塞浦路斯侏儒河马，西西里马耳他侏儒河马及西西里马耳他河马；马略卡及梅诺卡岛的巴利阿里群岛洞山羊；塞浦路斯侏儒象；西西里岛、马耳他及其他岛屿的欧洲矮象，马耳他矮象；巨型睡鼠；马耳他的巨天鹅等

在过往5万年中，包括末次冰期晚期，约有33属的大型动物于北美洲消失。当中15属约于1.15-1万年前的期间消失，仅在克洛维斯人到达北美洲之后。其他大部份的消失并不受时间的约束，但一些则肯定是在这段时期之外。相反，此段时期却只有少量细小哺乳动物消失，以往在北美洲的灭绝波浪却没有这种不平衡。

以下是在北美洲消失的动物：5种美洲的马；拟驼；巨足驼（泰坦驼）；北美洲的大羊驼；2属的鹿；2属的叉角羚；罕角驼鹿；灌木牛及林地麝牛；巨河狸；北美洲的高鼻羚羊；畸鸟；泰坦鸟；平克尼豚鼠；地懒中的旱地地懒（Eremotherium） 、孽子兽、巨爪地懒、副磨齿兽；雕甲兽等北美雕齿兽科；潘帕兽科；巨型短面熊；佛罗里达眼镜熊；刃齿虎；锯齿虎；美洲拟狮；北美猎豹；恐狼；哥伦比亚猛犸象；美洲乳齿象；古风野牛；古貒属及平头猪等

于更新世及全新世过渡期的南美洲大多都是没有结冰的，不过却同样遭遇了灭绝事件。现时仍存活的野生陆上哺乳动物都不会大于一只貘。

以下是在南美洲消失的动物：

毁灭刃齿虎（混乱刃齿虎）；南美短面熊属；3科的地懒（包括大地懒，磨齿兽等）；雕齿兽科；潘帕兽科；南美土著马；箭齿兽；后弓兽；居维叶象；剑乳齿象；泰坦鸟等

西瓦兽（西洼兽）、古非洲水牛、佩罗牛等

相比之下，发生在非洲的灭绝事件不像其他大陆那么严重

双门齿兽；袋犀；袋貘；巨袋鼠；巨型短面袋鼠；金卡纳鳄；牛顿巨鸟；沃那比蛇；袋狮；古巨蜥

另外在澳洲有一些已灭绝的巨型动物群可能是古代的神秘生物，如像双门齿兽的本耶普。

猎杀假说尝试解释第四纪灭绝事件的发生，指人类猎杀巨型草食性动物至灭绝状况，结果令肉食性及食腐动物也很没有猎物而消失。因为在一些巨型动物群的化石旁一并发现有人类的遗骸、箭及工具，化石骨头上有伤痕，石洞壁画也描绘猎杀的境象。生物地理学证据指人类演化的地区，对比没有早期人类的澳洲、美洲、马达加斯加及新西兰等，于更新世存有较多样化的巨型动物群。所以可见在亚洲及非洲的巨型动物群已学懂如何与人类相处，反而其他地区的动物则易于被猎杀。

在一些地区人类出现的时间与灭绝事件的时间吻合，例如真猛犸在岛上生活至末次冰期之后几千年，但到了前1700年人类到达后就消失了。澳洲最早的灭绝事件在3万年前就已经完结，远早于末次冰期及气温上升等的气候转变。在新西兰最近的灭绝事件则是在500年前完结。在这段时间之间就不断发生灭绝事件，包括在北美洲、南美洲及马达加斯加，但却没有气候上的共通性。唯一共通的地方就是人类的出现。

全球性的灭绝事件似乎与人类迁徙有关，当人类到达一些地区时，灭绝事件会变得严重。但在发源地的非洲，情况是最不严重的，可见在非洲猎物是与人类的狩猎能力一同进化，学习了逃避的能力。人类走到世界各地，狩猎能力就不断进步。非洲动物演化成不惧怕人类，而其他地方的则成为了容易的猎物。

猛犸象的遗骸骨骼中发现了被抛掷的伤痕，可见人类猎杀至灭绝的可能性。

不过有意见认为当时狩猎收集者社会的出生率过低，杀死一只巨型动物已经需要付出很大的努力，更何况是将巨型动物群猎杀至灭绝状况，而且得来的肉量也远远超出他们所需。从北美洲的拉科塔可见，他们只会取其所需的美洲野牛，每只猎杀回来的野牛也会完全用上，并不会浪费。

猎杀假说的一个变化就是过度猎杀假说。这个假说指巨型动物群是于极短的时间内消失，例如80%的北美洲大型动物就于人类到达西半球的1000年间消失。不过，这套假说仍然备受争议。

2气温上升最明显的气候转变是在冰河时期末的气温上升。于1.5-1万年前，全球就有6℃的上升，可能就是灭绝的原因。上升的温度足以溶解威斯康辛冰期的冰川，令适应寒冷的动物死亡。大型动物身体的表面积比例 也较细小动物的为少，故问题更为严重。研究却发现间冰期的全年平均温度并不比以往1万年的气温为高，故大型动物仍能生存，较温暖的气候并非足够的解释。再者，纵然气温上升，在弗兰格尔岛及圣保罗岛上仍生存著一些猛犸象等物种。在正常生态下，在岛内生存的群落应更为易于受害，因为在岛内的群落往往较少，且缺乏迁徙的能力。

其他科学家指极端天气的频繁，如较热的夏天及寒冷的冬天、或雨量的改变导致灭绝。研究发现林地及山簏变成草原及林地，令动物的食物量减少。草食性动物可能找不到与它们一同演化的植物，而成为了一些含有抗草食性动物毒素植物的猎物。较短的生长季节令大型草食性动物灭绝或侏儒化。美洲野牛及反刍动物能够从有限的食物中抽取更多的养份，故能处理抗草食性动物的毒素。所以当植物变得更为专门化时，草食性动物就会失去食性的灵活性，很难寻找食物来维生及繁殖。

下降及难以预测的雨量限制了植物的生长，令陆性率增加，限制了适合繁殖的时间。这样会对大型动物造成伤害，因其繁殖季节较长及灵活性较低，而幼生会在不适当的时间出生。相反，细小的哺乳动物因生命周期、繁殖循环及妊娠期较短，能够调校自己适应新的气候。若是这样，它们会失去较少的幼生，且能在适合生存的季节下重复繁殖。

以下是陆性率上升未能解决的问题：

1、巨型草食性动物在其他时期的相同气候下仍有繁盛的例子，例如于更新世的西伯利亚。

2、灭绝的动物所吃的食物：草，就算环境由林地及山簏变为草原，也有增加而非减少。

3、虽然马在新大陆中消失，但却于16世纪成功由西班牙引入。它们能够避开毒素找到食物，而妊娠期的时间并没有影响其繁殖。同样地，猛犸象于更新世-全新世间生存下来，到了没人居住的地中海岛及弗兰格尔岛上直至4000-7000年前。

4、若大型哺乳动物发现气温过于极端、繁殖季节太短或雨量太少时，它们应该有能力永久或季节性迁徙。季节会按地理而改变。只要迁离赤道，草食性动物就可以找到适合生活的地方进行繁殖。现今的非洲象就会因干旱而迁徙到有水源的地方。

5、大型动物的身体内可以储存较多的脂肪，可以用来抵消于极端气候下的食物供应。

有指更新世晚期大型哺乳动物的灭绝是一种超级传染病所致，且是人类到达后的间接影响。人类与禽畜带来了一种病毒性极高的疾病，感染原住的哺乳动物，最终引致它们的灭绝。由于细小的物种有较高的适应力，所以只有大型的物种消失。在以往也有相似的例子，如在夏威夷所爆发的禽类疟疾，就对岛上的鸟类带来巨大影响。假说背后必需存在一些先决条件：

1、病原体必定有一个稳定的带菌者状态，可以在未有适合的宿主前自我生存；

2、病原体必须具有高度的感染率，能感染所有不同年龄及性别的个体；

3、致命率必须极高，最少达到50%-75%；

4、它们能够感染多种宿主，但却对人类无害。

有指病原体是由扩展中的人类传染给家犬。但是这却不能解释很多灭绝事件，例如犬科要比人类迟3.5万年才到达澳洲，这要比灭绝事件迟3万年出现。另外大量物种，如狼、猛犸象、骆驼及马于10万年前经常穿越亚洲及北美洲，同时也会出现基因及病原体的传播。

超级传染病假说也有其缺点如下：

1、从未有发现任何疾病的证据；

2、从未有如此高病毒性的病原体出现，就算强如西尼罗河病毒，也不可能引发灭绝事件。

3、病原体应该是十分选择性，而非广泛性。因为例如美洲野牛属的三个物种会受到感染，而另一现存的却没有；又如可以杀死不会飞的鸟，但却留下近亲能飞的鸟类。

次级掠食假说指人类进入到新大陆后，继续猎杀掠食者，产了生态不平衡，导致大洲上的物种数量过剩，耗尽环境而令环境崩坏。在智人到达新大陆后，当地的掠食者与它们一同争夺猎物，令初级掠食者不能找到足够的食物。人类开始猎杀初级掠食者，掠食已不能控制猎物的数量。由于失去了初级掠食的控制，猎物群落出现了与衰循环，数量激增致过度牧食，令环境不能再支撑。结果草食性动物出现饥荒，寻找食物较慢的物种率先灭绝，紧接是未能从食物中有效抽取养份的动物。由于植物环境改变，引发了气候（相对湿度及陆性率）的转变，林地变为草坪。 利用电脑模型发现次级掠食比过度猎杀更为接近灭绝事件。不同假说的组合也由电脑来模拟。当过度猎杀及气候转变组合起来后，它们彼此抵消。气候转变只令植物减少，过度猎杀则令动物消失，故较少植物被吃掉。次级掠食加上气候转变会令灭绝事件恶化。

注：

图1（上）过度猎杀假说；（下）次级掠食假说

图2（上）气候转变假说（中）气候转变及过度猎杀假说（下）气候转变、过度猎杀及次级掠食假说

不过次级掠食也有其问题：

1、除了西伯利亚外，没有证据指人类会猎杀掠食者。

2、只预测了因气候转变而造成的大量灭绝，但不能解释为何溶冰期没有灭绝事件出现，或是在欧亚大陆的灭绝事件只在高海拔地方出现。

3、假设了气候转变令植物减少，但忽略了溶冰扩大了北美洲的可住地区。

4、虽然在美国南部的气候转变对植物或细小的哺乳动物只有很少的影响，但忽略了美洲热带的灾难性灭绝事件。

5、任何植物性的改变都不足以令差不多所有细小的脊椎动物灭绝。

6、假设了在草原的高灭绝率，但大部份灭绝的物种分布在多种不同的植被地区，在森林的灭绝情况也一样严重。

7、由于一些掠食者的繁殖率也很高，假说却未能解释为何它们在缺乏竞争者下，数量上未有增加。

8、没有解释为何差不多所有已灭绝的肉食性动物都专吃巨型草食性动物，而大部份低或一般肉食性动物却能生存下来。

9、历史上未曾出现动物的兴衰循环所引发的灭绝事件。近年在美国大量猎杀掠食者也不见得出现大量植被的改变。

陨石假说指于12900年前的陨石引发了大量的灭绝事件。显微照相分析发现在北美洲6个位点的土壤中含有纳米钻石，在格陵兰冰原也有发现纳米钻石。这个假说最大的问题是并没有任何陨石坑的发现及土壤中相对较少的铱含量。