫，令不能堪，卒为所龁龉，愤惋以死。气质之为累，悲夫！当寇患孔炽，扑灭惟恐不尽，便宜行诛，自其职尔，而以为罪，则任法之过也。

朱纨提督浙、闽海防军务期间，在闽浙沿海厉行保甲连坐制度，大力整顿海防。嘉靖二十七年（1548）派都司卢镗攻克倭寇巢穴双屿港，又在次年令卢镗在走马溪击败有葡萄牙人参与的海盗，取得走马溪大捷。

初到闽浙，朱纨很快就发现，所谓的“倭寇”其实并非明朝初年那样的日本海盗。除极少数被雇来武装押运的日本浪人外，绝大多数都是闽浙沿海靠海外贸易求生的中国人。因为承平日久，生齿日繁，闽浙沿海的人口压力十分显著。而宋元以来数百年的海上贸易已经成为东南沿海居民最重要的求生之路。即使在严禁海外贸易的明朝，这种生活方式也没有改变。只要海禁稍有松懈，走私贸易就会蓬勃发展，以至于闽浙沿海几乎家家户户都涉足走私贸易，从而也或直接或间接的与“倭寇”有关。

但对于走私贸易的历史和原因，朱纨没有丝毫兴趣。他只关心如何才能彻底铲除“倭寇”。在他看来，当地百姓与“倭寇”的密切联系正是“倭寇”屡禁不绝的根本原因。他在《甓余杂集》中点名批评林希元等地方官绅，“不惜名检，招亡纳叛，广布爪牙，武断乡曲，把持官府。下海通番之人，借其赀本、藉其人船，动称某府出入无忌，船货回还，先除原借，本利相对，其余赃物平分”。

确如其言，以林希元为代表的闽浙官绅确实与走私集团有着千丝万缕的关系。但他们并不是朱纨所说的“武断乡曲，把持官府”的土豪劣绅。据《明史》记载，比朱纨年长十一岁的林希元，早其四年考中进士，曾经官至南京大理寺卿。嘉靖二十年(1542年)被黜归籍，回乡精研理学。虽然仕途坎坷，但其著述宏富，被誉为明朝“理学名臣”。

与朱纨只管埋头做官不同，林希元十分关注国计民生。他自幼生长在福建海滨，对家乡百姓泛海求生的艰辛深有体会，因而对求食海上的走私贸易有着深切的理解与同情。在他看来，保护和资助当地百姓下海通番，甚至从中获利虽不合于天朝法度，但绝不是什么伤天害理的事情。

但在朱纨眼里，凡是违背朝廷法度的事情都是作奸犯科，必须加以革除。既然朝廷明令禁止沿海百姓私自泛海通番，就必须彻底禁绝。而这项政策是否合理，执行之后会不会断了数百万百姓的生计，则不在其考虑之中。

于是，坚决执行海禁政策的朱纨与主张通海的林希元及闽浙百姓形成了尖锐的矛盾。朱纨很清楚，如果没有嘉靖皇帝的鼎力支持，自己的任何行动都不免于失败。于是，他特地向朝廷申请，赋予他“从宜处之”的特权。得到了嘉靖皇帝的有力支持，朱纨开始了雷厉风行的治倭行动。

子：朱贞元，郡庠生。

子：朱贞介、朱贞则、朱贞固、朱贞孚、朱贞训，邑庠生。

孙：朱篆、朱符、朱简、朱签、朱簴、朱篇、朱簵。

《明史·卷二百五·列传第九十三》

《国朝献徵录·卷之六十二》