1月底，国民政府在广东松口成立“闽粤边区剿匪总指挥部”，以涂思宗为总指挥，对中共据点实行大规模的扫荡。

1949年

4月，解放军在渡江战役胜利后，乘胜南下，国军兵败如山倒。

8月，“福建省政府”随“中华民国国军”由福州市迁驻金门县。

8月17日，解放军第三野战军第十兵团司令叶飞攻占福建省省会福州，成立福建省人民政府和福建军区。

8月31日，攻克晋江（今泉州）。

9月16日，攻克平潭。

9月25日，攻克龙溪（今漳州）。

10月10日，渡海攻占大嶝岛和小嶝岛。

10月17日，渡海攻占厦门，并准备对厦门外海的金门岛进行作战。

10月25日，解放军发动金门战役，“国军”击退进攻的解放军。

10月，“福建省政府”由军方全面接管，军方全面接管沿海岛屿。实行军管制度，停止金门、东山及马祖的县制，各设民政处管辖地方行政。

1950年

3月，首先成立“金门及马祖两军管区行政公署”，代理原来的金门、连江、长乐、罗源、莆田等五县实际辖区之政务。

年初，解放军准备再进攻金门。解放军进攻东山岛。5月初，“国军”从东山撤军。

6月，朝鲜战争（国民党称韩战）爆发后，以美国为首的“联合国军”击败北朝鲜，大举越过三八线，进抵鸭绿江畔。中共中央军委暂停攻台计划，将主力部队调往朝鲜，与美军对峙。美国将台湾重新纳入防御体系，并派遣美国第七舰队进入台湾海峡。国民党军取得大量美援，借机加紧在沿海岛屿进行游击战。

1952年

10月，国民党金门防卫司令部司令官胡琏派军于15日攻下南日岛，随后“国军”悉数撤离该岛。

1953年

7月16日，朝鲜停战协定签署前，胡琏率“国军”，对位于福建和广东二省交界处的东山岛突然发起了登陆进攻作战。解放军击败国民党军，取得东山岛战役的胜利。战役后，蒋中正不再派出成编制的部队“反攻大陆”，“反攻大陆”军事作战行动至此告终。

实施战地政务

1955年1月20日，“福建省政府”在金门正式恢复建制，并于马祖设立闽东北行政公署，管辖连江、长乐、罗源3县之政务。7月，闽东北行政公署改制为福建省第一行政督察专员公署。

1956年7月16日，台湾当局令“省政府”移驻台湾省台北县新店镇办公，并予以虚级化，负责研究有关“收复福建地区之重建计划方案及对大陆福建地区广播、闽侨联系、人才储备与不属战地政务之一般省政工作”，同时撤销“第一区行政督察专员公署”，并将莆田县属乌丘村暂归金门县管辖，罗源县所属东引岛、西引岛及长乐县所属东莒岛、西莒岛等岛划归连江县管辖。

1958年8月23日，解放军炮击金门、马祖。后来中共放弃封锁，宣布改采“单打双不打”的方针，逐渐减少攻势。期间除1965年间偶发的东引海战、东山海战和乌丘海战之外，两岸海空军不断有零星交手。

1979年，中华人民共和国全国人民代表大会常务委员会发表《告台湾同胞书》，国防部长徐向前发表声明，停止从1958年开始对大金门、小金门、大胆、二胆等岛屿炮击，国共内战大规模军事冲突告一段落。

1987年7月，台湾地区“解严”后，基于军事考量，金马地区仍实施戒严。同年8月21日3位金马青年翁明志、王长明、陈振坚三人，到“福建省政府”静坐，揭开了金马反戒严运动的序幕。经历长期的陈情与抗争，台湾当局防务部门于1992年11月7日“金门、马祖、东沙、南沙安全及辅导条例”公布施行，终止金马地区战地政务，解除了金马实施长达43年的戒严令。

撤销战地政务以后

1992年11月7日，金马地区战地政务终止，实施地方自治，金门、连江县回归“民主宪政”。派任原防务部门指派的金门县长陈水在、连江县长曹常顺为金门县长、连江县长，并将原来两县的咨询代表会，改为临时县议会，代表会长、副会长改为议长、副议长，咨询代表改为临时县议会议员。

1993年，金门县长、连江县长也陆续恢复民选。12月，举行金门县、连江县第一届民选县长选举。

1995年1月，举行金门县、连江县第一届民选县议员选举10月18日，成立“金门国家公园”，成为台湾地区第六座“国家”公园。

1996年1月15日，“省政府”奉台湾当局命令，从台湾省台北县新店市（今新北市新店区）迁回金门办公。

1998年，台湾当局全面进行省虚级化，“福建省政府”于法制上成为咨询机关，不再具有地方政府的政治实权。

2004年2月3日，启动金门-厦门航海线，开始“小三通”。

2007年5月21日，原任主席颜忠诚于5月20日随苏贞昌“内阁”总辞后，新任台湾地区行政管理机构负责人”张俊雄停止任命“福建省主席及省府委员”，只由“省府”第一组组长杨诚玺暂时代理，向精省、“政府”架构精简化的方向努力。11月21日，任命“台湾行政部门秘书长陈景峻兼任“福建省政府主席”，由台湾当局官员兼任主席成现行模式，而“省府”之运作增设专任秘书长负责。

2012年7月7日，台置连江县（马祖乡）当地举行是否开放赌博（台湾称博弈）的公民投票，结果为通过。

国共战争末期，福建省的大部份区域被中国人民解放军解放，仅实际管辖福建沿海的部份岛屿。各行政督察区均因其专员公署溃散而消亡。民国38年（1949年）8月25日，福建省人民政府于福州市成立；9月，省人民政府公布福建省行政区划通令，全省划分为福州、厦门2地级市及8专区。次年3月，8个专区依次更名为闽侯、福安、南平、建瓯（同年改称建阳）、泉州（同年改称晋江）、漳州（同年改称龙溪）、永安、龙岩。

1949年11月，金门县政府撤销，划分为金东、金西、烈屿3民政处，下辖城厢、金城、金盘、沧湖、碧湖、金沙、烈屿、古宁、琼浦9区。

1950年3月，金东、金西、烈屿3民政处合并改设为“金门军管区行政公署”，辖区除金门外，兼辖福建沿海台当局实控岛屿。

1950年12月，马祖列岛成立“马祖行政公署”，下辖南竿、北竿、白肯、东涌、四礵、岱山、西津、浮鹰8区。

1951年，金门军管区划设金城、金宁、金湖、金沙、金山、烈屿6区。

1952年，放弃马祖行政公署的四礵、岱山、西津、浮鹰4区，余下4区则依原县恢复建制。

1953年2月，恢复金门县政府建制，原6区改制为乡镇，代管莆田县乌坵乡。

1953年3月，南竿、北竿两区改为乡，并以该2乡恢复连江县建制，8月改马祖行政公署为“闽东北行政公署”，9月白肯区划分为白肯镇及东肯乡，并恢复长乐县建制，由闽东北行政公署就近督导连江、长乐、罗源3县之政务。

1954年3月，改东涌区为乡建制，并于其上恢复罗源县建制。

1955年1月20日，“福建省政府”于金门正式恢复建制。7月，闽东北行政公署改制为“福建省第一行政督察专员公署”。

1956年6月，决定在福建省金马地区实施战地政务，由金门、马祖两地“防卫司令部”下设“政务委员会”负责地方行政；7月16日，“金门防卫司令部政务委员会”及“马祖地区防卫部政务委员会”成立，实施军政一元化体系，原有的各县政府权力虚化。撤销福建省第一区行政督察专员公署，并将莆田县属乌丘村暂归金门县管辖，罗源县所属东引岛、西引岛及长乐县所属东莒、西莒等岛划归连江县管辖。

1959年，金门县增设金琼乡，金湖乡改制金湖镇。

1965年，金门县撤置金山乡及金琼乡。

1969年1月，金门防卫司令部政务委员会改名为“金门战地政务委员会”，直属台当局防务部门，并将部份业务移交金门县政府掌理，军方逐渐淡出地方行政体系。

1971年，西犬、东犬改名为西莒、东莒，并合并为莒光乡。

1992年11月7日，金马地区终止战地政务，“金门县政府“及“连江县政府”恢复实际治理权。

国共战争以前，其省域与清代与福建省相似。民国36年（1947年）全省土地面积为120114平方公里。光泽县曾于民国23年（1934年）6月划归江西省管辖，民国36年（1947年）6月复来属。东滨台湾海峡与台湾省相望，北邻浙江省，西界江西省，南接广东省。

自民国38年（1949年）以后，所谓的“中华民国福建省”实际管辖范围仅包含马祖列岛（原分属罗源县、连江县及长乐县，现皆由连江县管辖）、金门群岛（金门县）及乌丘屿（莆田县，现由金门县代管），土地面积仅180.4560平方公里。

金门县

金门岛-欧亚水獭（列入濒临绝种动物名单）、亚洲小爪水獭（零星发现过脚印）、鲎，并有纪录多种鸟类，如戴胜、黑面琵鹭、叉尾太阳鸟等。

烈屿-欧亚水獭

连江县（马祖乡）

马祖列岛-黑嘴端凤头燕鸥、白眉燕鸥、红燕鸥、苍燕鸥、凤头燕鸥、黑尾鸥、岩鹭、插尾雨燕

以下依据中华民国实业部《中国经济年鉴》（1934年出版）、内政部统计司编《民国十七年各省市户口调查统计报告》（1931年出版）、主计处统计局编《中华民国统计提要》（1940年出版）、台湾当局年鉴社编《“中华民国”年鉴》（1952年出版，19-21页）所提供的人口数据：

随国民政府来台人数，据台湾当局“内政部户政司”于1990年普查外省籍人口按本省籍分的资料，原福建省籍在台人数为41万4163人，占外省籍269万4917人口当中的15.37%，为外省籍中比例最高；其中福建本部为36万4507人，占原福建省籍的88.01%，金马地区为4万9656人，占11.99%。

台湾当局控制的福建省现有管辖范围境内的居民几乎全为汉族，分为金门岛与烈屿的闽南人、连江县的闽东人（又称福州人）以及乌丘双岛的莆仙人三种。人口以闽南人占为多数，超过八万人，而闽东人则有约一万人，居于劣势的莆仙人仅约500人。

除了国语（普通话）外，闽南人则使用与台湾本岛相同之闽南话，惟某些细节仍有小差异，但可以相通。闽东人则使用闽东话，当地又称平话或是直接称马祖话、福州话。人数最少的莆仙人则使用莆仙话，当地称为乌丘话，并融入当地战地文化。

惟乌丘并无学校，所以并无乡土语言教学，处境堪忧。

台湾当局控制的福建省（金门县、马祖乡）缺少高等教育。由于台湾当局对于中国大陆地区学籍之认可有限制，学生多赴台湾本岛就读大学，极少部份选择至厦门求学。

另外，近来金门、连江二县皆有意愿在县境设立大学，金门技术学院在2010年8月1日升格为金门大学，成为金马地区第一所高等学府。金门县期望在未来，将金门打造成大学岛，并邀台湾岛上20多所大学，前来设分校。除铭传大学设有金门校区外，高雄大学亦于同年6月1日成立金门校区，只提供EMBA班。连江县则希望设立一所新大学，有铭传大学设立的硕士在职专班，及金门大学设立的马祖分班。

金门大学

铭传大学金门校区

高雄大学金门校区

台湾首府大学二技专班

金门高级中学

金门高级农工职业学校

马祖高级中学

行政部门卫生署金门医院