乾隆三十六年（1771年），擢陕西布政使。

乾隆三十八年（1773年），擢陕西巡抚。黄河、洛水、渭河泛滥成灾，开仓赈济，救了若干人的性命。募民开垦荒地80余顷。疏渠灌田。置姬氏《五经》博士，奉祀文、武、成、康四王及周公墓。缮修华岳庙等名胜古迹。征集碑刻，储藏于学宫。

乾隆四十一年（1776年），赏戴花翎。

乾隆四十三年（1778年），听说有个叫高朴的官员在叶尔羌私采玉石，运送回京。毕沅逮捕审讯高朴的仆人，没有问出什么。乾隆帝降旨斥责毕沅草率。

乾隆四十四年（1779年），因母亲张藻去世，毕沅离职守丧。

乾隆四十五年（1780年），陕西巡抚缺员，乾隆帝诏：“毕沅在西安任职很久，在家守丧快一年了。特命毕沅署理陕西巡抚。这是特殊情况，不是开在职守丧的先例。”

乾隆四十六年（1781年）三月，甘肃河州发生内乱，毕沅会同西安将军伍弥泰、提督马彪等率兵前往镇压，事平论功，乾隆帝赏毕沅一品顶戴。甘肃一些州县谎报灾情，冒领赈济，毕沅未据实参奏，乾隆帝让毕沅自行定罪。毕沅请罚款白银5万两，以充军饷。御史钱沣奏劾毕沅之罪应与冒赈等同，当照冒赈议处。

乾隆四十七年（1782年），乾隆帝降旨，褫夺一品顶戴，降为三品。

乾隆四十八年（1783年），复为一品顶戴。守丧期满，实授陕西巡抚。

乾隆四十九年（1784年），甘肃再度发生内乱，毕沅遣兵镇压，受到乾隆帝的奖励。

乾隆五十年（1785年）二月，调为河南巡抚。毕沅上疏指出黄河北岸一带连年干旱，租税收不上来，仓廪空虚，请截留漕粮二十万石备用。并不得私自囤积粮米，以平粮价。疏通贾鲁河、惠济河以利漕运。他的奏请皆获诏准。奉诏去调查淮水发源地，查明源自桐柏山。乾隆帝御写《淮源记》赐他。

乾隆五十一年（1786年）六月，赏赐黄马褂，擢湖广总督。伊阳县（今河南汝阳）杀官首犯秦国栋等人迟迟没有缉获，乾隆帝降旨责斥，将他罢归陕西巡抚。

乾隆五十三年（1788年），长江在荆江决口，乾隆帝复命毕沅为湖广总督。毕沅到任，上疏：“长江自松滋（今属湖北）流至荆江万城堤，折而东北流，荆水无处散泄。请筑对岸杨林洲土坎、鸡嘴石坝，逼水南流，冲涮洲沙，可克壅遏。”又请修筑襄阳等处堤坝，凿四川、湖北一带长江的险滩，便于云南钢铁的漕运。同年底，章学诚到武昌署投入他的幕下，他在武昌水陆街择一公馆，出其私人藏书20万卷，让章学诚编书修志。修成有《麻城通志》《湖北通志》《史籍考》等。

乾隆五十五年（1790年），乾隆帝的宠臣和珅四十大寿。毕沅赋诗十首相赠。

乾隆五十九年（1794年），陕西安康、四川大宁（今重庆巫溪）发生叛乱，传言来自湖北，毕沅被贬为山东巡抚。

乾隆六十年（1795年），再授湖广总督。湖南苗人石三保造反，奉命赴常德、荆州督饷，克尽职守，赏戴花翎。

嘉庆元年（1796年），枝江（今属湖北）人聂杰人等造反，破保康（今属湖北）、来凤（今属湖北）、竹山（今属湖北），围攻襄阳。毕沅自辰州（州治今湖南沅陵）赶赴枝江镇压，当阳（今属湖北）又落入聂杰人手中。嘉庆帝诏罢毕沅官。诏令未到，毕沅攻克当阳，嘉庆帝又下诏复毕沅职，授二等轻车都尉世职，毕沅擒获石三保、吴半生、吴八月等人，惟叛乱者的首领石柳邓还没捉拿到。毕沅上疏，请撤各省军队，留二、三万兵分守苗疆要隘。未被允许。不久石柳邓被俘，嘉庆帝命毕沅赴湖南镇抚。毕沅上疏请求修筑樊城城墙，以工代赈。

嘉庆二年（1797年）六月，毕沅手足麻木，嘉庆帝赐“活络丸”药。七月初三日（1797年8月24日），毕沅在湖南辰州的当阳旅馆中积劳病逝，享年六十七岁，归葬于灵岩山的东北麓。嘉庆帝闻奏，下诏追赠毕沅为太子太保。但说他在湖广总督任内失察过多，未加谥号。八月，被追夺太子太保。毕沅死后被葬于苏州吴县木渎灵岩山麓上沙村。

嘉庆四年（1799年），太上皇乾隆帝去世，嘉庆帝查办和珅，将其抄家赐死。毕沅与和珅颇有来往。嘉庆帝于是追究毕沅在湖广办理“教匪”失察，下旨不准承荫，革去长孙承袭世职及次子承袭荫生，籍没其家。

毕沅早年曾师事惠栋、沈德潜，故学有根底，加之自己治学勤奋，“从小至老，无一日废书”，又“少嗜著述，至老不辍”，“虽官至极品，铅椠未曾去手”，因而在学术上造诣颇深，能做到著作等身。他治学范围极其广泛，经学、史学、小学、金石学、地理学、校勘学无不涉及，且能诗善文，故而在学术上亦多有建树。

毕沅博学多才，潜心研攻经史，敬重文士，尤好扶植后进，“一时名儒，多招至幕府”，据其幕士洪亮吉记载，毕沅生平最爱礼贤下士，只要“闻有一技之长，必持币聘请，惟恐其不来，来则厚资给之。”因此“一时名儒，多招致幕府”，为他识拔的知名人士不下四十余人，如章学诚、邵晋涵、洪亮吉、严长明、孙星衍、汪中、凌廷堪、钱坫、段玉裁、黄易、黄景仁、杨芳灿、钱泳、方正澍、吴泰来等均出其幕下。这些学者由于毕沅的支持和资助，获得了良好的治学条件，写出了不少著名的著述。而他自己也在与幕僚们的共同切磋，探讨中开阔了学术视野，提高了学术水平，从而使他完成或在这些学者们的帮助下完成了《续资治通鉴》《关中金石志》《中州金石志》《灵岩山人诗集》《史籍考》等许多宏篇巨著。他与幕僚们一起讨论学术问题，甚至吸收其参与决策行政大事。这在清代官吏中确属罕见。

有鉴于徐乾学所修《资治通鉴后编》仍存在着不少缺点，毕沅立志编撰《续资治通鉴》以正其失。他搜罗了一批名家学者，如章学诚、邵晋涵、钱大昕等从事这项工作。他们主要利用《资治通鉴后编》作底本加以损益而成。历时二十年，成书二百二十卷，二百三十五万多字。原名《宋元编年》，后改定为《续资治通鉴》。

《续资治通鉴》于宋、辽、金、元四朝史事同样重视，还特别指出“其辽、金二史所载大事，无一遗落，又据旁籍以补其逸”。宋代之事据李焘《续资治通鉴长编》、李心传《建炎以来系年要录》“而推广之”，兼采《中兴小纪》《宋季三朝政要》诸书以补其不足；元代之事“多引文集，而说部则慎其可征信者”。总共参阅著作达一百十种之多，不仅史料之丰富大大超前此所有宋元编年诸家，而且内容上也改变了详宋而略辽、金，元的弊病。对于所用史料，亦用司马光《资治通鉴》之成例，作出考异，但不单独刊行，而是仿胡三省注《资治通鉴》之义例，“注于本文之下以便省览”。与《通鉴》和《通鉴后编》一个很大不同点，是去掉了所附的作者评论，不用“臣某曰”的形式，理由是：“据事直书，善恶自见，史文评论，苟无卓见特识，发前人所未发，开后学所未闻，而漫为颂尧非桀，老生常谈，或有意骋奇，转入迂僻，前人谓如释氏说法，语尽而继之以偈；文士撰碑，事具而韵之以铭，斯为赘也。”

对于这部著作，邵晋涵作出了很大贡献，从商定义例、校订事实，直到最后的通篇复审，始终参与其事。钱大昕也曾为本书作了校阅。因此从质量而言，确是达到了“后来居上”的要求。但编者并不因此居功自喜，而是把这个成绩的取得归功于时代所提供的有利条件：“今兹幸值右文盛治，四库搜罗，典章大备，遗文秘册，有数百年博学通儒所未得见而今可借抄于馆阁者，纵横流览，闻见广于前人，亦借时会乘便利有以致此，岂可以此轻忽先正苦心，恃其资取稍侈，恫然自喜”。

全书最大的缺点是多取旧史原文入录，缺乏熔裁，因此未能通过融会贯通，用自己的语言加以叙述，这样，文字就不可能做到流利通畅，更难做到生动优美，这与司马光之融会众家、冶于一炉，自不可相比。但总的来说，它远在前此诸家宋元编年之上，因此后世史家便把它作为可续司马光《资治通鉴》的唯一著作，并把两者一起合刻，称为《正续资治通鉴》。

毕沅重视地方志，精于地理沿革的考证。“信载籍而不信传闻，博考旁稽”，考证方法以水系辨山脉，以山水形势考察郡县建置和地理沿革，是清代方志“考据学派”（亦称“地理派”）的主要代表之一。他的这些方志思想集中地体现在他编纂的《关中胜迹图志》中。此志以郡县为经，以地理、名山，大川、古迹四目为纬，荟萃古今记载，而以诸图附后，纲领较明，颇合志体。书中援据考证，各附本条，始末了然。《四库全书总目提要》称此书“视儒生著述，披寻于残碑碎碣之间，研索于脱简残编之内者，其广狭固有殊矣”，是世人公认的清代方志中之上乘。

毕沅对方志事业的另一大贡献是，积极整理旧方志，倡导和赞助编纂新方志。他在孙星衍等人的协助下，校订了《山海经晋书地理志校注》《三辅黄图》等书。他还整理校订、重刊了宋代宋敏求的《长安志》和元代骆天骧的《类编长定志》等著名的古方志，并辑有《晋书地道记》《太康三年地志》等。清代著名史学家王鸣盛评价他在这方面的成就时说：“美哉！先生之才大而思之远，超出于流俗绝远也。”

同时，毕沅极为重视纂修地方志，每到一地，均倡修志书，象严长明的《西安府志》，洪亮吉的《长武县志》《淳化县志》，孙星衍的《醴泉县志》《直隶邠州志》，钱坫的《朝邑县志》，章学诚的《湖北通志》等一大批著名方志，均是在其倡导、赞助、监修下编纂而成，这对当时的修志事业有着很大的影响。

毕沅在甘肃为官时，眼见甘肃灾荒严重的情况。于是在乾隆帝出巡时，毕沅朝见，“具言甘肃频年苦旱状”，乾隆帝准奏，“有旨意督臣加意赈恤，并免积欠四百万两”。乾隆四十一年（1776年）、乾隆四十四年（1779年），他因甘肃遭受旱涝灾害两次奏请免除银粮。为了丰裕仓储，救济民生，他还详定章程，严密稽查，帮助甘肃在乾隆三十九年（1774年）恢复捐监制度。

由于甘肃历年承办军需较多，花费大量银两，导致司库闲款一直较少。乾隆四十一年（1776年），毕沅奏请朝廷给甘肃拨付银款，解决甘肃军备匮乏的问题。此时毕沅署理陕甘总督印务，所以他能更好的调度军需，调配两省资源。同时，他又积极惩治恶霸，整顿治安，对阶州为祸一方的恶少党朋全部严厉惩办，派兵严把甘肃秦州东南各要隘关口，以防流犯逃窜扰民，并做《哀愚民》一篇，以儆官吏。他还积极经理屯田，除了在甘肃当地屯田之外，鼓励人们去新疆屯田，对甘肃稳定和新疆开发功不可没。

毕沅在任陕西按察使、布政使和陕西巡抚期间，黄河、洛水、渭河泛滥成灾，他开仓赈济，救了很多流离失所老百姓的性命。在担任河南巡抚之时，又多次上疏奏明黄河北岸一带因为连年干旱，租税难收，仓廪空虚，请截留漕粮20万石备用，且不得私自囤积粮米，以此来平抑粮价，得到了乾隆的批准，保障了当地的民生。

毕沅在陕期间还修文重教，并身体力行。他十分看重“关学”的价值，于到任不久后广求社会贤达，重新修复关中学院，同时，利用自己的名望，延请教席。在政事之余，他还亲自前往授课，使这座有着近千年历史的关学重镇顿放异彩，各地士子纷纷向学，并取得累累成果，出现志书所谓“关中乡、会试中或膺馆选者，大半皆书院之士”的记载，当时也有“关中书院英才遍秦中”的称誉。

乾隆五十一年（1786年）六月，毕沅擢湖广总督。在任上，他上疏说：“长江自松滋（今属湖北）流至荆江万城堤，折而东北流，荆水无处散泄。请筑对岸杨林洲土坎、鸡嘴石坝，逼水南流，冲涮洲沙，可克壅遏。”筑成杨林洲后，再次奏请修筑襄阳等处堤坝，清凿四川、湖北一带长江中的险滩，以便于云南钢铁的漕运。

毕沅与学者章学诚交往极深，曾出其私人藏书20万卷，让章学诚编书修志。他于经史、书画、小学、金石、诗文、地理之学，无不贯通。为编撰《关中金石记》，搜罗秦中文献1500余种。家有“经训堂”、“灵岩山馆”，是藏书之所。编撰有《经训堂书目》。辑刊《经训堂丛书》，收书21种，是辑者注释、校订重要古籍的汇刻，由洪亮吉、孙星衍等共同校理，因名家所校，刻印质量高，被藏书家称为善本收藏。其中《山海经》《吕氏春秋》《释名疏证》等校本，尤为精善。其他如《长安志》《晋泰康三年地记》，流传极少，是考证西北古史地所必备之书。刊刻图书数种。藏书印有“毕沅审定”、“秋帆珍赏”“经训堂珍藏印”“秋帆书画图章”“毕沅鉴藏”“毕沅一字湘蘅”等。

清高宗爱新觉罗·弘历：“毕沅历任封圻，尚属晓事。”

毕沅去世后，赵翼在挽联中说：“羊祜惠犹留岘首，马援功未竞壶头。”

钱泳：“镇洋毕秋帆先生，负海内重望，文章政绩，自具国史。”

赵尔巽等：

支伟成：“公识量闳远，喜愠不形于色。遇僚屑以礼，不执己见，人人皆得尽言。苟遇大疑难，众莫识所措者，则又沈机立断，虽万口莫能夺。久莅方面，职事修举。不以察察为明，亦不以煦煦要誉。独军旅非所长，且驭下太宽，未免蒙蔽，卒坐是被累，身后遭籍没，论者惜之。生平笃于故旧，尤好汲引后进。”

毕沅幼年就失去父亲，全靠母亲张藻培育成人。张藻是当时颇有名气的才女，不仅能诗，而且学问渊博，著有《培远堂诗集》。毕沅在她的调教下，6岁能读《诗经》《离骚》，10岁便通晓声韵，善作诗文。随后，张藻又亲自把毕沅送到苏州灵岩山，拜著名学者、诗人沈德潜和经学大师惠栋为师，以进一步拓宽视野。后来，毕沅中状元当官，离开京城到陕西任巡抚，张藻还以母亲特有的情怀，作54句270言《训子诗》，殷切期望儿子“不负平生学，弗存温饱志；上酬高厚恩，下为家门庇”。张藻病故后，乾隆帝特赐御书“经训克家”四字褒扬。毕沅为了铭记母亲和皇上的恩赐，特将室名称作“经训堂”，将自己的诗文集名为《经训堂集》。

在军机处任职时，毕沅与同事诸重光、童凤三等人都是举人身份。为了有个更好的前程，他们三人都参加了乾隆二十五年（1760）的礼部会试。考试结束后，他们照常回到军机处办理公务。会试发榜的前一天晚上，本该轮到诸重光值夜班，但诸重光急于打听考试的结果，就毫不客气地对毕沅说：“今天夜班还须请你代劳。”毕沅不解，便问：“为什么呢？”诸重光提高嗓门说：“问题明摆着的，要中状元书法必须过关。我的书法比你好，明天放榜倘若高中，还有殿试夺魁的希望，得早做准备。你的书法属中下水平，即使明天榜上有名，难道还想去夺一甲前三名吗？”毕沅尽管心里也非常想乘空探听一下消息，但觉得诸重光的分析不无道理，就答应了他的请求。傍晚值班时，接到陕甘方面一份有关新疆屯田的奏折，毕沅闲坐无事，便饶有兴致地将这篇奏折反复看了几遍，其内容已是烂熟于心。第二天会试发榜，毕沅与诸重光、童凤三均中贡士。数日之后，他们一起去参加殿试。当时新疆初定，乾隆帝准备在那里搞屯田，于是亲自出了与新疆屯田有关的“策问”题。对此，一般士子半天摸不着边，可毕沅因心中有底，答得特别顺手，写得格外详实得体，很得主考官们的好评，只因书法稍差，初拟名次时，仅排在第四位。乾隆帝阅读前十名贡士卷时，发现前三名的卷子都不太满意，读到第四名毕沅的卷子时，觉得颇对胃口，大加赞赏，便亲自改为第一甲第一名，而书法颇佳的浙江余姚人诸重光却屈居第二位。人们都说，毕沅中状元是忠厚得福。

毕沅的夫人汪氏美丽、聪明且贤惠，与毕沅成婚后伉俪甚笃，却在三十多岁时病故。毕沅悲痛欲绝，曾作有《江雨山房》悼亡诗三十二首，追思夫妻恩情。李调元于乾隆三十六年（1771年）路过西安时，见到了这些悼亡诗，不禁赋了一首四绝，其中有“云鹣连理恨无穷，伉俪凄然一卷中”之句。

毕沅与名伶李桂官交好。赵翼曾有诗歌《李郎曲》描述李桂官与毕沅之间的情感。

根据赵翼与袁枚的记载（赵袁二人均与毕沅熟识），李桂官在毕沅中进士之前就已经认识，李桂官服事毕沅最为殷勤，生病时为他“称药量水”，出入则授辔随车。李桂官还为毕沅买来素册界乌丝，劝他勤习殿试卷子。乾隆二十五年（1760年），毕沅果然一举夺魁，得以状元及第，带着李桂官赴樱桃宴（新进进士的宴会），老臣史贻直是康熙三十九年（也是庚辰年，1700年）的进士，在座中听说李桂官到场，笑着说：“我抹一抹老眼，想见见状元夫人。”可见李桂官名声之大。毕沅到陕西任职时，李桂官前去探望，路过金陵。此时他已经快三十岁了，仍“风韵犹存”。袁枚见后，作长歌相赠，并为其《劝毕公习字》作序说：“如果对内助也论功赏勋，应该让夫人接受造封（若教内助论勋伐，合使夫人让诰封）。”

毕沅性情儒雅和易，爱才若渴，曾“岁以万金遍惠贫士，人言宋牧仲（宋荦）后一人”，身边常名士云集。当时的著名诗人黄景仁由于不愿当官，又不知理财，生活贫寒。一天，毕沅读到他“一家俱在西风里，九月寒衣未剪裁”的诗句，马上派人送去银子五十两。后毕沅又为他出资谋得县丞之职，遗憾的是黄景仁还没有到任便病逝了；毕沅又资助经费，抚养其母亲，还为他整理出版诗集。

祖籍歙县的著名文人汪中与毕沅没有见过面，有一次跑到毕沅的衙门，递给门卫一张小纸条，只说住在某某客店，转身便走。门卫将纸条呈送毕沅，只见纸条上写道：“天下有汪中，先生无不知之理；天下有先生，汪中无穷困之理。”毕沅看罢，哈哈大笑，立即派人送去白银五百两。

程晋芳初入幕府时，毕沅勉励他多读些书，程晋芳说自己“行箧无书”。毕沅当即传令吩咐：“程老爷倘若买书，请给钱。”程晋芳因此得以博览群籍。

孙星衍居毕沅幕府时，恃才傲慢，“狂而好狎侮人”，幕僚们联名告到毕沅处，要求驱逐他。毕沅听后，很不高兴，说：“我请来的人，你们怎么能赶走呢？即使不与他共处，也还有别的办法。”于是特地为他构筑一室，让孙星衍单独居住，待遇比以前更好，还增加了薪俸。

毕沅任陕西巡抚任时，一次路过一座寺院，老僧出来热情招待，谈得十分投机，毕沅忽然开玩笑地问道：“一部《法华经》，不知有多少个阿弥陀佛？”老僧从容应道：“我一个破庙老和尚，非常惭愧生成钝根。大人是天上文曲星，非同一般，不知一部《四书》有多少个‘子曰’？”毕沅不禁一愣，非常佩服老僧机敏狡黠，于是捐银为寺里添置田产，还把寺院整修一新。

嘉庆元年（1796年），湖北省荆州、襄阳爆发了白莲教农民起义，规模浩大，很快蔓延到南方各省，前后历经九年，才被清朝廷镇压下去。为此清朝廷耗用军费二亿两白银，相当于四年财政收入的总和。嘉庆元年，清朝廷派兵对湖北的白莲教农民起义进行镇压，军队的军需钱粮委派湖北省安襄郧荆道道员胡齐仑负责管理。胡齐仑自负责管理军需钱粮以后，任意侵贪、克扣，致使领取军饷的清军官兵多有怨言。于是两湖总督景府对胡齐仑经管的军费收支进行了审计清查。经过审讯得实：胡齐仑在嘉庆元年至二年间，掌管湖北省军需钱粮，在发放湖北襄阳军队的军饷时，每发一百两军饷，扣除户部在拨款时已少拨的四两“短平”银外，又报请当时的湖广总督毕沅批准再扣除四两，以备支付按规定不准报销的款项，此外胡齐仑还利用职权私自加扣二两。如此三扣两扣，每发一百两军饷，官兵们实得九十两。胡齐仑经手发放的襄阳军队的军饷一百四十余万两，他私自扣留二万九千两，馈送给各营将军、督抚们花用，其中仅送给一名叫永保的领兵大员就达六千两。

接到审案官关干胡齐仑一案的审讯结论报告，嘉庆帝为此特发上谕，严厉痛斥贪污军饷的行为，他说：自镇压白莲教以来，至今已有四年了，所耗用的款项达七千万两之多。白莲教起自湖北，而清军的行贿馈送之风也起自于湖北。前任两湖总督毕沅，公然将军需钱粮，任由胡齐仑一人经理，恣意侵扣，实为罪魁祸首，毕沅现已去世，倘若他还活着，我将立即把他处死，以正国法。即便如此，毕沅死后，家产还是遭到藉没，全部充公。也就是《清史稿·毕沅传》所写的那样：“（嘉庆）四年，追论沅教匪初起失察贻误，滥用军需币项，夺世职，籍其家。”

相较《清史稿》，《清史列传》记载则更为详细。嘉庆四年九月，嘉庆帝发布上谕称：“迄今匪徒蔓延，皆由毕沅于教匪起事之初，办理不善，其罪甚重。昨又据倭什布查奏胡齐仑经手动用军需底帐，毕沅提用银两及馈送领兵各大员银数最多。毕沅既经贻误地方，复将军需帑项任意滥支，结交馈送，执法营私，莫此为甚。倘毕沅尚在，必当重治其罪。今虽已身故，岂可复令其子孙仍在官职？”故将其作官的儿子就地免职。至十月，“追产入官”。

关于这一点，梁启超曾以同情的口吻写道：“独军旅非所长，且驭下太宽，未免蒙蔽，卒坐是被累，身后遭籍没，论者惜之。”其实，毕沅远非一个洁身自好者。乾隆末年，当时他为湖广总督，福宁为湖北巡抚，陈淮为湖北布政使，这三人即官官相护，千方百计婪索民财。当地百姓形容他们三人说：“毕如蝙蝠，身不动摇，惟吸所过虫蚁；福如狼虎，虽人不免；陈如鼠蠹，钻穴蚀物，人不知之。”（昭连：《啸亭杂录》卷一〇《湖北谣》）

还有一个记载可以对毕沅的人品做一个补充。钱泳《履园丛话》载，和珅当权时，“欲令天下督抚皆欲奔走其门以为快，而（毕沅）先生淡然置之”。但到和珅四十岁生日时，“自宰相而下皆有币帛贺之”，毕沅也坐不住了，赋诗十首，“并检书画铜瓷数物为公相寿”。钱泳问他：“公将此诗入《冰山录》（明朝权相严嵩被革职，他的被查抄没收的全部财产，登在《天水冰山录》中）中耶？”毕沅“默然，乃大悟，终其身不交和相”。钱泳已经预见了日后和珅的倒台，于是给毕氏一个忠告；毕氏接受了，遂保持了气节。但清人陈康祺指出：“秋帆（毕沅）制府爱古怜才，人所共仰，其交和珅，慑于权势，未能泥而不滓，亦人所共知。”毕秋帆死后被抄家，也和卷入和珅贪污案有莫大关系。在陈康祺看来，作为“毕氏客”的钱泳，对这件事不要提就算了，“惟欲以拒绝权门，归功于一言之谏沮，其然，岂其然乎？”欲盖弥彰，倒是弄巧成拙了。

母亲：张藻

原配：汪氏

毕沅一生喜爱著述，到老手不释卷。他认为经义必有师承，于是叙述其源流，著《传经表》一卷、《通经表》一卷；认为读书需要先识文字，于是考校文字异同，撰《说文解字旧音》一卷、《经典文字辨正书》五卷、《音同义异辩》一卷；又认为司马光《资治通鉴》之后，没有详备的续作，所以召集文士，编成《续资治通鉴》二百二十卷，上起宋太祖建隆元年（960年），下迄元顺帝至正二十八年（1368年）；还认为研究史学必须先通晓地理，于是对《山海经》《晋书·地理志》进行校订，撰成《山海经校本》十八卷、《篇目考》一卷、《晋书·地理志新补正》五卷。此外还有《西安省志》《关中胜迹图记》《关中中州山左金石诸记》《灵岩山人诗文集》等著述传世。

毕远生前在灵岩山后上沙村购得水木明瑟园旧址（今属江苏省苏州市吴中区），营造生扩，自题“栖托好佳”额。墓西有“弁山宫太保毕公祠”，祠堂中央悬挂着乾隆五十四年（1789年）御书“福”字匾额，中间供奉毕沅雕像，两侧祀夫人及副室5人塑像。其墓面对焦山的白鹤顶，石坊题“宫保毕公墓”字样，前有两块神道碑，一对石狮子，还有石羊、石虎、石马、翁仲、方池等，十分雄伟。墓封土南北长20米，东西宽11米半，高近2米。墓身用坚固的浇浆构筑，外形呈馒头状，直径10米，墓内构筑3个相连的墓坑，葬7具棺木，为毕沅与其6位妻妾的合葬墓。20世纪60年代初，墓被列为省级文物保护单位。1970年10月由南京博物院发掘清理，出土大量随葬品。

毕沅留在今江苏省苏州市的古迹较多：

王昶《春融堂集》卷52《兵部尚书都察院右都御史湖广总督赠太子太保毕公神道碑》

钱大昕《潜研堂集》卷42《太子太保兵部尚书湖广总督世袭二等轻车都尉毕公墓志铭》

洪亮吉《毕宫保遗事》

史善良《弇山毕公年谱》

钱泳《履园丛话》卷6《秋帆尚书》

清国史馆臣撰《清史列传》卷30

李元度《国朝先正事略》卷20

赵尔巽等《清史稿》卷332《毕沅传》

徐世昌等《清儒学案》卷81《兰泉学案》