屠本畯的代表著作《闽中海错疏》是作者入闽之后；应太常少卿余寅之请撰写的，成书于明万历丙申(1596)。全书分为3卷，上、中两卷为鳞部，下卷为介部，又有自序和附录各一篇。此书共记载福建沿海海产动物200多种(包括少数淡水种类)，以海产经济鱼类为主，有中国著名的大黄鱼、小黄鱼、带鱼、乌贼4大海产珍品，以及驰名的对虾、鲥、鳓、鰶(中华青鳞鱼)等海产动物。《闽中海错疏》记载的鱼类除同种异名外，计有鲫鱼、真鲷、方头鱼、鲻鱼等80多种，分别属于鲤科、鲷科、鲳科40个科，及鲤形目、鲈形目、鲻形目等20个目。所记载的两栖类动物有蟾蜍(黑眶蟾蜍)、雨蛙(中国雨蛙)、虾蟆(泽蛙)、水鸡(虎纹蛙)、石鳞(棘胸蛙)、黄魻(沼蛙)等10种，分属于蟾蜍科、雨蛙科、蛙科3科。此外，还记有软体动物的贝类，节肢动物的虾类，以及少数龟、鳖等，还有福建常见的外省海产燕窝、海粉等。应该指出的是，书中有些记载是前人不曾提到的。如“海胆”一名，过去曾被认为来自日本，其实日本是引自此书。

海产动物

鳁(一种名贵的金色小沙丁鱼)，明以前不见于记载，屠本畯却对它作了描述。福建地处浙粤之间，有些海产动物是相似的，所以屠本畯对福建海产动物的描述，多用浙东沿海所产的加以比较，因此，《闽中海错疏》可视为中国早期的海产动物志或海产动物专著。屠本畯通过对海产动物的研究，获得了许多海洋动物形态生态知识。例如，他形象地描述方头(方头鱼)头略呈方形；虎鲨(狭纹虎鲨)头目凹而身有虎纹的形态特点；对过腊(真鲷)、珠暑蚶(橄榄蚶)、丝蚶(结蚶)等海产动物形态的描述也很具体。根据所描述的特点可以鉴定到种。与福建地区现生种类基本相符。在生态习性方面，屠本畯明确记载了泥螺的生长、繁殖情况，“春三月初生，极细如米，壳软，味美。至四月初旬稍大，至五月肉大，脂膏满腹。以梅雨中取者为梅螺，可久藏，酒浸一两宿，膏溢壳外，莹若水晶。

贝类动物

秋月取者，肉硬膏少，味不及春”。据张玺说，这种贝类动物7—9月产卵，秋后所采是产过卵的个体，所以肉硬膏少，味不及春。当年孵出的螺个体小，肉眼不易看见，第二年春季长到谷粒大小，到5—6月开始繁殖。从屠本畯对泥螺自然繁殖的描述来看，反映出他对泥螺的生态习性已有淸晰的认识。他还观察到好鱼(棱鲻)在深冬时卵巢和精巢充满腹腔，以及性腺成熟和产卵。到春天好（鱼子）鱼排精产卵后，即体瘦而无味。这种对（鱼子）鱼生殖期的认识，在养鱼业上有参考价值。对过腊的食性、冬季入港和第二年春天出海的洄游规律的记载和认识，与现今福建地区过腊的渔期相合。书中对某些海产动物的内部器官也有叙述。如指出“鱆鱼腹内有黄褐色质(肝脏)，有卵黄，有黑如乌鲗墨(墨囊)，有白粒如大麦(卵)”。以上都说明在16世纪时，中国人对海洋动物的观察和认识已达到较高的水平。

淡水养殖业

明代淡水养殖业已相当发达，在《闽中海错疏》中也包含一些有关的资料。如记载肉食性的鳢鱼(即乌鱼)时说：“凡鳢凡一尾，入人家池塘，食小鱼殆尽，人每恶而逐之。”指出在池塘放养鱼之前必须清除池塘中的乌鱼。书中还介绍了福建地区饲养草鱼和鲢鱼的方法：农历二月从鱼苗养起，先到小池，稍长后移到“（上艹下犀）塘”，到一尺左右再移到广池，用青草喂养，九月起水。随着鱼的成长而更换鱼池，当年可从鱼苗养成商品鱼。草、鲢混养时，鳢鱼必须清除的经验，在今天仍有其现实意义，也反映了明代池塘养鱼的进步。

鱼类

屠本畯在《闽中海错疏》中将性状相近的种类放在一起，例如，把棘鬣(真鲷)、赤鬃(黄鲷)、方头(方头鱼)、乌颊(黑鲷)、鲂等连续排列，虾蟆(泽蛙)、蟾蜍(黑眶蟾蜍)、雨蛙(中国雨蛙)、石鳞(棘胸蛙)、青魻(黑斑蛙)等连续排列，等等。以上分别相当于现代动物分类上的鱼类、两栖类。屠本畯又把大类中性状更接近的水生动物排列在一起。例如，在鱼类中，把银鱼(尖头银鱼)、面条(白肌银鱼)、浆(短尾新银鱼)排列在一起，它们属于银鱼科；在两栖类中，把石鳞、青魻、黄魻(沼蛙)、水鸡等排列在一起，它们都属于蛙科。屠本畯把海产动物分成不同的大类，在大类中再分小类，这种排列方法在一定程度上揭示了动物的自然类群，反映了它们之间的亲缘关系。由此可见这位16世纪的中国生物学家已向自然分类方向迈出了一步。这些不同的大类和小类，相当于现代生物学中的科属各阶元，其中包含着科和属甚至种的概念。而同时代的欧洲博物学家，对动物名的记述是按拉丁字母顺序排列，或按药用的性质和用途来分类的，还看不到自然分类的端倪。显然，屠本畯在《闽中海错疏》中采用的动物分类法，在当时是比较先进的。

医药学、农学

在明以前，中国的动物学知识主要散见于医药学、农学著作中，还没有形成一门独立的、系统的科学。在这样的历史条件下，屠本畯能写出一部含有自然分类概念的海产动物志或海产专著，在中国和世界上都是最早的，它在生物学史上具有重大意义。

屠本畯在海洋动物学和植物学上能有所成就，不是偶然的。首先他重视调查研究，不以辑录古籍资料为主。因而他描述的动植物，多数能说明其形态、生活习性等，使读者能辨认其种类。《四库全书提要》说它“辨别名类，一览了然，颇有益于多识”，这一评价是公允的。其次以亲自观察、调查为重点，取得直接的实物资料，故能辨别前人对动植物认识的谬误，不以讹传讹。《海味索引》一书就最有力地反映了这一点。此外，屠本畯对前人的经验和知识颇为尊重，在《闽中海错疏》等著作中，引用了许多前人有关动植物知识的文献，但他在吸取前人科学知识时是审慎的。总之，屠本畯在生物学史上占有重要的地位。

《海味索引》1卷是屠本畯为订正前人的错误而作的。例如，书中指出鲤鱼和黄鱼是两种不同的鱼类，将它们视为一种鱼类是错误的。又说青瘠鱼不是青鲫鱼。“江瑶柱为蟹类皆信伪传”。石𧉧又名佛手蚶，不是蛤而是蚶类。这些纠谬正误的工作，为研究我国海洋动物和开发海洋资源，提供了可贵的科学史料。

除动物学方面的成就外，屠本畯在植物学方面也做过一些调查研究，著有《野菜笺》一书。此书是以文学小品形式写的，记载了他的家乡鄞县常见的野生植物22种。 如描述植物形态，说百合“似莲有根如蒜”；又“甬芋青青，田芋软，田家籍作凶年饭”，基本上反映了芋的形态和备荒的用途。关于植物的生活习性，屠本畯写道：“四明有菜名雪里甕(蕻)，头昔蓄珍莫比雪深，诸菜冻欲死，此菜青青蕻尤美。”雪里蕻是芥菜类中叶用芥菜的一个变种，叶色绿，耐寒力强，在南方冬季具有露地越冬的习性，记载与实际情况相符。“香椿生无花，叶娇枝嫩成杈枒”，“嚼之竞日香齿牙”，并要在香椿开花前摘取其嫩芽，形象地描述了香椿的生长发育和用途。还描述了落花生的生长情况和蔓生习性。对萱、薇、蕨、芫荽等野生植物的生物学特性和用途也作了描述。