·1999年5月，启动嗜热菌的全基因组测序，开始大规模基因组测序平台建设。

·1999年7月14日，为承担人类基因组计划“中国部分”，北京华大基因研究中心正式成立。

·1999年6月6日，国际人类基因组组织在网上公布了中国加入国际测序组织的注册，标志着我国成为继美、英、日、德、法后第六个加入该组织的国家。中国承担的人类基因组计划由华大基因、国家基因组南方中心、北方中心共同承担并完成。

·1999年9月9日9时9分9秒华大基因全体员工在北京空港工业区B区6号楼3层举办北京华大基因研究中心成立大会，确立9月9日为华大基因的庆典日。

2000年

·2000年4月26日，华大基因与袁隆平院士、中国科学院遗传所朱立煌研究员签署《中国杂交水稻基因组大规模随机测序及应用》合作协议。

·2000年6月26日，参与国际人类基因组计划的美国、英国、德国、日本、法国和中国等六国16个中心联合宣布，人类有史以来第一个基因组“工作框架图”已经绘制完成。

·2000年6月28日，国家主席江泽民就人类基因组计划“工作框架图”完成发表讲话。江泽民指出，人类基因组计划是人类科学史上的伟大科学工程，向中国参与这一工作并作出杰出贡献的科学家和技术人员表示衷心的感谢，希望我国科学家再接再厉，为人类基因组最终序列图的完成，为我国在功能基因组学中的创新研究，作出更大的贡献。

·2000年，“人类基因组工作框架图完成”被评为2000年世界十大科技进展新闻第一位、中国十大科技进展新闻第四位。

·2000年10月18-20日，丹麦科学家来华大基因就家猪基因组合作项目举行正式会谈，并签订家猪基因组合作研究项目书。

2001年

·2001年1月21日， “杭州华大基因研发中心”在杭州市西湖湖畔召开成立大会。

·2001年2月15日，世界著名《Nature》杂志发表封面文章“人类基因组的初步测序及分析 ”一文。该论文是人类基因组计划所取得的重要成果。

·2001年4月30日，国务院副总理李岚清在科技部部长徐冠华、中科院院长路甬祥的陪同下考察了华大基因。

·2001年8月26日，国际人类基因组计划中国部分“完成图”提前两年绘制完成并通过国家科学技术部、中国科学院、国家自然基金委验收。

·2001年8月28日，国家主席江泽民在中南海接见了来华参加国际人类基因组会议的五国科学家代表和华大基因杨焕明、汪建等，陪同的还有中科院、国家相关部委的部分负责人。

·2001年10月12日，中科院、国家计委、科技部联合宣布：中国率先在世界上完成了水稻（籼稻）基因组的“工作框架图”和数据库。

2002年

·2002年1月23日，人类基因组工作框架图“中国卷”、水稻（籼稻）基因组“工作框架图”荣获由两院院士投票评出的 2001 年度中国十大科技进展，名列第二、三位。

·2002年3月，国家发改委批准成立中科院领导下的、依托华大基因建设的生物信息系统工程国家工程研究中心。

·2002年4月5日，美国《科学》杂志以封面文章的形式发表中国水稻（籼稻）基因组工作框架图学术论文。

·2002年，美、中、加、日、英、尼日利亚等国发起国际人类基因组单体型图计划。华大基因牵头中华协作组，承担约占总计划10%的工作。

·2002年，腾冲嗜热菌基因组研究成果发表在2002年5月号《Genome Research》杂志上，这是第一次以中国科学家名义在国际上发表微生物全基因组的论文。

·2002年6月，华大基因在《Genome Research》上发表单双子叶植物中基因组分趋势学术论文。

·2002年11月11日，华大基因杨焕明被享有世界声誉的《科学美国人》杂志评为“2002年度全球科研领袖”。

·2002年，“水稻（籼稻）基因组测序完成”被美国《科学》列为“ 2002年度全球十大科技成就”第三项，“中国籼稻基因组精细图完成”被评为中国十大科技进展新闻第一位。

2003年

·2003年4月14日，六国首脑共同宣布人类基因组测序胜利完成。

·2003年 4 月，华大基因自发地投入到抗 SARS 研究，开展了有针对性的 SARS 病毒全基因组测序分析、蛋白质分析、检测试剂盒、抗 SARS 药物筛选等多方面的系统研究。

·2003年华大在国内第一个破译四株 SARS 病毒全基因组序列；在此基础上研制了SARS的诊断用抗原、抗体和相关标记物；同时研发的酶联免疫检测试剂盒问世； 成为世界首个SARS的诊断试剂。

·2003年4月20日， 中共中央总书记、国家主席胡锦涛在中科院院长路甬祥、副院长陈竺的陪同下考察了研究所和华大基因，对在防治非典型肺炎斗争中取得重大科技成果的科研人员表 示衷心感谢和崇高敬意，勉励科研人员再接再厉、坚定信心，继续发扬爱国奉献、勇攀高峰、为民造福的精神，为战胜疫病、保护人民的身体健康和生命安全作出更 大的贡献；称赞科研人员“想中央之所想，急人民之所急，办群众之所需”。

·2003年6月1日，与西南农大合作启动中国家蚕基因组计划，9月18日完成工作框架图。

·2003年11月28日中编委批准成立中科院北京基因组研究所。

2004年

·2004年1月12日， SARS科技攻关项目荣获中国科学院院士和中国工程院院士投票评选的“2003 年中国十大科技进展新闻和世界十大科技进展 ”，名列第三位。

·2004年3月1日，鸡基因组多态图宣告完成。

·2004年5月21日,禽流感病毒基因组测序，同时开发出了相应的检测试剂盒。

·2004年9月28日，《科技日报》特别策划隆重推出了中国科技55周年55个第一，“第一张人类基因组序列图成功绘制，我国承担1%项目”、“第一张水稻基因组精细图绘制完成”、“第一次绘制完成家蚕基因组框架图”名列其中。

·2004年11月2日，中科院领导下中科院北京基因组为代表的、依托北京华大基因研究中心建设的生物信息系统工程国家工程研究中心通过中科院组织的专家验收。

·2004年11月3日 国务委员陈至立、全国人大常委会副委员长、中科院院长路甬祥、科技部部长徐冠华、国务院副秘书长陈进玉、国务院秘书三局局长张崇和、国务院发展研究中心、著名经济学家胡和立、科技部基础司司长张先恩以及国务院、中科院、科技部等有关方面负责人来到我所/中心视察工作。

·2004年12月9日，中科院召开“国际鸡基因组计划完成成果新闻发布会”，其主题科学论文发表于12月9日出版的《自然》杂志。

·2004年12月30日 印度洋发生海啸，代表中国政府、由华大方瑞派出了一支海啸遇难人员DNA鉴定救援组赶赴泰国海啸灾区参与救援。

·2004年，家蚕、家鸡文章分别发表于《Science》、《Nature》（封面文章）。

2005年

·2005年2月19日，华大基因赴DNA遇难者鉴定小组获得由全国总工会和北京市总工会颁发的劳动奖状。

·2005年2月1日，水稻基因组计划“精细图”研究成果论文文章发表在《PLoS Biology》2005年第3卷第2期上。

·2005年7月1日，由华大方瑞完成的海啸遇难人员DNA检测结果由国务院总理温家宝、中科院院长路甬祥代表中国政府移交给泰国总理他信。

·2005年10月27日，国际人类单体型图计划成果以封面文章的发表在英国杂志《自然》上。被《Science》评为2005年全球十大科学进展第一位。

2006年

·2006年10月18日，DNA双螺旋结构发现者参观访问。

·2006年10月23日，为期3天的“2006年国际基因组学大会”今晚在杭州西子湖畔正式拉开帷幕。

2007年

·2007年4月， 深圳华大基因研究院正式在深圳市民政局登记注册。

·2007年10月11日，深圳华大基因研究院完成绘制“第一个中国人基因组图谱”，并召开新闻发布会。

·2007年10月30日，国际基因组学大会于深圳市大梅沙喜来登酒店顺利开幕，会议为期四天。

·2007年12月，《Science》杂志报道深圳华大基因研究院“第一个中国人基因图谱”工作，并于20日公布了2007年十大科学进展，“人类基因组个体差异”领域的研究进展名列第一，研究院“第一个黄种人全基因组标准图”是这一领域的重要贡献；

·“绘制完成第一个黄种人基因组图谱”入选科技日报社“2007年国内十大科技新闻”。

·2007年12月27日，杨焕明当选为中国科学院院士。

2008年

·2008年1月5日，正式启动“炎黄99”计划。

·2008年1月22日，由中国、英国和美国的科学家组成的“国际协作组”在深圳、伦敦和华盛顿同时宣布国际“千人基因组计划”正式启动。

·2008年3月6日，宣布正式启动“国际大熊猫基因组计划”。

·2008年3月10日，深圳华大基因研究院与深圳大学合作成立“深圳大学医学院华大基因研究院”。

·2008年3月21日， 广东省委副书记、深圳市市委书记刘玉浦，深圳市委副书记白天，深圳市政协副主席张效民，盐田区区委书记陈治华，区长袁宝成等一行视察深圳华大基因研究院。

·2008年5月18日至6月2日，华大基因地震灾后疾控工作组赴四川地震灾区参与到“5·12汶川地震”灾后重建工作，监测可能的突发卫生和传染病事件。

·2008年6月19日，深圳华大基因研究院被深圳市政府批准成为事业单位。

·2008年10月11日，“大熊猫基因组序列图谱完成及手工克隆猪诞生”新闻发布会在深圳召开。

·2008年11月2日至11月5日，2008年国际基因组学大会在中国香港和深圳举行。

·2008年11月6日，第一个亚洲人基因组图谱（“炎黄一号”）以封面故事形式发表在英国《自然》杂志上。

·2008年11月7日，“第一个亚洲人基因组图谱在《自然》杂志发表专题成果发布会”在深圳召开。

·2008年12月28日，“首张大熊猫基因组序列图谱绘制完成”入选“2008年国内十大科技新闻”。

2009年

·2009年1月18日，“首个中国人基因组序列研究成果发表”入选“2008年中国十大科技进展新闻”。

·2009年2月17日，中丹癌症研究中心揭牌仪式在深圳华大基因研究院举行。

·2009年03月12日，华南理工大学与深圳华大基因研究院“基因组科学创新班”成立。

·2009年03月20日，“华大基因香港研发中心”揭牌仪式在香港科技园举行。

·2009年03月20日，香港中文大学与深圳华大基因研究院成立「中‧华‧基因组研究中心」协议签署仪式。

·2009年04月24日，“世界三极”特殊环境动物基因组计划新闻发布在深圳华大基因研究院举行。

·2009年04月30日，BIONET第四届研讨“Biobank和个体基因组学——中欧合作的前景和挑战”会在深圳举行。

·2009年06月05日，新型甲型H1N1流感病毒快速检测试剂通过科技部预审。

·2009年06月10日，863计划“功能基因组和蛋白质组技术发展战略研讨会”在深圳召开，与会院士专家参观华大基因。

·2009年06月26日，华大论文《SNP detection for massively parallel whole-genome resequencing》于近期被Nature China《自然中国》选为来自中国大陆和香港的突出科学研究成果。

·2009年7月20日，由深圳华大基因研究院和北京青少年科技俱乐部活动委员会主办的“探索生命奥秘”科技夏令营及华大基因“基因组与生物信息学”暑期班开班授旗仪式在深圳华大基因研究院举行。

·2009年8月1日，“万种微生物基因组计划发起及发展战略研讨会”在深圳华大基因研究院报告厅召开。新闻发布会上，杨焕明院士宣布“万种微生物基因组计划”正式启动。

·2009年8月28日，由深圳华大基因研究院与西南大学合作的研究成果“40个基因组的重测序揭示了蚕的驯化事件及驯化相关基因”在国际著名学术杂志《科学》上发表。

·2009年9月9日，《自然》在其生物技术分刊《自然-生物技术》（nature biotechnology）发表了深圳华大基因研究院研究成果《更快的人类基因组测序》。

·2009年10月15日，2009年基因组学本科创新教育研讨会在深圳华大基因研究院召开。

·2009年11月1日，国际黄瓜基因组计划学术论文在著名的《自然遗传学》（Nature Genetics）杂志在线发表。该计划是由中国农业科学院蔬菜花卉研究所于2007年初发起并组织，由深圳华大基因研究院承担基因组测序和组装等技术工作。

·2009年11月3日至5日，第四届国际基因组学大会在深圳召开。

·2009年12月7日，《自然》在其生物技术分刊《Nature Biotechnology》发表了由深圳华大基因研究院领衔，华南理工大学主要参与的合作研究成果《构建人类泛基因组序列图谱》。

·2009年12月13日，《自然》杂志刊登了由深圳华大基因研究院领衔，中国科学院昆明动物研究所，中国科学院动物研究所，成都大熊猫繁育研究基地和中国保护大熊猫研究中心参与的合作研究成果《大熊猫基因组》。

·2009年12月25日，由青海大学和深圳华大基因研究院共同发起并承担的藏羚羊基因组序列图谱在青海大学医学院宣告绘制完成。

·2009年12月28日，华大基因以《构建人类泛基因组序列图谱》中首次提出“人类泛基因组”概念入选“2009国内十大科技新闻”。华大基因自成立始先后已有六项科技成果被《科技日报》评为“国内十大科技新闻”。

2016年1月4日，中国科学院昆明动物研究所和华大基因等合作完成了中国洞穴鱼类金线鲃全基因组研究，研究成果发表在BMC系列旗舰刊物BMC Biology上。

2016年1月17日，华大基因与贵州省铜仁市签署合作框架协议。

2016年1月19日，华大基因（DD）健康体验中心落成并试营业。

2016年2月23日，华大基因宣布其在阿里云计算平台部署的服务产品BGI Online国内beta版本正式上线。

2016年2月29日，华大基因发起罕见病公益活动，为罕见病患者提供免费基因检测及遗传咨询。

2016年3月1日，黔西南州人民政府与深圳华大基因股份有限公司联手打造“黔西南模式”启动暨签约仪式举行。

2016年3月3日，华大基因联合全国范围内共58家医疗机构开展“基因检测，爱耳防聋”系列公益活动，在各地开展基因科技临床应用相关的免费咨询服务，并向合作医疗机构提供5000个免费耳聋基因检测服务。

2016年3月，广州医科大学第一附属医院联手华大基因，率先联合实现肺癌多基因突变检测，文章发表在并在《自然》杂志子刊《Scientific Reports》。

2016年3月15日，华大法医物证司法鉴定所正式成立。

2016年3月20日，“无创产前基因检测技术研究及临床应用”专家研讨会暨“百万信赖，感恩有你”分享会在深圳举行。

2016年3月21日，华大基因与澳大利亚Think Queensland机构在华大基因深圳总部签署了合作备忘录，双方将共同探讨如何提高昆士兰和澳大利亚在生物医学创新和农业科技领域的合作。

2016年3月29日，华大农业集团成立暨精准农业创新发展论坛在深圳举行。

2016年4月9日，2016中国（深圳）女子马拉松在深圳罗湖区举行，华大基因为2016深圳女子马拉松提供运动健康技术支持。

2016年4月10日，基因组云计算技术开发者大会在深圳召开，会上也正式发布了“中国生物信息云计算产业联盟”倡议。

2016年4月19日，保定市政府与华大基因签署战略合作协议，双方将在医学、农业等方向开展相关合作。

2016年4月25日，前盖茨基金会全球健康总裁、葛兰素史克制药公司研发主席Tadataka Yamada出任华大基因国际精准医学联盟专家委员会主席。

2016年5月8日，华大基因启动“阳光计划”：免费为深圳地区重型地贫家庭提供高分辨HLA配型基因检测，让更多地贫家庭受惠于基因科技，活动为期一年。

2016年5月11日，全球最大的基因组学研发机构华大基因与华盛顿大学医学院在深圳正式签署合作备忘录。双方将开展生物医学技术合作，共同推进常见和罕见疾病的精准诊断与防治。

2016年5月11日，华大基因与华盛顿州立大学正式签署农业基础和应用研究合作备忘录。

2016年5月16日，华大基因与新加坡液体活检创新产品提供商Clearbridge BioMedics公司签署战略合作协议，共同推动中国地区的循环肿瘤细胞（circulating tumor cell，CTC）液体活检技术应用。

2016年5月18日，佛山市人民政府与深圳华大基因科技有限公司战略合作协议签约仪式在佛山举行。

2016年5月18日，华大基因与温哥华前列腺中心开展精准医学合作，改善前列腺癌患者治疗效果。

2016年5月19日，中港国际医疗中心成立。

2016年5月24日，华大基因与安徽医科大学共同完成中国人群MHC遗传变异图谱，此举将对复杂疾病的精准医学研究起重要作用。

2016年5月27日，华大基因发布测序应用整体解决方案BGISEQ-500n，全球首次大批量列装“中国造”，标志着中国在高端测序技术的源头创新和上下游协同发展的突破及引领。

2016年6月2日，华大基因-英特尔BT&IT联合实验室揭牌。

2016年6月17日，华大基因与中国水产科学研究院共建“水生生物基因组研究中心”。

2016年6月29日，松原市人民政府与华大基因签订战略合作协议。

2016年7月1日，牙克石市人民政府与华大基因签订战略合作协议。

2016年7月6日，华大基因与泰安市人民政府签署战略合作协议。

2016年7月15日，华大基因与河源市签署战略合作框架协议，助力河源现代农业创新发展。

2016年7月20日，国家基因库最新研究成果揭示蚂蚁与真菌共生之谜。

2016年7月23日，BGISEQ-500助力完成中国首例输入性裂谷热病毒基因组高通量测序。

2016年7月26日，华大基因与乌鲁木齐高新区（新市区）举行战略合作签约仪式。

2016年8月2日，威海市政府与华大基因签订战略合作协议。

2016年8月8日，华大基因与青岛市人民政府、青岛西海岸新区管理委员会举行战略合作签约仪式，共同推进蓝色海洋战略。

2016年8月10日，华大基因与秦皇岛北戴河新区签署战略合作协议。

2016年8月16日，华大基因落地澳大利亚昆士兰州，与多家前沿机构签署合作协议，此举标志澳洲华大正式成立。

2016年8月18日，国家基因库研究团队发表RNA编辑检测软件RES-Scanner。

2016年9月1日，华大基因与青海省海西蒙古族藏族自治州人民政府签订战略合作协议。

2016年9月2日，深圳市精准医学研究院成立。

2016年9月19日，惠州市政府与华大基因签署战略合作协议。

2016年9月19日，华大基因与多家研究机构联合构建全球首个猪肠道微生物参考基因集 研究成果发表于Nature Microbiology杂志。

2016年9月21日，举世瞩目的“联合国可持续发展峰会”在纽约联合国总部开幕。华大基因受联合国总部秘书长办公室的邀请出席了本次峰会开幕式，成为极少数被联合国“选中”登上世界顶级舞台的中国机构代表。

2016年9月22日，深圳国家基因库启动运营。

2016年9月22日，深圳华大基因研究院、北京六合华大基因科技有限公司与中国科学院深圳先进技术研究院签署战略合作协议，三方将在噬菌体的基因组合成方向开展深度合作，共同启动“万种噬菌体基因组计划”。

2016年9月25日，华大基因与爱的分贝开展公益战略合作，启动新生儿耳聋基因筛查计划。

2016年10月21日，华大基因与昆士兰州最大医学研究中心签署合作备忘录。

2016年10月30日，华大基因宣布加入国际基因合成联盟（IGSC， International Gene Synthesis Consortium），目标是搭建全球最大DNA合成中心。

2016年11月3日，华大基因、阿里云、英特尔等行业巨头齐聚深圳国家基因库，举行了“漫步云端BGI Online合作伙伴大会暨新版发布会”。

2016年11月6日，由华大基因领衔，新浪科技、网易科技、搜狐公众平台、腾讯科普等媒体共同发起的“生命科学传播联盟”正式成立。

2016年11月18日，华大基因与荆门市、深圳市建筑科学研究院携手打造荆门市绿色生态科技产业城。

2016年11月18日，全国政协副主席、致公党中央主席、中国科协主席、科技部部长万钢一行参观调研国家基因库，了解华大基因的创新发展情况。

2016年11月19日，在深圳市卫生和计划生育委员会的指导下，华大基因与深圳市女企业家协会、深圳市女医师协会、深圳市妇女儿童基金会、深圳市广电公益基金会共同发起了“深圳女性远离两癌”的倡议。

2016年11月23日，郑州大学第一附属医院好华大基因精准医学中心签约暨揭牌仪式在郑大第一附属医院郑东新区举行。

2016年11月23日，开放期刊GigaScience发表论文介绍现存的最古老的树种好好银杏的基因组。

2016年12月12日，华大基因与湖南益阳政府签订战略合作协议，助力当地产业转型升级。

2016年12月13日，华大运动成立仪式在深圳湾体育馆中心（春茧体育馆）海之门广场举行。

深圳市龙岗区妇幼保健院与华大基因在深签署合作协议，双方共建精准医学中心。

2017年，由深圳市政府授牌，成为深圳市十大基础研究机构之一， 正式更名为“深圳华大生命科学研究院”。

2019年9月，青欧生命科学高等研究院成立。

2020年2月，贵州华大生命大数据研究院成立；5月，新乡市华大中原精准医学与健康研究院成立；11月，青岛分院获山东省科技厅批复为山东省新型研发机构。

2021年3月，北京华大生命科学研究院成立；12月，三亚华大生命科学研究院成立。

2022年2月，常州华大工程生物学长荡湖研究所成立；9月，杭州华大生命科学研究院成立。

2023年4月，西南华大生命科学研究院、武汉华大生命科学研究院成立。

抓住新技术突破的机遇，华大基因主力于2007年南下深圳，成立了致力于公益性研究的事业单位深圳华大基因研究院，并于当年10月完成了第一个中国人的基因组序列图谱，2008年1月与英美科学家一起启动了“国际千人基因组计划”，2008年3月启动了“大熊猫基因组计划”，2008年10月完成了大熊猫基因组框架图和手工克隆猪的研制，2009年4月启动了“世界三极动物基因组计划”，2009年8月启动了“万种微生物基因组计划”，2009年12月与国家农业部和深圳市人民政府共建了“基因组学农业部重点实验室”，2010年1月启动了“1000种动植物基因组计划”。在国际合作方面，华大基因已启动了“中丹合作糖尿病项目”、“中国欧盟合作肠道微生物项目”，和美国科学家共同发起“共生体基因组计划”，并与丹麦科学家成立了“中丹癌症研究中心”、与香港中文大学成立了“中‧华‧基因组研究中心”。

在国家领导和有关部门、地方领导及有关部门的支持和鼓励下，华大基因坚持“科学发展才是硬道理”的信念，创造了遵循基因组学发展规律的“三发三带”创新发展模式，即坚持由基因组为基础的科学发现到技术发明和产业发展的“三发”联动的科学发展观，以全新的方式推动社会前进并引领未来；创建了以国际竞争和接轨的大科学项目为引领的，带学科、带产业、带人才的“三带”（以任务带学科、带人才、带产业）发展模式。在科学、技术、产业三位一体的前提下，华大基因正在跨学科、跨产业、跨地域、跨国界地快速扩展，近期相继成立了香港华大、武汉华大、美洲华大及欧洲华大，致力于开展知识产权密集型的人类健康、规模化重要物种、重要经济动植物等基因组研究及应用，大力发展科技合作与科技服务产业、医学健康产业和现代农业产业。

华大成立十一年来，始终以引领基因组科学、促进产业革命为己任，在服务社会的同时也实现华大及华大人的价值，形成了华大基因“解读生命奥妙，谱写产业华章，体验精彩人生”的价值观、幸福观与发展观。在应对非典和海啸等突发事件以及汶川地震灾后疫情控制中，为人民做了实事，为国家赢得了荣誉。

在发展过程中，创造了独特的华大知识创新体系，形成了华大人“服务社会，创造价值，精彩人生”的价值观、幸福观与发展观，坚持了诚信与社会责任并重的原则。华大基因坚持“国家、人民、责任、荣誉”的精神。

在大科学工程和产业发展的过程中，华大基因通过实战，凝聚、锻炼、考验并培养了新一批年轻的优秀骨干，拥有一支包括国际学术专家和产学研各界精英在内的高级顾问队伍。此外，华大基因一直在探索具有华大基因特色的人才教育之路，形成了自身独特的教育培养体系（如创新性的2+2+X学生培养模式、硕博士联合培养模式及脱产制的“华大基因学院”），能够迅速筛选出一支适应科学、技术、产业不同发展目标的解放思想、追求创新、管理高效的人才队伍。

在未来十年的发展中，华大基因必将与以往一样顺应基因组科学和产业发展规律，面向国家的战略需求，依靠以高通量测序为代表的生物技术和以高性能计算为主体的信息技术紧密结合的技术平台，继续向基因组科学顶峰迈进；同时孵化医药健康、现代农业及新生物能源等一批具有良好市场前景的产业项目，并继续通过实战来凝聚、锻炼、考验并培养年轻优秀人才。华大基因将最大化地运用基因组技术服务社会、创造效益，为中国生物经济的腾飞做好前瞻性、原创性和战略性的工作。

·2002年7月19-20日诺贝尔医学奖获得者Richard J. Roberts教授来中科院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心参观指导，并给中心的员工和研究人员做了精彩的关于限制性内切酶研究的报告。

·2010年10月1日，1993年诺贝尔生理与医学奖获得者、美国New England Biolabs公司首席科学家 Richard J. Roberts博士再访华大，并进行座谈会。

·2006年10月18日，享有“DNA之父”称誉的诺贝尔奖获得者James·Dewey·Watson参观中科院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心。

·2010年10月16日下午，美国国立卫生研究院（NIH）院长Francis S. Collins博士莅临华大参观，给华大员工带来了一场关于生物学和基因组学的精彩学术报告会。

·2010年11月4日，人类基因组研究先驱者Sydney Brenner博士莅临华大参观，并作学术报告会。

·2001年3月12日，中国工程院院士、“杂交水稻之父”袁隆平来华大考察水稻项目进度。

·2004年7月3日上午，由英国牛津大学分子生物物理学教授Louise·Johnson，Reading大学生命科学企业发展部主任Jennifer·Susan·Moynihan，GSK副总裁Drake·Stephen·Eggleston等8人组成的英国国家结构基因组学代表团到中科院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心参观考察。

·2006年8月11日，“爱因斯坦讲习教授”美国加利福尼亚大学线粒体医学中心主任访问中科院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心。

·2007年7月4日，北京生命科学研究所所长，耶鲁大学植物生物学著名教授，北大-耶鲁植物分子遗传学及农业生物技术联合中心主任邓兴旺博士一行访问了深圳华大基因研究院。

·2003年5月6日，国际病原体和免疫学权威、美国哥伦比亚大学公共卫生学院免疫病原体和传染病中心主任W·伊恩·利普金等到中科院北京基因组研究所暨华大基因研究中心进行会谈。双方就针对SARS的防治技术进行了深入交流。

·2008年10月28日，香港中文大学徐扬生院士、徐国荣教授一行5人在深圳华大基因在研究院汪建院长、王俊副院长等陪同下参观了深圳华大基因研究院，并就双方科研、人才培养等事宜进行了交流。

·2008年11月15日，印度科学院院长Samir·Brahmachari和Chakraboty等一行在中国科学院院士杨焕明、深圳华大基因研究院院长汪建等领导的陪同下参观了深圳华大基因研究院，并就中印科研合作相关事宜进行了深入商谈。

·2009年2月12日下午，中国科学院院士沈岩、华南理工大学生物科学与工程学院院长王小宁等一行在深圳华大基因研究院院长汪建、副院长王俊、副院长李松岗等陪同下参观了深圳华大基因研究院。

·2009年2月13日下午，中国工程院院士王红阳一行在深圳华大基因研究院院长汪建等陪同下参观了深圳华大基因研究院。

·2009年3月5日下午，香港科技大学校长朱经武院士、深圳市党组副书记、市长科技顾问刘应力等一行在深圳华大基因研究院院长汪建等陪同下访问了深圳华大基因研究院。

·2009年4月16日，中国工程院院士、我国著名肿瘤专家程书钧访问深圳华大基因研究院。

·2009年6月9日下午，中国科学院院士姚开泰、中国工程院院士盖钧镒、台湾中央研究院院士吴仲义等领域专家一行参观了深圳华大基因研究院。

·2009年9月2日，中国科学院院士香港科技大学教授叶玉如、香港科技大学生物化学系副教授夏军、北京大学深圳医院院长蔡志明等一行莅临深圳华大基因研究院参观，并于华大基因就科研及教学相关合作事宜进行了深入交流。

·2009年10月31日下午，南方科技大学校长、中国科学院院士朱清时、处长韩蔚一行到访深圳华大基因研究院，双方就本科生人才培养、研究生人才培养达成初步合作计划，并就科研合作提出若干建议性方案。

·2010年10月20日下午，武汉生物技术研究院院长邓子新院士、武汉生物技术研究院病毒学国家重点实验室吴建国主任一行莅临武汉华大参观考察。双方就武汉华大的技术优势及武汉生物技术研究院对测序的需求交换了意见，对未来可能的合作进行了简短商谈。

·2010年11月4日，由中国工程院院士、中国人民解放军301总医院全军创伤修复重点实验室主任付小兵率领的301总医院科研领导及专家团队到访华大基因，双方就推广个体化诊疗等健康临床项目展开了深入交流和探讨。

科学研究

华大基因科研主要包括全基因组测序、基因组/基因变异/多态性、基因调控、基因挖掘以及宏基因组等多个方向。

全基因组测序

一个物种基因组计划的完成，就意味着这一物种学科和产业发展的新开端。

——向仲怀院士

基因组/基因DNA测序是基因组学研究的基础。动物、植物与微生物,伴随着人类共同组成这个地球上的生态环境。解码它们的基因组/基因是研究它们的性状和进化过程的起点。对于一些与我们生活密切联系的物种来说，例如水稻，解读它们的基因组/基因能够大大加速生物技术的产业化过程。华大基因的科学家正在对地球上不同的生物进行测序,并对他们的基因组解码构建“生命之树”。

华大基因正在开展的相关项目有：

国际大熊猫基因组计划

“世界三极”动物基因组计划

黄瓜基因组计划

兰花基因组计划

基因组与基因变异

基因组/基因变异研究是指一个物种个体之间的基因组/基因差异的研究。我们主要通过两种方式来检测这种差异：全基因组重测序和目标区域重测序。

基因挖掘

转录组研究是非常有效的基因挖掘的研究方法之一。RNA-seq是最近发展起来的用于转录组分析的方法，该研究方法应用深测序技术，绘制出物种所有的转录谱。在确定基因结构等方面发挥重要作用。

基因调控

DNA甲基化是一种重要的通过基因化学修饰调控基因表达的方式，通常被认为是表观水平的调控。近年来，由于新一代测序技术的应用，全基因组范围内的甲基化位点研究迅速成为研究基因调控以及重大疾病机理的有力工具。

宏基因组研究

宏基因组是基因组学一个新兴的科学研究方向。宏基因组学（又称环境基因组学，生态基因组学等），是研究直接从环境样本中提取的基因组遗传物质的学科。

人类遗传学

群体关联分析：大规模的疾病关联分析及重测序研究的方案设计、生物信息学分析和生物学解释策略的开发和应用。

癌症基因组计划：利用测序及高通量突变检测方法识别与癌症发生发展相关的关键基因。

古人类基因组：探索古人类的遗传学特征。

植物与动物

全基因组从头测序计划：牵头发起构建更多重要真核生物的基因组参考图谱的研究计划。

大规模基因组重测序计划：通过对已经有基因组参考序列图谱的亚种和个体进行大规模重测序，并对数据进行深度挖掘，探索和研究相关群体的遗传变异和进化。

微生物

宏基因组学：研究直接从环境中提取的遗传物质。

微生物基因组测序：建立有重要价值的微生物基因组的参考序列图谱。

表观遗传学

DNA甲基化：研究DNA甲基化和表现型的关系。

SOAP

SOAP是生物信息中心核心技术开发团队自主开发的基因组序列分析的软件包，它可以高效地处理第二代测序技术产出的巨大数量的短序列，并完成其参考序列的定位上，短序列的组装以及序列差异分析等。

CAT

被称为CAT（跨物种比对工具）的一种新算法，是用来进行mRNA序列与哺乳动物基因组之间的比对。

ReAS

ReAS旨在用未集结reads的全基因组鸟枪法恢复转座子的祖先序列。

RePS

RePS（repeat-masked Phrap with scaffolding）一个从鸟枪数据明确列出具体kmer重复序列，并在组装前删除它们的WGS序列组装方法。所建立的软件Phrap用于为每个 base计算有意义的错误概率。克隆端配对信息用于构建scaffolds的秩序和重叠。更新版的RePS结合了一些用Phusion介绍聚类的想法。

数据库

BGI有一支专业的团队致力于数据库建设和基于Web应用开发。为了使华大基因提供的数据更好地被理解和使用，我们设立了项目介绍、基因组浏览、数据下载和相关问题等网站。我们也提供典型的基因组分析服务和相关工具的下载服务。

教育

被誉为20世纪的生命科学阿波罗计划的人类基因组计划开辟了生命科学的新篇章。从2000年完成第一个人类基因组图谱以来，在短短不到十年的时间内，基因组的技术和科学取得了巨大进展，除了更多更为精确的人类和各种种类的生物体基因组图谱得以解析，而且基因组科学研究的技术本身也得到跨越式的发展，新的、更高通量，更低成本的测序技术和更为高效和精确的分析计算技术使得基因组科学迅速渗透到生命科学的各个领域，并已开始迈向实用阶段，成为迎头而来的转化医学，以及农业和工业生物技术的支撑技术。基因组科学所产生的巨大的生物信息数据使得生命科学进入一个以基因组为基础的数字医学或数字生命科学时代，并将成为21世纪生命科学的主流技术领域。高效整理、分析、挖掘测序得到的海量基因组数据，解析生命现象，回答科学问题和提供应用基础是基因组科学，乃至整个数字生命科学的面临的最大挑战，并具有多学科交叉综合的特点，需要包括数理、计算机、软件和生物科学的交叉配合。

然而，现行的教育体系和模式难以快速培养适合这一重要发展领域的人才，需要一种结合现实和未来实际需求的复合型学科人才的培养模式和体系。华大基因研究院经过多年的探索和实践，通过与多家拔尖大学合作已经探索出一套完整的本科生，特别是低年级本科生新型生命科学前沿人才培养的体系，开创了一套以大科学问题为切入点的边研究、边学习的“以任务带学科、带产业、带人才”—华大基因研究院全新和独特前沿人才培养模式，并取得了显著的成就。培养目标就是以一种全新的教育理念和模式培养适合未来生命科学前沿发展，以及新兴生物技术产业的拔尖人才。在过去十年间，在华大基因研究院，一大批本科学生通过这一体系的培养迅速成为具备掌握跟踪前沿发展，掌握先进技术，并具备实战经历和能力的优秀生命科学复合型人才，走上重要的工作岗位，做出在Nature、Science等知名科学杂志上发表论文的出色成就。在此基础上， 们已与华南理工大学等知名院校建立了低年级（2年级）至高年级（4年级）2+2本科培养体系，以及完善的高年级毕业实习体系。每年通过选拔吸引包括生命科学专业、计算机专业、软件专业和数理专业的优秀本科生进入这一培养体系。

经过2年的建设和完善，深圳华大基因研究院具备了更为完善的学习和实习条件，因此决定在国内拔尖院校中扩大本科生创新班和创新实习的规模，并且与后期华大-哥本哈根大学、华大-香港中文大学博士生攻读计划相衔接，为华大基因研究院和基因组和数字医学/生物学领域提供“实用型和未来型”的顶尖后备人才做出贡献。

培训

2010年12月人类（健康）篇专题研讨班

上海地区生物信息学研讨班

2010年10月经典论文回顾系列之水稻（植物）篇专题研讨班

纪念华大十一周年 经典论文回顾系列

2010年8月生物信息学前沿技术专题班

2010年7月生物信息学统计算法暑期班（北京）

2010年 美国国家综合进化研究院NEScent·BGI联合系统发育暑期班

2010年广州地区专场培训班

2010年7月生物信息学前沿技术专题班

2010年6月表达谱，转录组专题班

2010年5月台湾学者研讨班 （已结束）

2010年5月前沿技术培训班

生物信息学军科院应用专题培训班 （已结束）

2010年首届生物信息学研讨班

台湾学者研讨班

生物信息学新技术研讨班·复杂疾病方向

【生物信息校园系列第一站（第二期）】中国农大·农业方向

【生物信息校园系列第二站】----首医大医学方向

【十周年特别推荐·深圳】生物信息学前沿技术专题培训班

医学继续教育培训班

科学普及

华大基因自1999年9月9日成立以来，在科学、技术、产业等方面都取得了辉煌的成就，不仅为中国和世界基因组科学的发展做出了突出贡献，更奠定了中国基因组科学在国际上的领先地位。但丰硕成果的背后，华大人不会忘记的是对社会的回馈。为了推动基因组学在青少年群体中的普及和发展，进一步培养和发掘基因科技人才，华大基因一直致力于基因科普工作的推广。

深圳华大基因研究院已被深圳市科学技术协会授予为深圳市科普教育基地，随后又挂牌成为北京青少年科技俱乐部学术指导中心。2009年暑假，深圳华大基因研究院与北京青少年科技俱乐部合作，成功举办了高中生“探索生命奥秘”夏令营活动；并与北京大学、武汉大学、华南理工大学等多所全国重点高校合作，举办了大学生“基因组与生物信息学”暑期班活动。活动期间，中央电视台教育频道、深圳电视台等媒体先后进行了跟踪报道，反响热烈。

深圳华大基因研究院现已成立科普中心，每年暑假都会定期开办高中生夏令营及本科低年级暑期班活动。科普推广工作也将作为华大的一项长期工作持续推进。

研究院多年以来面向国家重大战略需求， 聚焦基础研究与应用转化，深耕基因组学领域， 已经实现了低成本可扩展测序平台、新型合成系统等拥有自主知识产权的世界领先核心技术突破， 迅速发展为世界领先的基因组学研究中心。

荣誉项目

华大基因先后完成了国际人类基因组计划“中国部分”（1%）、国际人类单体型图计划（10%）、水稻基因组计划、家蚕基因组计划、家鸡基因组计划、抗SARS研究、炎黄一号等多项具有国际先进水平的科研工作，在《Nature》和《Science》等国际一流的杂志上发表多篇论文，实现了科研由参与到接轨、由同步到引 领的历史性升华，为中国和世界基因组科学的发展做出了突出贡献，奠定了中国基因组科学在国际上的领先地位；同时建立了大规模测序、生物信息、克隆、健康、农业基因组等技术平台，其测序能力及基因组分析能力正在经历从亚洲第一到世界领先的历史性跨越；开创了科学、技术、产业相互推动的发展模式；开展了广泛的国际国内科技合作与交流；建设了一支具有世界一流水平、年轻的产学研队伍；再现了基因组科学和产业发展的深圳速度和深圳奇迹。

抓住新技术突破的机遇，华大基因主力于2007年南下深圳，成立了致力于公益性研究的事业单位深圳华大基因研究院，并于当年10月完成了第一个中国人的基因组序列图谱，又在2008年1月与英美科学家一起启动了“国际千人基因组计划”，2008年3月启动了“大熊猫基因组计划”，2008年10月完成了大熊猫基因组框架图和手工克隆猪的研制，2009年4月启动了“世界三极动物基因组计划”，2009年8月启动了“万种微生物基因组计划”， 2009年12月与国家农业部和深圳市人民政府共建了“基因组学农业部重点实验室”。在国际合作方面，华大基因已启动了“中丹合作糖尿病项目”、“中国欧盟合作肠道微生物项目”，并与丹麦科学家成立了“中丹癌症研究中心”。

在国家领导和有关部门、地方领导及有关部门的支持和鼓励下，华大基因坚持“科学发展才是硬道理”的信念，创造了遵循基因组学发展规律的“三发三带”的创新发展模式，即坚持由基因组为基础的科学发现到技术发明和产业发展的“三发”联动的科学发展观，以全新的方式推动社会前进并引领未来；创建了以国际竞争和接轨的大科学项目为引领的，带学科、带产业、带人才的“三带”（以任务带学科、带人才、带产业）发展模式。在科学、技术、产业三位一体的前提下，华大基因正在跨学科、跨产业、跨地域、跨国界地快速扩展，致力于开展知识产权密集型的人类健康、规模化重要物种、重要经济动植物等基因组研究，大力发展我国的医学健康产业和现代农业产业。华大成立十年来，始终以引领基因组科学、促进产业革命为己任，在服务社会的同时也实现华大及华大人的价值，形成了华大基因“解读生命密码，探索无限未来，体验精彩人生”的价值观、幸福观与发展观。在应对非典和海啸等突发事件以及汶川地震灾后疫情控制中，为人民做了实事，为国家赢得了荣誉。

在大科学工程和产业发展的过程中，华大基因通过实战，凝聚、锻炼、考验并培养了新一批年轻的优秀骨干，拥有一支包括国际学术专家和产学研各界精英在内的高级顾问队伍。此外，华大基因一直在探索具有华大基因特色的人才教育之路,形成了自身独特的教育培养体系（如创新性的2 2 X学生培养模式及脱产制的“华大基因学院”），能够迅速筛选出一支适应科学、技术、产业不同发展目标的解放思想、追求创新、管理高效的人才队伍。

在未来十年的发展中，华大基因必将与以往一样顺应基因组科学和产业发展规律，面向国家的战略需求，依靠以高通量测序为代表的生物技术和以高性能计算为主体的信息技术紧密结合的技术平台，继续向基因组科学的顶峰迈进；同时孵化医药健康、现代农业及新生物能源等一批有良好市场前景的产业项目，并通过实战来凝聚、锻炼、考验并培养新一批的年轻优秀人才。华大基因将最大化地运用基因组技术服务社会、创造效益，为中国生物经济的腾飞做好前瞻性、原创性和战略性的工作。

2010年荣誉

世界权威科学杂志《Science》（《科学》）公布的最新的“2010年十大科学突破”榜单，其中有两项突破来自深圳华大基因研究院，分别是“下一世代的基因组学”及“外显子组测序/罕见疾病基因”，研究院在这两项突破中共有6项科研成果。

《Science》杂志公布的“2010年十大科学突破”分别是———量子机械、合成生物学、尼安德特人基因组、下一世代的基因组学、RNA的重新编程、外显子组测序/罕见疾病基因、量子模拟器、分子动力学模拟、大鼠的回归与H IV预防。

其中，“下一世代的基因组学”是指通过新的基因组学研究方法，让原本昂贵而繁杂的基因测序技术变得更加快捷而方便，成为“更快捷更廉价的基因测序技术，使人类以极大的规模研究古代和现代的DNA”，让人类从基因的角度解释疾病的原理成为可能。

华大基因与丹麦哥本哈根大学共同完成了“世界首例古人类全基因组的深度序列测定和解读工作”，10月研究院牵头发起的“国际千人基因组计划”公布了第一阶段的分析成果，发布了迄今为止人类最详尽的基因多态性图谱，标志着人类的基因研究进入新阶段。11月，由深圳华大基因研究院绘制的中国人全基因组DNA甲基化图谱出炉，并将新一代测序技术应用于表观遗传学。

另外一项突破则是“外显子组测序/罕见疾病基因”，是指科学家通过对某一基因组中的外显子（基因组的一部分）进行测序来研究罕见遗传性疾病，完成了在人类外显子区域规模最大、分辨率最精细的遗传图谱，并以翔实的数据揭示了可能具有影响人类健康的功能的变异过程。该技术还被应用于对单基因病的研究，通过科学家对患有小脑共济失调的同一家系4个患者进行了全外显子组测序后，人类发现了一种导致小脑共济失调家族的新致病基因。该基因的发现对今后阐明小脑共济失调的发病机制、遗传诊断和新药研发具有重要的研究和应用价值，也成为中国在遗传性疾病上的新的重大突破。据了解，这一项目是由深圳华大基因研究院与美国加州大学伯克利分校、丹麦哥本哈根大学等单位合作的研究成果。

2013年荣誉

2014年3月27日，自然出版集团发布了《2013年亚太地区自然出版指数》（NPI 2013 Asia-Pacific）。华大基因名列中国科研机构第五名，亚太地区科研机构第十七名。两项排名均同比上升一位。

报告表示，中国在《自然》杂志上发表的论文数量远超亚太地区的其他国家。预计在未来两至三年内，中国将逐步成为亚太地区NPI的首要贡献者。报告还提到，以2009年数据为基准，华大基因的增长比例超过了所有其他中国科研机构。华大基因发表在《自然》、《自然遗传学》、《自然通讯》上的基因组序列揭示了游隼、猎隼的捕食性进化机制和胡杨的耐盐机制等科学见解。

报告统计了2013年亚太地区科研机构在18本《自然》系列期刊上发表的文章数量。华大基因发表了32篇研究论文，排名中国科研机构第五名，位列中国科学院、中国科技大学、清华大学和北京大学之后。此外，华大基因在《自然遗传学》和《自然生物技术》上的发表总数分别位列中国第二名和第四名。在2009-2013年五年统计榜单上，华大基因凭借73篇论文继续保持中国科研机构第五位的排名。

自1999年创立以来，华大基因奠定了坚实的科研基础，在《自然》杂志上发表了百余篇高水平的学术论文，并且连续四年入选自然出版指数中国十大科研机构。多项由华大基因主导或参与完成的研究成果登上《自然》封面，如人类基因组计划、国际千人基因组计划、HapMap基因组计划、熊猫基因组、古人类基因组、第一个亚洲人基因组、家鸡基因组、首个中国仓鼠卵巢细胞系基因组、马铃薯基因组、人体肠道菌群元基因组参考基因集等。其中，由华大基因主要承担的“人体肠道菌群元基因组参考基因集”被《自然》评选为研究亮点（Research Highlights）。

董事长：汪建、杨焕明

院长：徐讯

执行院长：章文蔚

副院长：陈力群、方晓东、顾颖、张二春

时空组学领域首席科学家，生物化学技术研究所所长：陈奥

超级细胞所所长，单细胞组学首席科学家：刘龙奇

生物信息首席科学家，生物智能技术研究所所长：黎宇翔

群体基因组学领域首席科学家，精准健康研究所所长：金鑫

合成生物学领域首席科学家：沈玥

酶工程领域首席科学家，生物化学技术研究所副所长：董宇亮