公元25年（建武元年）正月，邓禹率军越太行山，出箕关进取河东（山西省南部地区）。河东都尉闭关拒守，经战十日，大破守军，夺获大批军资粮秣。继而又率军围安邑（今山西省夏县），但数月未能攻下。更始大将军樊参率数万人，渡大阳欲攻邓禹，邓禹派诸将在解南迎战，大破敌军，斩樊参。于是王匡﹑成丹﹑刘均等合军十余万，共击邓禹。初战，邓禹失利，樊崇战死。天黑后双方停战，军师韩歆和诸将见气势已挫，都主张乘夜退走，邓禹不从，认为王匡之军虽多，但势不强。第二天利用王匡停止进攻之机，重新组织队伍，调整部署。第三天清晨，王匡尽出其军攻打邓禹，邓禹令军中不得妄动，严阵以待，坚守不出。待王匡军至营前，猝然击鼓，全师猛扑，大破王匡军。王匡军至等皆弃军而逃，邓禹率轻骑急追，俘刘均及河东太守杨宝﹑持节中郎将弭强，将其斩杀，收得节六，印绶五百，兵器不可胜数，遂定河东。

同月，刘秀已在鄗邑（今河北省柏乡县）即帝位，派使者持节拜邓禹为大司徒。并说：“诏令前将军邓禹：深执忠孝，与我运筹帷幄之中，决胜千里之外。孔子说过：‘自从我有了颜回，弟子们日益亲密。’斩将破军，平定山西，功勋尤著。如果百姓不亲，缺少五常的训导，你作为司徒，应对百姓施行五常的教化，五常的教化在于宽厚。今派遣奉车都尉授你印绶，封为酂侯，食邑万户。”邓禹这时只有二十四岁。

河东既定，邓禹又率得胜之师于汾阴（今山西省宝鼎）渡河，入夏阳（今陕西省韩城）。更始中郎将左辅都尉公乘歙，带其部众十万，与左冯翊兵共同拒邓禹于衙县，邓禹再次将其攻破赶走，而赤眉军就进入长安。这时三辅的军队接连覆败，赤眉军所过之处残暴掠夺，百姓不知所归。听说邓禹每每乘胜独克而部队纪律严明，于是都望风携老扶幼迎接邓禹军队，归从的日以千数，人众号称百万。邓禹每到之处，常停车住节，慰劳问好，父老童稚，白发垂髻，挤满在他车下，莫不感激欢乐，于是邓禹名震关西。刘秀非常高兴，几次写信赞扬他。

邓禹部众皆劝入关，直接进攻长安。但邓禹却取持重态度，不欲速进，便对众将说“：不然，现在我部众虽多，但能打仗的却少，前面没有可依赖的积蓄，后面也没有可供转运的资财。赤眉军刚刚攻取长安，财富充实，士气锐不可挡。然而盗贼群居，无整天的打算，财谷虽多，变故万端，哪能坚守下去呢？上郡、北地、安定三郡，地广人稀，谷米牲畜多，我们暂时整军北道，就粮养士，以观察赤眉军的弱点，才可以设法进攻他们哩！”于是引军北至縌邑县。邓禹所到之处，击破赤眉军别将诸营保，郡县都开门归附。西河太守宗育遣儿子手奉邓禹晓谕各地的文书归降，邓禹派遣他到国都去。

刘秀因关中未定，邓禹又久不进兵，遂下诏催促邓禹进兵长安，诏令说：“镇抚西京，司徒，是尧；亡贼，是桀。长安的官吏民众，惶惶无所依归。应掌握时机进讨，安定抚慰西京，以维系百姓的心。”邓禹仍坚持前意，派军攻取上郡（今陕西榆林东南）诸县，留将军冯愔、宗歆守枸邑。自统主力平定北地（今甘肃庆阳和宁夏吴忠一带）。但冯愔、宗歆二人争权相攻，冯愔遂杀宗歆，因而反击邓禹。邓禹遣使问计于刘秀，刘秀问使者冯愔最要好的人是谁，使者说是护军黄防。刘秀猜冯愔、黄防不能久和，回报邓禹说：“逮捕冯愔的人，一定是黄防。”于是派遣尚书宗广拿着符节招降黄防。

一个月后，黄防果然抓住冯愔。率领其部众归罪。更始诸将王匡、胡殷等都到宗广处投降，与宗广一起东归。到了安邑，王匡等想中途逃跑，宗广把他们都杀了。冯愔到洛阳，赦免不杀。

公元26年（建武二年）春，刘秀遣使者改封邓禹为梁侯，食邑四县。这时赤眉军西走扶风，邓禹才往南至长安，驻军昆明池，用酒食大宴士卒。率领诸将军沐浴更衣斋戒，选择吉日，演习礼仪祭祀高祖庙，收了十一帝的神主，派使者捧到洛阳，因而巡视园陵，特安置官吏士卒奉祀守陵。邓禹率兵与延岑战于蓝田，不胜，再就食云阳。汉中王刘嘉到邓禹处投降。刘嘉相李宝傲慢无礼，邓禹把他杀了。

李宝的弟弟收集李宝部众击邓禹，并杀了将军耿欣。自从冯愔反叛后，邓禹的威望受到损害。这时赤眉军再次还入长安，邓禹与之战，败走，到了高陵，军士饥饿，都吃枣菜度日。刘秀于是让邓禹回来，诏令说：“赤眉缺粮，自然会向东而来，我只要折断策马的杖去鞭打他就可把他打败。不是诸将值得忧虑的，不要再妄动进兵。”邓禹以受任而功不成为惭愧，几次驱饥饿之兵去征战，常不利。

公元27年（建武三年）春，邓禹率部至湖县（今陕西潼关东），邀冯异共同迎战赤眉军。冯异认为赤眉军尚强，应放其过去，东西夹击才能获胜。邓禹及其部将车骑将军邓弘邀功心切，急于迎战。邓弘率部与赤眉军大战整日，赤眉军佯败弃辎重退走，车上尽装泥土，仅用豆子覆盖在表面，邓弘军士卒争相取食。赤眉军乘机还军猛攻，邓弘军大败。邓禹、冯异合兵救之，赤眉军退。邓禹复战，大败，死伤3000余人，只带24骑逃归宜阳。冯异亦被击败，弃战马徒步逃出，退至回豁阪（位于湖县西），坚壁自守。

邓禹因此战失利，引咎交上大司徒、梁侯印绶。数月后，拜右将军。

公元28年（建武四年）春，邓禹与复汉将军邓晔﹑辅汉将军于匡在邓州击败延岑，邓禹追至武当，再破其军，延岑逃往汉中，部众都投降。

公元37年（建武十三年），天下平定，刘秀加封功臣，封邓禹为高密侯，食邑高密﹑昌安﹑夷安﹑淳于四县。光武帝因邓禹功高，又封其弟邓宽为明亲侯。后来左右将军的职衔撤销了，按特进朝见皇帝。邓禹内尚文明，行为忠厚淳朴而且周密，服事母亲非常孝顺。天下已经平定，常常想疏远名势。有子女十三人，让他们各掌握一门技艺。整饬家规，教养子孙，都可以成为后世的楷模。一切用度都取之于封地赋税，不修私产不谋私利。因此刘秀更加尊重他。

公元56年（中元元年），再代理司徒职务。从帝巡视山东，到泰山筑坛祭天。

刘庄即位后，因邓禹是先帝元勋，拜为太傅，朝见时令他东向站立尊如宾客，甚见尊宠。居岁余，卧病，刘庄几次亲临问候。

公元58年（永平元年），邓禹去世，享年五十七岁。谥曰元侯。

《后汉书》中，邓禹与寇恂同列一传，并评价道：

刘秀：“深执忠孝，与朕谋谟帷幄，决胜千里。……斩将破军，平定山西，功效尤著。”

司马炎：“昔邓禹挠于关中，而终辅汉室，岂以一眚而掩大德哉！”

葛洪：“邓禹马援田间诸生，而善於用兵；萧何曹参不涉经诰，而优於宰辅，尔则知人果未易也。”

伏滔：邓禹卓茂无敌于天下，管幼安不胜庞公，庞士元不推华子鱼，何邓二尚书独步于魏朝，乐令无对于晋世。

萧绎：邓禹文学，尚或执戈；葛洪书生，且云破贼。

姚思廉：昔邓禹基于文学，杜预出自儒雅，卒致军功，名著前代。

李世民：汉光武得邓禹，门人益亲。今我有玄龄，犹禹也。

虞世南：汉祖之臣，三杰是也；光武之佐，二十八将是也。岂得以邓禹、吴汉匹於张良、韩信者乎？

张仲宣：汉有二十八将者，上应二十八宿也，或以文雅光国，邓禹有决胜之奇；或以武能威人，吴汉有绥边之略。功论树下，冯异之绩弥彰；冰结河中，王霸之诚尤著。

苏辙：禹本计不失，而帝不能用，禹亦迫于君命，不能自固耳。

何去非：昔日汉武帝被命更始，安集河北，始于邓禹于徒步之中。恃之以为萧何者，以其言足以就大计，其智足以定大业，且非群臣之等夷也。遂以西方之事委之，而禹亦能胜所属任，所向就功。赤眉之入长安，诸将豪杰皆欲击之。禹以其乘新胜之强，财富锋锐，然盗贼群臣，无他远计，必生变故。而吾众虽多，战胜者少，又乏资馈，难与力争而可以计破也。且将休兵北道，以观其弊。于是别军北趋栒邑，以就粮养士，盖将有以骄而怠之，然后取之也。此禹之计得矣，光武极欲天下之集，而缓其为计与功也，遂迫以进讨。禹无以专制，乃以其兵去栒邑，击赤眉果不能守，西守扶风。禹虽得入关中，然卒饥干敝，无足以制贼者，是以赤眉复还入之。禹无以抗，乃不胜其忿悁，而数以惫兵徼战，至于屡北，仅以身免，声威功烈一朝沮丧。此知所以骄而怠人之术矣，惜其为气与度者不足以持守之，是以一愤而不能复举也。

《十七史百将传》：“孙子曰：‘杂于利而务可伸。’禹因贼不出而更得理兵。又曰：‘修道而保法。’禹师行有纪而降者日众。又曰：‘军有所不击。’禹不攻长安以避其锐是也。”

陈亮：起身徒步，仗策军门，一见光武，遂论霸王大略，陈天下之计，此其胸中有过人者矣。连兵西讨，所当者破，既定河北，复平关中，威声响震，敌人破胆。

徐钧：久从游学识英雄，杖策南来见略同。首建雄谋恢汉业，云台端合议元功。

陈元靓：赤伏兴王，南阳受命。于时仲华，以贤佐圣。内参鼎铉，外执戎柄。建武功臣，于斯为盛。

朱元璋：太公韬略，当宏一统之规。邓禹功名，特立诸侯之上。

叶居升：世间奇才，罕有如颜回、耿弇、邓禹者，固未可拘于常法。

归有光：光武承王莽之乱，奋迹南阳，恢复旧物，则有邓禹、吴汉、贾复、寇恂、马援、冯异、岑彭、来歙之徒宣其力。

王夫之：赤眉之弃长安、西走安定，非邓禹之力能驱之也，食尽而旁掠，固不以安定为终焉之计，而必返乎长安。邓禹不乘其有可溃之势，蹑其后以蹙之，而入长安晏坐以待其归，河决癕溃，容可御乎？于是退之云阳，士气已馁，而还攻之于坚城之下，其败宜矣。故善用兵者，知时而已。赤眉食尽，引兵东归，时毕乎昔，则唯扼之于险而可制其死命。禹乃违光武之令，就关内而与争，何昔之怯而今之忿也！

屈大均：汉唐以来善兵者率多书生，若张良、赵充国、邓禹、马援、诸葛孔明、周瑜、鲁肃、杜预、李靖、虞允文之流，莫不沉酣六经，翩翩文雅，其出奇制胜如风雨之飘忽，如鬼神之变怪。

李景星：光武之有邓禹，犹高帝之有张良也；其有寇恂，犹高帝之有萧何也。大业之成，于二人深有赖焉。……至于野战之事，非禹所长，虽有败衄，不足为累。

公元60年（永平三年），汉明帝命人绘二十八功臣像，挂于南宫云台，其中邓禹名列第一。

公元782年（唐建中三年），礼仪使颜真卿向唐德宗建议，追封古代名将六十四人，并为他们设庙享奠，当中就包括“后汉太傅高密侯邓禹”。

公元1123年（北宋宣和五年），宋室依照唐代惯例，为古代名将设庙，七十二位名将中亦包括邓禹。

北宋年间成书的《十七史百将传》中，邓禹位列其中。

公元1388年（明洪武二十一年），明太祖取古今功臣三十七人配享历代帝王庙，其中后汉时期的大臣只有邓禹、冯异。

邓禹有十三个儿子，《后汉书》记载的有五人：

邓禹故里位于河南省南阳市新野三泉陂村人（今名板桥铺，属城郊乡）。村边有其后人所立之“汉高密侯邓元公故里”碑楼，至今犹存。近年来回新野寻根祭祖的海内外邓姓传人，无不亲临祭吊，追怀先祖。

邓禹故里碑是记载东汉云台“二十八宿”之首邓禹故居地的重要实物资料。该碑高2.56米，宽0.97米，由整块青色大理石刻制而成。碑正面中间刻“汉高密候邓元公故里”九个大字。碑文曰：“公讳禹，字仲华。东汉中兴，功盖诸将。始封梁候，继封高密候。永平元年薨，谥曰元。其故里在新野东北乡三泉陂，厥裔蕃昌，世守勿替，邑之人恒景慕之，标公爵氏，特建木坊于道旁。余公馀诣访，得晤其五十八世孙广东候补吏目前署香山司巡政名坤载，述坊年久倾欹，愿立碑以垂不朽，余掭笔立书，永成文献之—证云。清咸丰六年新野知县倪正钧立”。

邓禹墓位于河南济源御驾村西200米处，冢高8米，呈圆形，直径16米，占地约3亩；冢上有一柏树，直径1米许；墓前有一碑，高1.4米，宽0.8米，厚0.2米，碑文楷书：“汉先贤仲华邓禹之墓，康熙二十四年知济源县令尤应选立。”墓冢在文革时期取土挖去一部分。

连丽如评书《东汉演义》中，邓禹是严子陵的徒弟，曾随刘秀到长安参加武举，在校场刀劈苏天宝。后为汉军军师，位列云台三十六将，星号角木蛟。

评书《东汉风云》与南阳民间传说中把邓禹描绘为新野落凤坡白云观道士。作为汉军军师辅佐刘秀建立东汉。