徐载弼归国以后，并未放弃美国国籍，而是一直以“外臣”自居，因此他以外国人身份而授予中枢院顾问之职。徐载弼在他向政府提出的建议未被采纳的情况下，决定以前内部大臣俞吉濬提供的5000元国库补助金，于1896年（建阳元年）4月7日创办了《独立新闻》。《独立新闻》是朝鲜最早的民间现代报刊，其最具有划时代意义的是报纸内容全部用朝鲜文，不夹杂任何汉字，这正寄托着徐载弼等开化派人士对于祖国独立的追求。而它宣传的内容更是革命性的，包括西方的天赋人权说、法治思想以及拒绝任何外来干涉的独立自主精神等，并以社论形式发表。徐载弼曾总结甲申政变的失败原因，认为甲申政变最大的败笔就在于没有得到国民的支持，对国民的近代文明普及严重缺乏。因此他决定用通俗易懂的朝鲜文（谚文）创办《独立新闻》，系统、大规模地向朝鲜官民普及西方启蒙思想。《独立新闻》果然大受欢迎，创刊号的发行量仅为300份，后来增加到500份，再后来超过了3000份，对朝鲜的近代化启蒙立下汗马功劳，也加速了独立协会这种资产阶级社会团体的建立。因此史学界将《独立新闻》的创刊作为独立协会运动的开端。

随着《独立新闻》影响的扩大，徐载弼开始考虑组建相应的社会团体。1896年5月21日，徐载弼在美国人创办的培材学堂进行每周一讲，他在那天向160多名学生提议建立讨论会这样的知识分子沙龙。随后，前“建阳协会”和亲西方官员组成的“贞洞俱乐部”等组织的成员联合起来，以筹建独立门为契机，于1896年7月2日在汉城（今首尔）中枢院建立了“独立协会”。独立协会的首批成员为安駉寿、李完用、金嘉镇、李允用、金宗汉、权在衡、高永喜、闵商镐、李采渊、李商在、玄兴泽、南宫檍、李根澔等30余人，其中选举安駉寿为会长，李完用为委员长。徐载弼虽为独立协会的发起人，但由于自己是美国籍，所以“自处以外国人，不为会员，而会中诸般事只应顾问”。不过，徐载弼仍然是独立协会的实际领导人，独立协会创立后的活动如建立独立门便是遵照他的意志，独立协会的机关刊物《大朝鲜独立协会会报》也隶属他主办的《独立新闻》旗下。

独立协会最开始是鼓吹民族思想，呼吁朝鲜独立。他们主张的核心内容在于指出甲午战争后朝鲜的“独立”空有其名而无其实，即国家在形式上获得了独立，但民族意识的近代性转变并没有与之相随。不言而喻，甲午战争后朝鲜的“独立”是日本获胜的结果，而不是朝鲜自身争取来的。一个民族争取真正独立本来是要在国家、国民意识孕育成长的基础上展开的，而此时朝鲜取得独立完全缘于外部原因，独立并未建立在培植国民意识的基础之上。所以独立协会便是要通过鼓吹“独立”来填补当时朝鲜绝大多数民众仍欠缺的“国家认同”意识即独立国意识这一空白。而他们第一个靶子就是朝鲜的前宗主国——中国。这主要是因为当时朝鲜为亲俄政府主导，君主尚在俄国公使馆中，日本亦保持在朝鲜的势力，与俄国形成均势。如果甫创办就攻击日本和俄国的话，那么正犯了朝鲜政府的大忌，也会使独立协会中的政府要员离心，难免使独立协会被扼杀于摇篮中；另一方面，朝鲜数千年来盛行事大主义，以“小中华”标榜，尽管甲午中日战争后已经脱离中国独立，但其余毒仍然存在。独立协会会员撰文向来蔑称为“支那”，视为半开化国家，决心割裂与中国的关系，而他们在1896年7月2日建立独立协会时，其名义就是建立独立门。他们在汉城外部官署前举行第一次集会，向民众募集建立独立门的资金。到1896年11月21日，在万众集会的欢庆声中，独立门终于开工。独立协会在过去迎接中国“天使”的迎恩门的基础上策划建造象征朝鲜独立的“独立门”，而迎恩门附近用以“迎敕”的驿馆——慕华馆，也被改建为“独立馆”，用作独立协会的办公室。1897年11月20日，独立门竣工。有史料对当时人们的心态形容道：“半岛江山，自白头山至汉拿山，自鸭绿江至洛东江，数千年来所谓事大耻辱一洗净尽。当时情况，人人肩臂欲与独立门争其高，人人胸襟欲与独立馆较其广。”建立独立门也成为了独立协会创办以来的第一个成果。

1896年11月30日，独立协会的机关刊物——《大朝鲜独立协会会报》由独立新闻社刊行，作为《独立新闻》下属的半月刊。它宣称其编辑的方针是：“一以阐扬幽沈、一以开豁知见、一以补阙治化、一以外御人侮，洵及时之要务，不世之盛事也。”独立协会最初的性质只是标榜文明开化的朝鲜高官的社交沙龙，除了建造独立门以外未有其他建树。但随着越来越多的市民、学生、知识分子被吸收入会，独立协会开始广泛讨论起近代文明的学术问题和启蒙问题，乃至现实政治问题，其启蒙团体性质也愈发明显。在徐载弼的倡导下，从1897年8月29日开始，独立协会于每周日下午3点在独立馆举行讨论会。每次讨论会讨论一个专题，在前一周选定讨论题目和四名主讲人，分为左议和右议各二名，使之“精熟研究”所定专题。会上四名主讲人以专题进行演说和辩论，并且动员会员和旁听人自由参加讨论，最后投票表决。每个会员不论其社会地位的高下，都以平等的立场讨论各种话题，均可各抒己见。这实际上是徐载弼导入了西方议会模式，可谓是朝鲜半岛历史上的一个创举。截止到1898年2月20日，独立协会先后讨论了21个专题，其内容包括政治经济、思想文化、国际形势和社会风俗等问题。

通过日益深入的讨论，独立协会中的少壮派日益崛起，逐渐取代高官而成为独立协会的主导力量。少壮派的构成分为三个部分。其一是尹致昊、李商在等接触过西方资本主义社会的开化派官员和归国留学生，他们比较彻底地接纳了近代文明，已完成从地主阶级世界观到资产阶级世界观的转化；其二是南宫檍、郑乔等从儒生中分化出来的人士，他们大多是甲午更张科举停止后所产生的新知识分子，在保留旧文化的基础上接受新文化，民族主义非常强烈，是少壮派的中坚力量。其三是在朝鲜新式学校接受美式教育和近代文明的青年学生和教员，他们表现得最为激进，是少壮派的先锋。少壮派代表新兴资产阶级的利益，迫切要求改革。于是独立协会的发展导致了内部“批判和攻击国政的积极派”（即少壮派）与反对批判政府的“温和派”（即官僚派）的分裂与对立，以致“高官会员逐渐退出、民间人士大量参加”，最后演变为完全由资产阶级知识分子掌握的团体。

独立协会刚创立时，只反中国，不反日俄，再加上内部有许多政府要员，与政府的步调基本一致，因此在某种程度上得到了朝鲜政府的支持。朝鲜君主李熙（朝鲜高宗）于1897年2月从俄国公使馆迁出以后，在朝野的一致呼吁下建元称帝。1897年8月，高宗改元“光武”，10月12日，高宗自称皇帝，改国号为“大韩帝国”。大韩帝国的建立使国威在形式上得到提振，但并未改变受外国侵略的事实。独立协会的主要批判矛头也从中国转移至日俄，在1897年9月4日的《独立新闻》社论中宣称要“将亲俄、亲日两派的政客全部骂倒”。当时俄国正尝试向朝鲜半岛扩张，不仅通过派遣财政顾问和军事教官控制韩国，还设立韩俄道胜银行，并强迫大韩帝国政府将绝影岛租借给自己。1898年2月13日，独立协会如往常一样召开讨论会，徐载弼给的题目是对奴隶制的批判，但会员们的讨论愈发激进，延伸到现实政治问题。有人暗示高宗皇帝是俄国人的奴隶，有人则指出沙俄正在奴役韩国，韩国人可能会被抓去修西伯利亚大铁路等等，反俄情绪一下被调动起来。尹致昊则提议向皇帝上疏请愿，最后投票表决，除了李完用等4人投反对票外，其他都表示赞成。于是，独立协会在1898年2月20日以会长安駉寿的名义上疏高宗，阐明本会的宗旨是“上而尊皇上之位，下而固人民之志，确立万亿年无疆之基础”，进而痛陈“全国之权，俱让于人”的现状，呼吁高宗“确执圣衷，以三千里一千五百万赤子之心为心，共其愤而同其忧，内以实践定章，外以毋依他国，自立我皇上之权，自立我一国之权”。此次上疏虽未产生太大影响，但标志着独立协会经20余次讨论会的酝酿后，由单纯的启蒙活动转化为参与政治，以实际行动践行自己的主张，从而在1898年掀起了外争主权、内护民权的爱国运动。

1898年2月27日，独立协会进行改选，李完用接替安駉寿出任独立协会会长，尹致昊当选副会长。3月11日，由于李完用外放为全罗北道观察使，尹致昊代理会长，7月17日，独立协会开会声讨李完用任外部大臣时的卖国罪行，将其开除出会，8月28日尹致昊正式当选会长，李商在当选副会长，至此独立协会完全掌握在少壮派手里。与此同时，独立协会的组织建设也日益完备。首先是在各地建立支会，1898年2月，独立协会建立公州支会，7月建立平壤支会，9月建立大邱支会，到这一年年底，义州、宣川、江界、北青、木浦、仁川均建立支会；其次是不分阶层招纳会员，仅在汉城的独立协会会员就达到4000多人，并改定《独立协会规则》为59条，新订《支会认可条例》7条和《支会细则》7条；第三是完善组织结构，在独立馆设常务机关“事务所”，选定100名干部昼夜轮流值班，协会内设评议员、司法委员、查察员、制疏委员等具体负责人员，又有会计、演说员、奉疏委员等名目繁多的工作人员，此外因事临时选“总代委员”作为独立协会代表，使之与政府和其他社会团体谈判交涉，组织生活上坚持民主原则，干部任免等一切组织事项都是投票表决。在独立协会的影响下，其他民间社会团体也如雨后春笋般纷纷建立，涌现出总商会、协成会、国民协会、光武协会、教育会、缙绅会、顺成会等等进步组织。这些人事的变动和组织的建立为独立协会展开爱国运动做好准备。

1898年以后，独立协会运动的主要方向是：（1）保卫国家的独立，反对外国势力的干涉，反对政府出卖国家经济权益，主张国家对外奉行独立自主的外交政策。（2）提倡广开言路，效仿欧美，使“大小政令，上达百僚，下至庶民，广询博采，措诸所为”。（3）要求民众参与立法，将中枢院由咨询机构改造为近代化的议会，实现政治民主和君主立宪。（4）兴办学校教育，开设工厂，推进民族自强运动。

为了实现以上目标，独立协会走出独立馆，以群众集会的形式发动自下而上的改革运动，不懈地进行针对守旧大臣及政府恶政的斗争。独立协会的斗争首先体现于守护国家主权上。独立协会自改选以后，就以排俄为目标，而徐载弼则建议独立协会采取群众集会的方式。1898年3月10日，独立协会在汉城市中心召开“万民共同会”，李承晚、洪正厚等会员向一万多名汉城市民发表演说，声讨沙俄的侵略，要求政府顶住俄国压力，收回国家主权。这是朝鲜半岛历史上规模空前的集会请愿和群众斗争，大韩帝国政府由此以“全国公议物论”和“众情实为不协”为由拒绝俄国，俄国不得不撤出财政顾问和军事教官，关闭韩俄道胜银行，停止了对绝影岛的租借要求。俄国暂停对韩国的侵略渗透，主要是由于国际关系的牵制，但独立协会领导的韩国人民反俄斗争也是不容忽视的因素。独立协会领导人之一的郑乔曾谓“自独立协会之兴，俄国不敢复为干预我国政治”，虽不无夸大之嫌，但反映出了独立协会在维护韩国主权上所起到的积极作用。随着独立协会的爱国运动取得初步胜利，招来了大韩帝国统治者和列强的注意，独立协会的幕后指挥徐载弼迫于压力，准备离韩去美。独立协会曾在1898年4月30日召开第二次万民共同会，请求政府挽留徐载弼。但徐载弼执意要走，遂于1898年5月中旬远赴美国。徐载弼走后，独立协会并未因此受挫，爱国运动的规模更加壮大。

除了守护主权以外，独立协会还重视人权和财产权的保护。在独立协会的弹劾下，1898年6月，企图勒索独立协会会员洪在旭的法部大臣李裕寅被罢官，肆意拷问并掠夺民财的警务使申奭熙也被解任。1898年9月发生“茶毒事件”，前俄语通译金鸿陆企图毒杀高宗未遂，金鸿陆及其同党孔洪植等人被捕。法部大臣兼高等裁判所所长申箕善等人主张恢复甲午更张时期废除的连坐法和孥戮刑，将金鸿陆一族男女老幼全部处决。独立协会认为此举野蛮残忍，有违人权保护，因此在1898年10月7日组织万余人在庆运宫仁化门接连数日伏阙上疏，弹劾申箕善、沈舜泽、尹容善、沈相薰、闵泳绮、李载纯、李寅祐7名政府大臣，声称“七臣一日不去，则臣等一日不退；七臣百日不去，则臣等百日不退”，最终高宗迫于压力而将他们全部免职，朴定阳、闵泳焕等开明官员上台。

独立协会最重要的活动是议会设立运动，这是独立协会孜孜以求的奋斗目标。徐载弼多次在《独立新闻》上强调设立议会的好处和必要性，独立协会也在1898年4月3日召开过论题为“设立议会乃政治上第一要务”的讨论会。1898年7月3日，独立协会上疏高宗，请求设立议会，高宗皇帝对此持消极态度，在7月9日下达的御批中写道：“所陈虽若出于忧爱，朝廷之事不可出位妄论”。7月11日，独立协会再次上疏强调其主张，又被驳回。独立协会仍继续坚持设立议会，不过他们并不主张开设民选议会（即下议院）。7月27日《独立新闻》刊登的一篇名为《不要急于开设下议院》的评论文章指出韩国民众因缺乏教育，故对政治不感兴趣，不理解自由、民权等词汇的含义，因此主张仿效日本的先例，缓设下议院，“我们在自己本分之内行使其权利，政府在皇帝陛下的统御下担当起应尽的职分，如此对内广设学校，对年轻施以教育，对外向欧美各国派出学生以习得有用之学问，如此尽速开发人民之智力，而经四五十年取得进步以后，再考虑下议院才更为稳妥”。1898年10月独立协会成功弹劾申箕善良等七大臣后，朴定阳、闵泳焕等开明大臣上台，独立协会也就更积极地提出自己的诉求。10月15日，南宫檍等5名独立协会代表与朴定阳政府展开谈判，提出了关于禁收苛捐杂税和将中枢院改组为议会的两条改革方案，其中改组议会的方案中规定一半由皇帝敕选，一半在独立协会中选举产生，并仿照外国议会制定章程。虽然独立协会的主张得到朴定阳的首肯，但高宗却在10月20日忽然下诏称：““盖闻外国之例，有协会焉，有国会焉。协会者，民人之所私设，职不过共同讲谈之称也……若乃评论政令，与闻黜陟，原非协会之规也。至如离次开会（即非法集会），封章守阙，胁迫大官，荡无防限，虽国会亦无此权，况协会乎。”因而严禁独立协会参与政治。朴定阳、闵泳焕等也迫于守旧势力的压力而一度辞职。独立协会不屈不挠，上疏反驳高宗诏敕。高宗在独立协会的强硬态度下不得不屈从，重新起用朴定阳等人，并下诏改定中枢院官制。独立协会抓住机会，向政府提出了自己拟定的将中枢院改造为议会的方案，但未得到高宗同意。于是独立协会决定重新召开万民共同会，向高宗施压，以达到开设议会的目标。

1898年10月28日，独立协会组织汉城市民在汉城市中心的钟路举行万民共同会，商议包括开设议会等在内的全盘国政改革问题。史载当天开会时“广大遮日，蔽于半天。太极国旗翻于西风，木栅周匝于会场。数千名会员静坐于栅内，观光者如云”。下午1点，独立协会会长尹致昊到会，向群众说明开会的宗旨。独立协会本邀请了朴定阳等政府大臣与会，但政府以10月20日皇帝诏敕中禁止独立协会参与政治为由拒绝参与。而后高宗传召尹致昊与李商在两人，两人解释开会本意后得到高宗许可，于是改在第二天（10月29日）开会。这天开会时朴定阳等一干政府大臣全部与会，与万民一道共商国是，故这次万民共同会又称“官民共同会”。大会通过了6项决议，由朴定阳上奏高宗皇帝，称为“献议六条”。其内容是：

一、不为倚附于外国人，官民同心合力，坚固专制皇权事。

二、矿山、铁道、煤炭、森林及借款、借兵，凡政府与外国人约条事，若非各部大臣及中枢院议长合同着衔捺印，则不得施行事。

三、全国财政，则毋论某税，并自度支部句管，而他府部及私会社则毋得干涉，预算、决算人民处公布事。

四、自今为始，凡干重大罪犯，另行公办，而被告到底说明究竟，自服后施行事。

五、敕任官则大皇帝陛下咨询政府，从其过半数任命事。

六、实践章程事。

“献议六条”是独立协会的纲领，具有鲜明的资产阶级民族主义性质，代表了当时韩国民族资产阶级的要求。第一条的“专制皇权”不是指过去封建社会乾纲独断的绝对皇权（absolute monarchy），而是与日本明治宪法中所规定的“天皇大权”相同的“皇帝大权”、“君主大权”（imperial prerogative）之意，是在君主立宪制下的皇帝权力。第二条表现出对国家主权的守护，第三条和第四条分别是完善近代财政和法制，第六条则指的是实行独立协会所提出的中枢院章程，将中枢院改造为议会。从“献议六条”来看，独立协会的主张与甲午更张的改革措施一脉相承，并增加了维护主权和设立议会两个内容。官民共同会的召开及“献议六条”的公布，标志着独立协会运动进入高潮。

独立协会自建立以来，就是守旧大臣和儒生攻击的对象。1896年7月9日，儒生郑惺愚首先发难，上疏攻击独立协会创建者徐载弼，称：“凶徒载弼，身被万古罔赦之罪，肆还本国，安敢头戴天日，手弄国柄，又况自称外臣于陛下之前。渠若外臣，何关于朝鲜国之事务乎。渠所谓《独立新闻》，不过诽讪，都蔑义理，此非为国，亦非为民，只欲改先王之法制，专欲为本国之倾覆。如此凶逆，岂可容贷于覆载之间乎。”要求将徐载弼等人“明正典刑”。此后这类攻击独立协会“大逆不道”、“目无君父”的上疏源源不断，虽然都被高宗一一驳回，但高宗及守旧大臣对独立协会愈发激进的行为自然是无法容忍的。

1898年以来，韩国政府迫于舆论压力基本应允了独立协会的要求，但是暗中已经磨刀霍霍，准备将其镇压下去。1898年7月，法部民事局长李基东召集各地褓负商，成立了所谓“皇国协会”，被独立协弹劾免职的大臣赵秉式又建立了“皇国中央总商会”。这两个团体以修订商务规则为幌子，实际上充当政府的打手，与独立协会对抗。独立协会展开议会设立运动期间，皇国协会就暗中破坏，以致高宗对独立协会的疑虑，朴定阳等一度辞职也是皇国协会胁迫所致。1898年10月29日独立协会召开官民共同会、通过“献议六条”以后，高宗皇帝对此表示全部认可，并颁布了所谓的“诏敕五条”以回复独立协会，称：“一、谏官废止后，言路壅滞，上下无勤勉警励之意。亟定中枢院章程，以为实施事。一、各项规则，既有一定，各会与新闻亦不可无防限。会规令议政府、中枢院参酌时宜。裁定新闻条例，令内部农商工部，依仿各国例裁定施行事。一、观察使以下地方官及地方队长官等，无论现任与已递，若有干没公货者，依赃律施行。骗夺民财者，这这推给本主后，按律惩勘事。一、御史、视察等员之作弊者，许令本土人民赴诉于内部及法部，以为査究惩治事。一、设立商工学校，以劝民业事。”独立协会听说后，山呼万岁，同时决定印刷“献议六条”和“诏敕五条”10万张散布于韩国十三道城乡，同时让各校学徒认真学习。11月2日，朝廷又按照独立协会的要求公布了中枢院新官制，韩圭卨为议长，尹致昊为副议长，半数为官选议官，半数为民选议官，民选的由独立协会中投票选出。独立协会遂决定于11月5日在独立馆举行投票，史载“满城人民闻此报，莫不欣喜，以为我国初有之盛举，而从此中兴政治，拭目可睹，会员亦踊跃欢喜”。独立协会的改革运动似乎取得了胜利。

正当独立协会会员做着议会梦的时候，以赵秉式、闵种默和李基东为首的守旧大臣并不善罢甘休，他们很快制造了“匿名书事件”来打击独立协会。1898年11月4日夜晚，赵秉式指使手下的褓负商在光化门外的朝房及汉城各通衢粘贴匿名书，称独立协会将阴谋废除君主制，建立民主共和国。赵秉式等前去奏对时，更是利用高宗对独立协会的不满心理，将匿名书事件加以润色，诬称独立协会在11月5日的投票中将建立共和国，选举朴定阳为总统，尹致昊为副总统，其余独立协会会员均有一官半职，欲置独立协会于死地。高宗闻讯后大怒，下令将李商在、南宫檍、郑乔等独立协会要人17名全部逮捕投狱，朴定阳等人罢官，尹致昊逃走。汉城市民听说了政府的暴行以后十分愤慨，在当天召开万民共同会，强烈要求释放独立协会被捕会员。高宗迫于人民的抗议，不得不于11月10日下令释放李商在等17人，宣布匿名书为捏造，并将赵秉式革职查办。然而独立协会仍然不满意，于11月15日在仁化门外举行万民共同会，谴责政府的镇压政策，要求“诛群奸、施六条、任贤能、允民会”。在高宗本人的授意下，皇国协会的褓负商们于11月21日在吉永洙、洪钟宇的率领下突然冲进万民共同会的集会场所中，对集会群众乱棒殴打，酿成大规模的流血冲突事件。人民失望之极，奋起反抗，据当时日本驻韩代理公使日置益说：“现今韩国舆论皆以向独立协会倾注同情之姿态，完全站在协会一边”“一般人民将帝（高宗）比作殷之纣王，或绝叫自己早已非帝之臣民”。郑乔也记载道：“是时城内外人民郁愤所激，昼闭廛门，号天叫呼，群聚于贞洞屏门者如山，拾取小石子积成城郭，将欲打杀负商，负商辈逃出新门外，人民追击以石子，颇有被伤者”，又载高宗派警务使闵丙汉等晓谕市民时，“道路巿民皆曰：‘此是不为保护人民之警务使’，乱投石子，丙汉遂避入高等裁判所附近民家。城外卖柴商民入城中卖柴，归路毁李基东家宅。而万民不胜愤恨，争往毁破赵秉式、闵种默、洪钟宇、吉永洙、俞箕焕、尹容善、闵泳绮之家，又破坏信义商务所（褓负商的老巢）”。

在汉城陷入独立协会与皇国协会、民众和政府之间的大规模冲突的乱局下，为了避免事态进一步恶化而引发民变，高宗不得不下令惩罚洪钟宇等人，又赦免了尹致昊，任命他为汉城府判尹。1898年11月26日，高宗皇帝又与各国公使一道，破天荒地亲自接见了万民共同会的群众代表200人，表示接受他们的要求，晓谕他们不要“越权犯分”，并宣布“有罪无罪，不计轻重，一并荡涤，洞释疑阻，咸与维新”。于是独立协会在这“四千年初有之事”的感化下解散了万民共同会，暂时平息了政治风波。这时独立协会发生分化，上层领导人如尹致昊、南宫檍等人主张妥协，他们明确反对再次召开万民共同会；而李承晚、崔正德等少壮派则主张继续斗争，他们甚至还主张召回亡命日本的开化党人朴泳孝。事实上独立协会不少会员都与亡命中的朴泳孝保持联系，希望朴泳孝回国主政。朴泳孝在甲午更张时因谋逆而逃亡，独立协会召还朴泳孝正中高宗大忌，为不久后高宗武力镇压独立协会埋下伏笔。

1898年11月29日，韩国政府重新颁布中枢院新官制，议官仍然为50人，可是皇国协会29人，守旧官员4人，独立协会只有17人。独立协会不服，于12月6日召开万民共同会，在之后10余日的时间内4次上疏，要求高宗遵守诺言，实施独立协会的要求。保守派官僚和儒生李南珪、安泰远、李文和、金奭济等也在此时纷纷上疏，要求追究独立协会扰乱秩序的责任，声讨其“欲用他国民主共和之俗，变我邦君主专制之规”“以欧美共和之政，欲移我专制旧规”。在此期间，中枢院于12月16日无记名投票选举政府大臣，结果朴泳孝以10票当选。12月18日又有李锡烈等30余人联名上疏请求召还朴泳孝。高宗本来就深恐独立协会运动酿成“法国革命之乱”，又看见召还朴泳孝之议甚嚣尘上，于是对独立协会失去了最后的信任与耐心，于1898年12月22日下令动员军队，将独立协会所召开的万民共同会用武力强制解散。1898年12月25日，高宗亲赴端门晓谕汉城市民，将11项罪名强加给独立协会，宣布取缔独立协会。至此，独立协会宣告解散。1899年1月17日，韩国政府又指示各地镇卫队用武力对独立协会支会“痛禁之”，独立协会会员李承晚等人被捕，郑乔等人躲进外国租界，尹致昊则被怀柔政策收买并任命为德源监理兼德源府尹。李商在亦“特免惩戒”。《独立新闻》也在这一年停刊。独立协会运动在大韩帝国政府的镇压下以彻底失败告终。

独立协会被资产阶级开化派视为大韩中兴的“最后希望”（the last hope of Korea），独立协会被镇压意味着韩国又一次错失了实现近代化的机会，与之对立的大韩帝国专制政府虽然实施了“光武改革”，但只是经济和军事方面的近代化改革，政治方面仍然延续腐败的封建君主专制政体，并透过1899年的“大韩国国制”以宪法形式确定了“无限君权”，对外则“竭吾国财谄事外人，朝秦暮楚，择强而交”。这使韩国国势并无法得到根本性的转机，最终失去独立地位，被日本控制直至吞并。在日本控制下的韩国民族资产阶级又兴起了爱国启蒙运动，但已无法企及独立协会运动的效果，难挽亡国的颓势了。

独立协会运动是朝鲜近代史上第一次自下而上的资产阶级爱国运动，所以有学者认为它是韩国版的“自由民权运动”，同时也是继甲午农民战争之后又一次群众性爱国运动，所以独立协会这一组织及其掀起的爱国运动具有鲜明的进步性。综观独立协会的进程，可分为三个阶段：一是1896年7月2日到1897年8月29日的独立门建设期，这个阶段为高官社交沙龙；二是1897年8月29日到1898年2月20日的讨论会启蒙期，这一阶段为启蒙团体；三是1898年2月20日到1898年12月25日的政治改革运动期，这一阶段为民权运动的领导势力，而该阶段又可细分为2月20日到10月28日的自主民权自强运动期、10月28日到11月5日的官民共同会运动期和11月5日到12月25日的万民共同会斗争期。独立协会在政治上伸张民权，倡导民主，使身份等级森严的朝鲜社会在这一时期呈现出前所未有的平等状况，史载“时流品既混，漫无名分之限，士大夫与旧日厮役对椅抗礼，而犹为其所榨拶，往往有不虞之辱”，保守派也攻击独立协会说“老少妇女，杂处会中，豫论国政，蔑绝伦常，同人道于禽兽”，这种性别和阶级上的平等现象虽然只是昙花一现，但却鲜明地体现出独立协会的民主性。在经济上，独立协会要求发展资本主义经济，主张“扩张商路以振国力，永保独立之基础”，不仅不少会员投身实业（如会长安駉寿就参与创建多个民族企业），其守护国家主权的运动也是为了保护民族经济，指出“外人买占土地，赁造房廛，商民之权利、农户之产业，日耗月损，土为外人所有，户为外人所占，则国名虽存，国计实空”，因此要求政府“截禁外人买占土地之弊，使本土人种保存农商之业”，这些都反映独立协会代表民族资产阶级的利益。在文化上，独立协会提倡近代文明与新风俗，反对四书五经所代表的儒家文化，抨击其“政治学问与富国之术全无，白白耗费青春岁月”，并鼓吹独立自主的新学问，通过《独立新闻》、《皇城新闻》等近代报刊对民众进行启蒙。总之，独立协会是代表新兴资产阶级的社会团体，以独立自主为核心思想，以政治民主和经济富强为奋斗目标，由此展开一系列启蒙活动和改革运动，虽然最后失败了，但因其源源不断地向民众灌输民族主义和民权思想，因而对韩国人的近代民族意识及国民意识的形成产生关键性的作用，具有相当深远的历史意义。

独立协会运动作为一次近代化的政治运动，区别于之前的甲申政变和甲午更张的是这次运动具有更广泛的阶级基础和群众基础，从而扩大了这次运动的影响；作为一次群众性的爱国运动，又比先前的甲午农民战争更加代表历史发展的方向，直接推动了朝鲜社会的进步和人民思想的启蒙。然而独立协会又是朝鲜民族资产阶级早熟的表现，不符合历史发展规律及朝鲜资本主义极不发达的现状，所以它的局限性还很大，也注定了独立协会的短命。正如大韩民国临时政府第2代总统、历史学家朴殷植所指出的那样：“吾国民党号为有力者三，即甲午东学党、丁酉独立党（指独立协会）、甲辰一进党（指一进会）是也。东学之暴动，一进之卖国，其状襮著天下，毋庸论之。惟独立党由绅士组织，最有精神之足尚，故其败为吾民之深惜焉。然独立党之知识根基亦不免幼稚粗浅，急于虚荣，骛于狂躁，能无蹶乎。”

后世大韩民国对独立协会评价较高，姜万吉教授将独立协会定性为“门户开放以后20余年期间发展起来的近代政治势力、新知识分子阶层和民众势力为中心所展开的民权运动达到的一个高峰”。慎镛厦曾有专著《独立协会研究》，多次再版，是研究独立协会最高水平的著作。他认为独立协会是19世纪末由于列强的侵略而造成韩国自主独立的损毁和民族的危机之际，韩国人展开自主民权自强运动、以民众之力解决民族面临的问题和打开民族危机的社会团体。

虽然独立协会基于民权的民主主义性质是普遍看法，但也有韩国学者提出质疑，如崔德寿通过考察独立协会的君权观和民权观，主张不能简单视之为成熟的民主主义思想。他指出独立协会并未否定君权本身而反倒强调君权的绝对性与实质性强化，其民众观始终囿于愚民观而否认普通国民的参政能力，就是说独立协会的所谓民主是以被限定的极少数社会人才为对象，他还指出独立协会虽然标榜独立自主，但其外交论明显倾向于亲日、亲英美和拒俄，对帝国主义的认识存在明显的局限性，是造成日俄战争后的韩国亲日派形成的重要原因。李泰镇则指出：“独立协会的万民共同会主办方不听皇帝的劝告，皇帝虽然发布了解散令，但他们仍继续集会，皇帝不得已让皇国协会用武力去解散集会”，即独立协会解散的错在于独立协会自己而不在高宗皇帝身上，并认为独立协会是日本利用来搅乱韩国的，反而对近代化起阻碍作用。

朝鲜民主主义人民共和国史学界对独立协会的观点是否定的，指出独立协会是美国侵略朝鲜的工具，批判独立协会成员“急忙把自己打扮成最坚强的‘独立斗士’、‘忧国之士’，令人瞩目地提出一些攻击政府的口号，想利用人民群众不断高涨的爱国运动，来实现其丑恶的政治野心”。20世纪80年代出版的《朝鲜全史》（第14卷）则将万民共同会和独立协会分开看待，将万民共同会视为人民的反封建反侵略斗争而给予高度肯定，对独立协会则持否定评价，写道：“美帝通过他们豢养的卖国奴徐载弼来进行亲美事大主义的说教，同时让万民共同会中的李承晚等亲美分子来策动反对帝国主义的朝鲜人民的斗争矛头转到其他方向去”，又说“人民强烈谴责妨害万民共同会反侵略斗争的独立协会会长、亲日亲美分子尹致昊的阴谋策动”。这明显是根据独立协会领导人徐载弼、尹致昊、李承晚等人后来的亲美反共立场而从现实政治角度作出的评价。