民国八年（1919年）一月，罗氏基金社拨助该校科学馆的建筑设备及常年维持费，并设科学讲座六名。庄校长之兄嫂亦捐建文学院一座，及逐年图书购置经费。

民国十一年（1922年）学校择定福州魁岐乡为校址，于鼓山之麓，闽江之滨，建筑新校舍，大小数十座饶有东方古典风味的精致建筑峙立江东，背倚鼓山，面俯闽江之流，远山凝翠。

民国十二年（1923年），庄伟才校长积劳病逝，由高智（John Gowdy）继任。

民国十四年（1925年），文学院、科学馆及大小30座校舍先后落成，为纪念庄才伟校长，科学馆命名为“Edwin C. Jones Memorial Science Hall”（庄才伟纪念科学馆）。

民国十六年（1927年），校董事会改组、高校长辞职回美，校务收回国人自办，由校友林景润继任校长，并遵照中华民国国民政府颁布的私立大学规程报请立案。

民国十七年（1928年），得何氏中国文化研究基金会的津助，扩充文学院各学系。

民国二十年（1931年），中华民国国民政府教育部因协大只有文、理两科，不符合大学至少要有3个学院的规定，遂准以“私立福建协和学院”立案。

民国二十三年（1934年），女生宿舍竣工，始兼收女性。

民国二十五年（1936年），得中华民国福建省政府补助，添设农学与农业经济两个学系，开办农业试验场。

民国二十六年（1937年），在邵武设立闽北农林试验场，作为发展农科学系的准备。这时该校文学院共分文史、西哲、教育3学系；理学院共分生物、化学、医预、数理4学系。

抗战开始，福州地处沿海，深受日寇威胁。

中华民国二十七年（1938年）五月，迁至闽北山城邵武。在邵武除借用汉美及乐德两中学旧址的楼房数十余座外，又新建才伟楼和高智楼，作为男生宿舍和图书馆。当时群山环抱中的邵武，便成为战时的文化城，两个中学的旧址，校舍矗立，绿树如盖，环境之幽静、宽敞，于战时可称首屈一指。最难得的是该校重要的图书，几已全部运到了邵武，在战时能够储备这样完整丰足的图书，的确是十分的可贵的。邵武校舍分为东、北门两部，相距约2华里，文学院、农科及总办公厅设在东门，理学院设在北门。当时校舍有楼房30余座，大半是借用原有房屋，一部分系新建，林场占地1000余亩，遍植马尾松。农场150亩，附设仓库加工场、水碓及制茶试验所。园艺场135亩，蕃殖各种果树苗木，达20余万株，花卉2000余盆，校内并自备电厂及印刷所。

民国二十九年春（1940年），中华民国教育部令农学系扩充为农艺学系及园艺学系，加上原有的农业经济学系成立农科。同时将文史系分为中国文学系和历史系，数理系改为物理系。

民国三十一年（1942年）四月，中华民国教育部批准将私立福建协和学院改称私立福建协和大学，文、理、农三科改称文、理、农三学院。并颁发新校印。于同年10月16日启用。学校办学宗旨，据董事会章程（1929年2月经中华民国教育部立案）规定，是以“博爱、牺牲、服务精神，研究高深学术，养成高尚健全人格，适应社会需求”为宗旨。因而“博爱、牺牲、服务”亦定为校训。

民国三十三年（1944年）十月，福州第二次沦陷，魁岐乡校舍遭日军洗劫，留在校内的仪器、设备，无一幸存，连门窗地板也被拆毁，树木被砍伐三分之二；文学院于民国三十三年（1944年）十月，学校被纵火焚烧，屋顶及非水泥部分全毁，膳厅、游艺厅及职员住宅，亦壁穿梯折，仅存外壳，总计校舍被毁损失达30余万美元。其中以沙氏考古馆的损失最为惨重，馆中所存古物3600余件，包括夏、商、周以来的磁器、铜器、陶器、石斧等，是沙善德教授费数十年心血，耗巨资汇集的，均荡然无存。

民国三十四年（1945年）五月，日军撤离福州，八月宣告投降。抗战胜利了，协大于十一月筹备复员，迁回福州。

民国三十五年（1946年）夏，文学院及其他各部房舍先后修建完成，并添建临时校舍如大礼堂、农学院办公厅及教职员住宅等计共5座，五月一日宣告复课。经过数月艰巨的工程重整之后，高山苍苍，流水泱泱，始重闻昔日的弦歌了。九月二日林景润校长休假赴美，十月二十日陈锡恩代校长及教师多人由美抵校。

民国三十六年（1947年）一月六日，林校长积劳成疾，卒于纽约。三月校董会聘陈锡恩博士继任校长，六月底陈氏任期届满，赴美国加州大学复任。由校董会推杨昌栋博士代理校长。

1948年10月，杨请辞职，12月校董会准杨休假，另组校政委员会主持校务。先后担任校政委员会主席的有林冠彬、郑德超、王调謦等教授。福建协和大学英文名为“Fukien Christian University”（意为“福建基督教大学”），后来宗教教育趋于淡化。

1951年1月，福建省人民政府接办福建协和大学，并与华南女子文理学院合并，成立“福州大学”，农学院留在魁岐校部办学。

1952年， 厦门大学农学院与福州大学农学院合并，成立福建农学院，校址设在福州魁岐。

1953年，“福州大学”更名“福建师范学院”。

1958年，因建设福马铁路需穿越魁岐校园，福建农学院从魁岐迁往福州西郊梅峰，原私立福建协和大学校舍由铁路部门使用。

1958年，在福建农学院林学系基础上，创办福建林学院，在南平西芹建校。

1970年，福建农学院、福建林学院（原福建农学院森林系）合并组建福建农林大学。福州铁路局把大部分校舍移交福州制药厂（现海王福药制药有限公司）使用。

1972年，福建师范学院更名福建师范大学。

1978年，福建农林大学重新拆分成福建农学院、福建林学院。

1980年，福建农学院回迁福州金山，成为当时福建省最大高校（直到2002年）。

1994年，福建农学院更名为福建农业大学。

2000年10月，福建农业大学、福建林学院合并组建福建农林大学。

今片割车间。西南内，建于1925年。砖石木结构，四层，二层以上每层面阔九间，进深五间。占地面积813.7平方米，建筑面积3012平方米。一层为石构地下室，二层以上为砖木结构，檐挂均为混凝土圆柱，单檐歇山顶，屋顶置双重椽子，上覆以疏璃瓦，屋脊洞开二窗，窗上均建八角小亭。

教学楼，今针织车间。西南内，建于1935年，五层，每层面阔十五间，进深8间，占地面积549平方米，建筑面积2358平方米。一层为石构，半地下室，二层亦为石构；三层以上为砖木结构，外墙施混凝土圆柱，单檐歇山顶，上覆以琉璃瓦。

教师宿舍楼，今为托儿所。南向，三层，每层面阔三间，进深二间，占地面积111平方米，建筑面积240平方米。一层为地下室，石构；二、三层为砖木结构，硬山屋顶，上覆以琉璃瓦。房屋建筑精巧，房间内设壁炉，门庭护以瓷栏杆。

一部分为托儿所宿舍。西南向，二层，每层面阔四间，进深三间，设有后阳台，占地面积317平方米，建筑面积559平方米，悬山屋顶。

一部分为卫生所。南向，砖石木结构，二层，一层面阔三间，进深四间，二层面阔三间，进深一间，置有阳台（部分屋顶做阳台），占地面积151平方米，建筑面积278平方米。卷棚歇山顶。室内建筑精致，置有壁炉。

第一宿舍楼，今制药厂医药研究所。西南向，砖石木结构，三层，一层为石构，二层以上为砖木结构。二层面阔十间，进深一间。三层面阔十间，进深三间。占地面积414平方米，建筑面积879平方米。重檐（三檐）歇山顶，上覆以琉璃瓦。房屋依山而建，整体建筑呈阶梯形。

第四宿舍楼，今为制药厂职工宿舍。南向，建于1932年。砖石结构，五层，每层面阔八间，进深三间，占地面积335平方米，建筑面积1486平方米，硬山屋顶，上覆以琉璃瓦。

第五宿舍楼，今制药厂职工宿舍。南向，砖石木结构，三层，每层面阔五间，进深二间，占地面积216平方米，建筑面积642平方米，面坡屋顶。

一部分今为制药厂行政科办公室。西南向，砖石木结构，三层，每层面阔八间，进深五间，占地面积367平方米，建筑面积1007平方米，单檐歇山顶，屋顶置双重椽子，上覆以琉璃瓦。一层为石构地下室，二层以上为砖木结构，檐柱均为混凝土圆柱，二楼门口设门亭，檐下斗拱出跳，吊柱下端饰莲花浮雕。

一部分今为福州铁路分局新光招待所。西南向，三层，面阔八间，进深五间，占地面积315平方米，建筑面积946平方米。檐柱均为混凝土圆柱，单檐歇山顶，屋顶置双重椽子，上覆以琉璃瓦，二楼门口设门亭，门亭檐下亦置吊柱，吊柱下端饰莲花浮雕。

私立福建协和大学为近现代中国培养了大批人才。保存协和大学校舍为研究中国近代教育史、近代中西文化交流、近代建筑艺术提供了实物例证。

1998年2月，福州市晋安区人民政府发布“榕晋政综[1998]29号”文件，将私立福建协和大学校舍列为晋安区第四批文物保护单位。其保护范围定为：“各楼房周围30米。”

2009年4月，配合机场高速二期工程建设，福州制药厂（现海王福药制药有限公司）厂区内原福建协和大学第四宿舍楼（女生宿舍）向西南方向平移约二十米。

学校的行政组织：校长由校董事会推选，下设校长室，校长室下分学制组织，管辖3个学院。并设教务、训导、总务3处，秘书及会议2室。

庄才伟（Edwin C. Jones）：1916年—1923年

高智（John Gowdy）：1924年—1926年

林景润：1927年—1946年，此校长离任后不久福建协和大学撤销

陈锡恩：1947年部分

杨昌栋：1947年部分—1948年

学校文、理、农3学院的学系设置是：文学院设中文、历史、外语、教育四学系；理学院设数学、物理、化学、生物四个学系；农学院设农艺、园艺、农业经济、农业教育四学系（民国三十二年文学院教育系被取消后转办此系，民国三十七年又停办此系，复办文学院教育系）。在理学院生物系和化学系中，设有医学预科（简称“生物医预”和“化学医预”），专为北京协和医院和山东齐鲁医学院培训医大前四年基础课。学士学位要修满136学分。

协和大学三个学院的成就，各有所殊，文学院中的文史系，后分为中国文学系和历史系，出版《福建文化》、《协大艺文》等定期刊物。福建的国学，晚清以来，素具渊源。西洋哲学系，后来改为外文系，教授几乎都属于外国籍，某一时期阵容之强，为他校所不及。历届毕业生，或在东南亚一带奠下了事业，或在全国各地工作，都不乏杰出人才。教育系，在福建是师资储备之所，全省执掌学校行政者，不少出于此系，校中又附设社会教育推行委员会，深入农村，为农民辅导教育。该系毕业的，有一批无名英雄，视教育为终身事业，尽瘁于桑梓以终老。

曾在邵武附设高级农校，训练农业人才。农经、农艺、园艺、与农教四学系的研究风气，也不在文理学院之后，东南各报副刊，时常为该院各系专辟旬刊或半月刊，刊载各种专题文章，作者中不少是各系学生，也不乏教授的作品。除农艺系附设农业试验场外，园艺系也设有园艺试验场，并有加工的产品外售。此外，每个系都办有一种或数种不同名称、不同内容的定期刊物。

设备最称完善，如生物学系，实验室中每人便有显微镜一架，该系著作较多，其中若干著作已刊入商务印书馆的大学丛书，其他如单行本，或定期的刊物，都不乏出版。化学系的药品与实验器材之丰，为东南诸大学屈指可数者，无论那一种的实验，该系都可应付裕如。物理系，则自备发电厂和修理厂，包括锯木及一切机械的修理。化物两系，平时也在刊物出版。

福建协和大学是人才荟萃之所，有一批著名专家、学者、教授先后在这里任教。如著名文学家、文论家、教育家叶圣陶、郭绍虞，名儒陈宝琛入室弟子陈易园，严复的哲嗣、著名教授严叔夏，著名专古学家、甲骨文专家董作宾，著名历史学家傅家麟，著名黄麻遗传学者卢浩然，著名动物学家、两栖爬行动物国际委员会委员丁汉波，著名微生物学家、“庆大霉素”发明者王岳，著名昆虫学家、博士生导师赵修复，以及著名学者陈文渊、陈锡恩、陈兴乐诸博士。

协大毕业生在科技、农业、教育方面有不少出类拔萃的人才。中华人民共和国成立后任中国科学院学部委员（院士）的有郑作新（中国鸟类世界闻名的学者，曾被美国国务院聘为客座教授赴美讲学）、林兰英（著名半导体物理学家）、黄维垣（中国科学院上海分院副院长、上海有机化学研究所所长）、唐仲璋（寄生虫专家，厦大教授）、唐崇惕（寄生虫专家、厦门大学教授）等。还有著名农业专家李来荣（原福建农学院院长，国际上著名园艺学家）、张先光（美国密执根州立大学教授，进入世界名人录的著名禽病专家）等。

民国十六年（1927）一月，中共福州地委直接领导的进步团体“福建涤社”出版了《收回教育权专号》，该校教授陈锡襄就主持筹备召开“福州各界反抗文化侵略大会”。二十六年（1937）十月，协大百余名师生举行抗日救亡大会。本世纪30年代初，该校学生中就有共产党员组织读书会，进行革命活动。三十五年（1946）十一月，中共协大支部在学校驻地魁岐乡举办民众夜校，吸收100多名青年参加学习，并培养一批进步青年加入中国共产党。到本世纪40年代中期以后，该校已有3个共产党支部，党员学生数十人。历来福州各校师生发动的爱国民主运动，该校都是主力之一。

1947年5月16日，协和大学学生自治会在中共地下党组织领导下，经过周密的策划，发动全校绝大部分学生计600余人，冲破国民党的威胁与重重阻挠，组织福州市有史以来人数最多、声势浩大的“三反”（“反饥饿、反内战、反迫害”）大游行，散发《告福州市民书》。队伍浩浩荡荡地沿着市区台江、小桥、洋头口，穿过南门兜，一路直达鼓楼的国民党省政府，向当局递交《请愿书》。沿途群情激奋，受到了广大市民的欢迎，有的纷纷加入游行队伍，此举也得到了福州各大专院校学生的声援和支持。

学校员生人数：1947年第一学期有教员63人，职员51人，学生587人，其中女生100人。

图书设备：计有中文76913册；西文25505册；又中文杂志17843册；西文杂志15605册，总共合计135857册。

协和大学办学35年，共培养毕业生1300多人。

协和大学闽江东，世界潮流此汇通；

高山苍苍，流水泱泱，灵境产英雄；

萃文化，作明星，明星照四方。

无远弗届，真理是超；

乐群众于一堂兮，作世界大同之先声；

协和协和，大德是钦！

福建协和大学的优良文化现正由福建师范大学协和学院进行传承。福建师范大学协和学院成立的“协和文化寻根课题组”得到了福建协和大学校友的支持，使福建协和大学的文化能得到延续。同时，福建协和大学校友会也设立在了福建师范大学协和学院。

关于福建协和大学的文化追寻，可以到福建师范大学协和学院官方网的“协和文化寻根”的专题网站查看。