更始元年（23年）六月，新军围昆阳（今河南叶县）。城中汉军仅数千人，刘秀出城斩杀王寻，城中汉军里应外合，大败莽军。

新市、平林诸将见刘縯兄弟威名日盛，暗中劝说更始帝刘玄除掉的。刘玄任命刘稷为抗威将军，刘稷不肯就任。更始帝和诸将陈兵数千人，先杀刘稷，后杀刘縯。以堂兄光禄勋刘赐为大司徒。刘秀从父城赶赴宛城谢罪。更始帝因此惭愧，任命刘秀为破虏大将军，封武信侯。

更始元年（23年）汉军兵分两路，直捣洛阳和长安。一路由定国上公王匡率领，迅速攻陷洛阳，生擒新莽太师王匡、国将哀章，将他们全都斩首。一路由西屏大将军申屠建、丞相司直李松率领，西入武关，矛头直指长安。

更始元年（23年）九月，汉军从宣平门攻入长安城。长安城百姓响应汉军，杀死王莽，结束了新朝的统治。

更始元年（23年）十月，奋威大将军刘信在汝南击杀刘望，并诛杀严尤、陈茂，所属郡县全都降服。

更始帝欲迁都洛阳，任命刘秀代理司隶校尉，命其先入洛阳整修宫殿官府；后北上定都洛阳，分别派出使节到各郡各封国巡行。立故梁王刘立之子刘永为梁王，都睢阳。命刘秀代理大司马的职务，持节北渡黄河，镇守安抚各州郡。命大司徒刘赐为丞相，命刘赐先入关，修建宗庙、宫室。令人劝降赤眉，樊崇等人听说汉朝复兴，便留下部众，率将领二十余人，随同使节来到洛阳。更始帝把他们都封为列侯。

更始二年（24年），申屠建、李松自长安迎接刘玄迁都。二月，刘玄从洛阳出发。

刘玄娶赵萌女儿为夫人，把政事委托给赵萌，日夜在后宫饮宴。韩夫人特别喜欢喝酒，每次陪侍饮酒，见常侍奏事，总是生气地说：“皇帝正在和我喝酒，要在此时打扰吗！”赵萌专擅大权，随意杀人。有官吏上奏赵萌放纵，刘玄拔剑杀之，从此无人敢说。以至小人、厨师都滥授官爵，长安为此说：“灶下养，中郎将；烂羊胃，骑都尉；烂羊头，关内侯。诸将在外开始自行赏罚，设置牧守；州郡交错，不知该怎么办。从此关中离心，全国叛乱。

更始二年（24年）三月，更始帝派尚书令谢躬率领六位将军讨伐王郎，不下。与刘秀合兵一处，东围巨鹿，一个多月也没有攻下。四月，刘秀留邓满包围巨鹿。进军邯郸，连续作战，打败他们。五月，攻克邯郸。更始帝派使者立刘秀为萧王，全部下令停止军队，与众有功将领到行在所。派苗曾担任幽州牧，韦顺任上谷太守，蔡充为渔阳太守。

更始二年（24年）六月，刘玄封刘秀为萧王。

更始二年（24年）秋，更始帝派遣柱功侯李宝、益州刺史张忠率领军队一万多人攻蜀。公孙述派王恢在绵竹攻打李宝、李忠，大败汉军。

更始三年（25年）正月，方望和安陵人弓林共同拥立前定安公刘婴为帝，聚集党徒数千人，占据临泾。更始帝派遣丞相李松讨伐方望等，将他们全部斩杀。赤眉军的两支队伍在弘农会师。更始帝派遣讨难将军苏茂抵挡，苏茂大败。赤眉军于是集结，一万人为一营，共计三十营。更始大将樊参率数万人，渡大阳欲攻邓禹，邓禹派诸将在解南迎战，大破敌军，斩樊参。于是王匡﹑成丹﹑刘均等合军十余万，共击邓禹。初战，邓禹失利，樊崇战死。后大破王匡军。王匡军至等皆弃军而逃，邓禹率轻骑急追，俘刘均及河东太守杨宝﹑持节中郎将弭强，将其斩杀，收得节六，印绶五百，兵器不可胜数，遂定河东。

更始三年（25年）三月，刘玄派遣丞相李松同赤眉军在乡展开大战，李松等大败，死三万余人，于是赤眉军向北推进到湖城。

参见：湖县之战、崤底之战、宜阳之战

更始三年（25年）六月，赤眉军进抵华阴（今陕西华阴东），立刘盆子为帝，建元建世。大封百官，徐宣为丞相，樊崇为御史大夫，逄安为左大司马，谢禄为右大司马，杨音以下将领都封为列卿。

更始三年（25年）六月，刘秀在鄗城称帝，建元建武，国号仍为汉，史称东汉。隗嚣向更始帝建议把政权移交给光武帝叔父国三老刘良，更始帝不听。诸将想劫持更始帝东归，引发宫中混战，更始帝东出新丰投靠赵萌。

更始三年（25年）八月，廪丘王田立、白虎公陈侨陆续率众投降刘秀，至此，洛阳守将朱鲔四面楚歌，孤城危殆。

更始三年（25年）九月，谢禄等人随樊崇率军攻破长安，推翻更始政权。刘玄单人匹马逃到右扶风的高陵，被右辅都尉严本软禁，后被迫向赤眉军请降。刘秀下诏封刘玄为淮阳王。诏书说，无论官吏或百姓敢有杀害刘玄的，罪与大逆相同。

更始三年（25年）十月，刘玄随谢禄到长乐宫，肉袒伏地，将皇帝的印绶奉献给刘盆子。樊崇罪责刘玄，把他置于庭中，准备杀掉。刘恭、谢禄见状都为刘玄说情，但樊崇不答应，后经刘恭以自杀相迫，这才赦免了刘玄，封为畏威侯。刘恭又坚持替刘玄请求，刘玄又被封为长沙王。同月，朱鲔献城投降，刘秀迁都洛阳，幸南宫。

更始三年（25年）十一月，梁王刘永自称天子。

建武元年（25年）十二月，三辅百姓苦于赤眉军暴虐，对刘玄被幽禁的处境，深感同情。张卬等更始降将深以为虑，怕刘玄东山再起，就对谢禄说：“现各营统帅有很多是前更始旧将，很多人想派兵将刘玄夺回，一旦刘玄被劫走，更始旧将一定会联兵向你进攻，你就是自取灭亡了。”谢禄听了，觉得有理。于是谢禄派亲兵与更始一起到郊外去牧马，密令亲兵把更始绞杀了。

建武二年（26年）正月，更始政权复汉将军邓晔与辅汉将军于匡降光武帝。

建武二年（26年）三月，贾复领兵击败更始政权郾王尹遵，尹遵降光武。贾复又率兵攻打更始政权淮阳郡太守暴汜，暴汜降光武。

建武二年（26年）四月，光武帝封刘玄之子刘求为襄邑侯，奉更始之祀；刘歆为谷孰侯，刘鲤为寿光侯。

建武二年（26年）十二月，因长安粮绝，赤眉军中思乡之情，樊崇被迫率军退出长安。

建武三年（27年）正月，刘恭对于谢禄杀害刘玄一事一直耿耿于怀。到了洛阳之后，伺机将谢禄杀死，为刘玄报了仇。事发之后，刘恭自己到监狱中投案自首，刘秀下诏将其赦免。

建武三年（27年）三月，冯异与东归途中的赤眉军会战于华阴，赤眉军大部被歼，刘盆子、樊崇等被迫投降。后邓禹遵刘秀之意将刘玄安葬在长安霸陵附近。

建武四年（28年），耿纯领兵击败更始政权东平郡太守范荆，范荆降光武。

建武二十八年（52年），刘鲤怨恨刘盆子杀了其父刘玄，派遣宾客将刘盆子之兄刘恭刺杀。

更始元年至二年（23年-24年）之间所控地区相当于故西汉之冀、衮、青、徐、豫、幽、并、凉、荆、司隶、朔方、交趾等刺史部所辖之全部郡国及益州刺史部之武都、汉中，扬州刺史部之六安、九江、豫章、丹阳、会稽等郡，占据了西汉末年疆域的绝大部分地区，其声势之浩大，已基本上具备了一个统一王朝的规模，远非偏居一隅的公孙述、李宪等割据政权之可比。

然而，更始政权对其势力范围的控制并不像真正一统王朝那样行之有效。其间接控制地区自不待言，即使是在其直接控制地区之内，其统治也较为松散。更始元年末冀州王朗起兵，自称天子，即为一例。这恰好说明了地域性政权之势力范围缺乏稳定性的特点，与封建统一王朝的疆域政区形成鲜明的对照。

更始二年（24年）以后，“长安政乱，四方皆叛”，大大小小的地域性政权相继出现，彼此纷争抗衡，其各自之势力范围亦随之不断盈缩。

新朝灭亡后，天下复有承袭西汉末年一百零六郡国之局面，更始政权对此应当无所更动。更始政权则对王莽时期的州区划做了一些变动。王莽在平帝时曾“正十二州名分界”，将朔方撤去，据扬雄《十二州箴》十二州名为冀州、兖州、青州、徐州、扬州、荆州、豫州、益州、雍州、幽州、并州，并将过去的“郊止”改为“交州”，共十二州，而无“朔方之州 或“朔州”，也无“凉州”之名。但据《后汉书·郑兴传》记载，更始政权则有“朔方”和“凉州”之名。

更始政权已知可考的州牧刺史：司隶校尉刘秀、徐州牧力子都、幽州牧苗曾、交阯牧邓让、冀州牧庞萌、凉州剌史郑兴、益州刺史张忠。

更始政权直接控制的七十九郡国：京兆尹、左冯翊、右扶风、弘农郡、河东郡、河内郡、河南郡、颍川郡、汝南郡、梁国、沛郡、淮阳国、鲁郡、东郡、济阴郡、山阳郡、陈留郡、东平郡、平原郡、千乘郡、临淮郡、东海郡、泗水郡、楚郡、广陵郡、魏郡、常山郡、巨鹿郡、信都郡、真定国、中山郡、河间郡、广平郡、清河郡、渤海郡、涿郡、广阳郡、上谷郡、渔阳郡、右北平郡、辽西郡、辽东郡、玄菟郡、乐浪郡、代郡、太原郡、上党郡、雁门郡、定襄郡、云中郡、西河郡、上郡、五原郡、北地郡、朔方郡、汉中国、南阳郡、南郡、江夏郡、零陵郡、武陵郡、桂阳郡、长沙国、苍梧郡、交阯郡、南海郡、郁林郡、合浦郡、九真郡、日南郡、豫章郡、丹阳郡、会稽郡、六安郡、九江郡、广德郡、广宗郡、广世郡。

更始政权间接控制的十九郡：泰山郡、城阳郡、济南郡、齐郡、北海郡、高密郡、胶东郡、淄川郡、东莱郡、琅琊郡，此十郡为张步所据。安定郡、泰山郡、陇西郡、武威郡、金城郡、张掖郡、酒泉郡、武都郡、敦煌郡，此九郡为隗嚣所据。

更始政权未控制的八郡：庐江郡，此郡为李宪所据。蜀郡、广汉郡、巴郡、越巂郡、犍为郡，此五郡为公孙述所据。牂牁郡、益州郡，此二郡为据郡自保之地。

更始政权初期，绿林军首领在政权中站优势，确立谁为政权首脑的争论，以及刘演后来被杀都反映了这一点。所以，从阶级构成看，尽管刘玄是皇族出身，地主分子，并不妨碍初期的更始政权是一个农民政权。更始政权之后涌进了大批地主豪强分子，后期，他们逐渐占有了优势。此后，政权迅速衰败，由初期的农民政权转化为封建性割据政权。

更始政权的中央政府组成沿用西汉官制，以三公九卿为基本架构。中央核心权力，基本控制在以刘玄为代表的豪强地主手中，尤其是控制在右大司马赵萌和丞相李松手中。

更始帝即位之初任命堂叔刘良当国三老，王匡为定国上公，王凤为成国上公，朱鲔为大司马，刘演任大司徒，陈牧为大司空，其余都拜为九卿或将军。

九卿是太常将军刘祉、太常偏将军刘秀、光禄勋刘赐、卫尉大将军张卬、太仆、廷尉大将军王常、大鸿胪、宗正、大司农、少府。他们各自分管的政务是：太长掌典礼，光碌勋、卫尉掌宫省禁卫，太仆掌皇帝车马，廷尉掌司法，大鸿胪掌接待诸侯与少数名族，宗正掌皇族事务，大司农掌国家财政收支，少府掌皇帝器用服饰。九卿各官的长官是卿，副职为丞；其下分设各官管理具体事务，大体以令为正职，丞为副职。

更始帝迁都长安后任命朱鲔为左大司马，宛王刘赐为大司马，让他们与李轶、李通、王常等人镇抚关东。又任命李松为丞相，赵萌为右大司马，共同主持内政。

更始政权建立以后，废止了新朝的法律，恢复了西汉的旧律。

地皇三年（22年），绿林山中疾疫流行，绿林军出山，一支由王常、成丹等率领，西入南郡（治今湖北江陵），称下江兵；另一支由王匡、王凤、马武等率领，北上南阳，称新市兵。新市兵攻随县时，平林人陈牧、廖湛率众响应，于是绿林军中又增添了一支平林兵。南阳的刘演、刘秀兄弟为西汉宗室，见天下大乱，他们亦打着“复兴汉室”的旗号，联络附近各县地主豪强，并且把宗族、宾客组成一支七、八千人的军队，起兵反莽，称为舂陵兵。

更始政权建立初始，王莽乱政后的经济秩序尚未恢复，地方豪强和割据势力各自为政，民间交易以谷帛兼前代旧钱，造成市场混乱不堪。更始二年（25年）估，更始政权于长安开炉鼓铸五铢钱，史称“更始五铢”。

更始政权没有具体的人口调查，更始二年（25年）估计中国有2800万人。由于王莽改制失败加上自然灾害频发和14年黄河下游改道，致使17年爆发绿林赤眉起义。之后烽火遍地，军阀割据和混战，造成黄河流域大量人口死亡，其余为躲避战火大量向长江流域迁徙。东汉初年，江南地区人口升至全国四成，口数超过500万的有豫州、荆州、扬州与益州等四州。南方人口增长的同时，北方大部分郡国人口减少。

更始政权除按私有土地的数量征收田租之外，还有田亩附加税—刍、稿税的征收之制。更始元年（23年）光武帝曾为其季父舂陵侯刘敞“讼逋租”，为此他“诣大司马府，讼地皇元年（20年）十二月前租二万六千斛，刍、稿钱若干万”。农民拖欠的舂陵侯家的“逋租”中，除粮食外，还有“刍、稿钱若干万”，可见农民缴纳的地租中，也包括有刍、稿税，而且二者都系以钱折纳。然则缴纳给官府的刍、稿税，也必然是如此。

汝南地区的鸿隙陂，西汉时堙废。汝南太守邓晨对其加以修复，可以灌溉几千顷良田。后来又不断加以扩建。邓晨曾任更始政权偏将军、常山太守。

做九真太守任延在当地推广牛耕，田亩年年增辟。在西汉后期发明的精耕细作的区种法，得到了迅速推广。任延曾任更始政权会稽都尉。

由于更始政权时间较短，对中国文化的影响不大。两汉之交时著名的儒学大师郑兴，擅长历算，喜好古学，尤其对《左氏》、《周官》有研究，东汉研究《左氏》的人多半出自郑兴的流派，与当时另一个经学家贾逵合称郑贾，他们的学术流派被称为郑贾之学。郑兴曾任更始政权丞相府长史、谏议大夫、凉州刺史。

臣节是指士人对君主效忠的政治立场，具有唯一性和排他性。新旧政权交替时，臣节就为帝王和士人所关注。两汉之际的士人到光武中兴，就必须经受后人对臣节的考问。臣节对崔篆、冯衍的政治前途和文学创作均产生了影响，因而他们的赋作分别呈现为愧悔和反抗两种情感模式，为后世的“失节”文学提供了参照。

由于更始政权时间较短，对中国科技的影响不大。南阳太守杜诗创造了利用水力鼓风铸铁的机械水排，引这种钢材的制作方法。最初的鼓风设备叫人排，用人力鼓动。继而用畜力鼓动，因多用马，所以也叫马排。直到杜诗时改用水力鼓动，称水排。杜诗曾被更始政权征召为大司马府官吏。

更始二年（24年）冬，更始帝派遣中郎将归德侯刘飒、大司马护军陈遵出使匈奴，向单于颁发与汉朝旧制相同的印信，并就此把栾提云与他丈夫须卜当剩下的亲属、贵族、随从送回匈奴。匈奴单于栾提舆骄傲，对遵、刘飒说：“匈奴与汉朝本来是兄弟，匈奴中乱，孝宣皇帝辅立呼韩邪单于，所以说我认为尊汉。如今汉朝也大混乱，被王莽所篡夺，匈奴也出兵攻打王莽，扰乱边境，令天下骚动思念汉朝；王莽最终失败，汉朝复兴，我也出了力，应当尊重我！”故与使节抗拒，单于始终坚持这样的话。

新朝败亡之后，羌人占据西海。更始年间，羌人侵犯金城、陇西。隗嚣虽拥有军队而不能讨伐的，于是派人宣慰。

更始三年（25年）七月，光武帝刘秀下诏封更始帝为淮阳王；诏书说，无论官吏或百姓敢有杀害刘玄的，罪与大逆相同；有把刘玄送到官府的，封为侯爵。

更始帝定都洛阳，派遣使者招降樊崇。樊崇等听说汉室复兴，就留下军队，亲率领将帅二十余人，随使者到洛阳投降更始政权，均被封为列侯，但都没有封邑。

赤眉军下诏劝降更始帝，二十天内投降，封长沙王，二十天外，不接受投降。

更始二年（24年）四月，更始帝刘玄遣柱功侯李宝、益州刺史张忠征蜀，公孙述派他的弟弟公孙恢拒敌于绵竹。经过几番激战，公孙恢战胜李宝、张忠。之后不久，公孙述占领成都并称帝。

更始二年（24年），更始帝刘玄遣使征召隗嚣及隗崔、隗义等人，方望认为刘玄的前途还不清晰，坚决阻止他们前往，但隗嚣不听劝告。见劝说无果，方望写了一封辞别信后离去。隗嚣接受刘玄的征召前往长安，被封为右将军，隗崔、隗义则仍沿用原来的称号。当年冬天，隗崔、隗义谋划背叛刘玄而北归，隗嚣害怕他们的行为连累自己，便将此事告密给刘玄，隗崔、隗义随之被杀。刘玄认为隗嚣效忠于己，封隗嚣为御史大夫。

更始三年（25年），光武帝刘秀即位，正值此时，赤眉军入关，隗嚣劝谏刘玄让位于刘秀集团的计策失败后，打算劫持刘玄东归。谁料事情泄露，刘玄派兵围捕隗嚣。隗嚣于是率领属下数十人骑马连夜突围逃回天水。回到天水后，隗嚣召集原来的部下，在故地集结，自称“西州上将军”。其间，隗嚣廉恭爱士，与名士成为布衣之交，颇得人心。刘玄失败后，三辅贤士、名将纷纷投奔到隗嚣旗下，其中有马援、班彪等名将，一时群贤毕至，将士云集。隗嚣由此“名震西州，闻于山东”，陇右隗嚣集团也成为当时西北最具影响力的政治、军事力量。

在两汉之际的社会动乱中，小农、豪族、士人及刘氏宗室等成为参与社会动乱的主要群体。小农是动乱的形成者，因势而动的豪族、士人等则成为了社会动乱的促进因素。由于小农、豪族、刘氏宗室等在政治意识、社会身份和社会动员能力上的巨大差距，新朝末年小农的起事虽然频繁和广泛，但从根本上而言都是一种暂时的、盲目的和零散的活动，难以形成统一有序的军事力量，而以刘氏宗室为首，包括豪族阶层在内的两个群体，不仅拥有强大的经济、社会力量，而且具有明确的政治目的和政治策略。在各自势力的发展中，由于他们大多重视吸纳地方豪族和士人来加强自身实力，同时还注意吸收农民军的力量，因而在社会动乱的发展过程当中，成为推翻新朝、建立东汉的主导力量。

王莽改制，试图在托古形式下解决西汉中后期以来的积弊，但事与愿违，却使得众庶各不安生，招致了普遍的不满和反对，王莽曾经使社会各阶层、各类身份的人都获得过实际的改革利益，因而获得最广泛的支持。正是由于他们对改革的期望值过高，自然也无法接受失败的结果。转而怀念曾经被他们诅咒的汉王朝，于是思刘兴汉一时成为社会各阶层共同心里追求。