接着朱元璋攻灭了张士诚，不久方国珍也不战而降，这就奠定了朱元璋完成帝业的基础。此后，他依靠江南雄厚的财力，倚仗训练有素、纪律严明的强大军队，南征北伐，取得了节节胜利。

元至正二十八年（1368）正月四日，朱元璋在应天（今南京）即皇帝位，定国号为“大明”，建元洪武，立马氏为皇后，朱标为太子，以李善长、徐达为左、右丞相，设官分职，封赏文武百官，开始了明王朝三百年的统治。

后又派徐达、常遇春率领大军以“驱逐胡虏，恢复中华”为口号北伐残元。从元至正二十七年（1367年）十月至明洪武二年（1369年）十二月，明军与元军在中原和西北广大区域内进行的战略决战。洪武元年，北伐大军一路势如破竹，直逼大都城下。元顺帝见大势已去，由居庸关逃往上都开平（内蒙古多伦西北）。元大都的陷落，标志着元朝统治的结束，但并不意味着明朝的统一。元王朝在各地的残存力量和元末起义中建立起来的诸多割据政权，都在威胁着明朝的统治。为此，明太祖称帝后，在进行改革和建设的同时，秣马厉兵，南征北战，经过20年之久，于1388年最终实现统一大业。

明太祖为了巩固统治，建立健全各种政治制度，恢复和发展社会经济，还制定酷刑，严惩贪官污吏，开创了“洪武之治”后罢中书省及丞相，皇帝总揽大权，使封建中央集权更加集中和强化。

明朝开国不久，明太祖大肆分封子嗣和开国文臣武将。明太祖先后分封25个儿子和1个从孙为王，其中一部分还授以兵权。同时，明太祖在奉天殿举行仪式，大封功臣。封子为王驻守各地对明初统治的巩固起到了很大的作用，但也为以后的“靖难之役”埋下了伏笔。

分封子嗣和功臣之后，明太祖于洪武八年（1375）十月，还在地方设置指挥使司。朱元璋下令，改行省都卫指挥使司为都指挥使司（简称都司），共改投13个都司和2个行都司，之后又有增补。都司隶属大都督府，都司设都指挥使一人及都指挥同知、都指挥佥事等官，掌管一方的军政，并负责本司的练兵、屯田、军器、漕运、备御等事务。遇有战事时，所有官兵都可被征调出征，平日则可散归各本部。

为了监视不法勋贵，明太祖建立锦衣卫。洪武十五年（1382）四月，朱元璋废除仪鸾司，改设锦衣卫，锦衣卫除掌管侍卫职权外，还有巡察缉捕和审理诏狱的权力。锦衣卫属下的镇抚司承办由皇帝命令查办的案件，他们用刑残酷，洪武二十年（1387），明太祖下令焚毁锦衣卫刑具，所押囚犯转交刑部审理；同时下令内外狱全部归三法司审理，废除了锦衣狱。

明太祖还打击贪污和清理权臣，最著名的有明初四大案。即：“空印案”、户部侍郎郭桓的贪污案，此两案虽为惩贪杜弊而起，但株连甚多。影响最大的是丞相胡惟庸案和大将军蓝玉案（史称“胡蓝之狱”），共杀5万余人，内中公、侯近40人。经过这场大案一代开国功臣被诛戮殆尽。

洪武元年（1368）正月，明太祖采纳刘基“立军卫法”的建议，正式创立卫所制。洪武七年（1374）重定兵卫之政时，以5600人为一卫，下分前、后、左、右、中5个千户所，每个千户所又由10个百户所组成。百户所是明朝军队的基层编制，共112人，设2个总旗，10个小旗，进行日常管理和军事训练。洪武二十六年（1393）定天下卫所，计有17个都司，1个留守司，329个卫，65个守卫千户所。全国共有180余万军队。

洪武八年（1375）三月，明太祖下令印制“大明宝钞”在民间通行。洪武初，市面上流通的货币多为鼓铸的铜钱“洪武通宝”。然而，明朝初期极端缺乏铜料，铜质货币不能满足市场需要。为此，明太祖借鉴元代实行的纸币制度，印制“大明宝钞”与铜钱并行，以纸币为主，铜钱为辅。明朝宝钞共分六等：一百文、二百文、三百文、四百文、五百文、一贯。

⑴建立学校

洪武二年（1369）十月，明太祖下诏命令地方郡县设立学校，并明确规定了府、州、县学的规模和学生学习的内容。地方学校培养出来的学生，年资久的，可定期保送到京城国子监深造，也可参加科举获取功名。1375年，又设社学以教授民间子弟。京城的学校即为国子学（1382年改为国子监），是全国最高学府。其学生叫监生，多为官僚、地主的子弟，主修“四书”、“五经”及典章、律诰等，结业后可直接做官。

⑵制定科举

洪武三年（1370）五月，因国家急需人才，明太祖颁发科举诏令，于八月设科取士。明代科兴考试分文武二科，考试分乡试、会试和殿试。乡试考中者称举人，京师会试考中者有资格参加殿试。三年一大考，殿试由皇帝亲自把关，殿试及格被录取的通称进士。凡考中进士者，即可授官。文科考试内容主要局限于四书五经，考试文体通用八股文，虚内容而重形式，因而明代科举制又称八股取士。武科试士则以技勇为重，所考内容因时局要求而变化。六年一大考，考中头名称武状元。

⑶设置僧录、道录二司

洪武十五年（1382），明太祖设置僧录、道录二司，在外府州县设置僧纲、道纪等地方分支机构。所有僧、道官员都是挑选精通经典、戒行端洁者充任。寺观僧、道人数，也由僧录、道录二司送交政府存册。同时，政府赐给僧院、道观大量田地及佃户，以备僧道使用，并免除寺院所有田赋徭役。以后的明代诸帝多受朱元璋的影响，形成了明宫好佛道之风。

从建文元年（1399）到宣德十年（1435）的30多年中，明代历经建文、永乐、洪熙和宣德四朝，经过增建机构、完善制度、迁都北京、开发边疆等一系列的重大措施，达到了空前的统一和强盛。但另一方面在号称“宇内富庶”、“天下太平”的明代初年，已经在“富庶”、“太平”的背后，潜伏着危机。

明太祖死后，皇太孙朱允炆即帝位，以第二年（1399）为建文元年。为了推行自己的新政，建文帝首先对中枢权力机构进行了调整。随后，又陆续推出了一系列改革措施，其主要内容有：省刑减狱；均江浙田赋；调整政府官僚机构。尤其是后者，建文帝在位期间始终没有间断过，调整涉及到官制的许多方面。建文改制虽仅进行了4年，但仍取得了显著的成绩，明朝史学家朱鹭称之为“四载宽政解严霜”。

早在朱允炆为皇太孙时，他就与伴读老师黄子澄定削夺诸王权力之计。即位之后，付诸实践，与齐泰、黄子澄一同策划削藩之策。齐泰认为先从燕王朱棣下手，而黄子澄则认为先从周王朱橚下手。洪武三十一年（1398）八月，建文帝命曹国公李景隆领兵包围开封，将周王逮捕至京，废为庶人，革去王封，迁徙至云南。后又以伪造钞币和擅自杀人的罪名，遣使逮捕湘王朱柏，朱柏闻讯，自焚而死。接着召齐王朱榑进京，废为庶人，囚于京师。此后对代王朱桂、岷王朱楩亦如法炮制，都削去王爵，废为庶人。解决周、湘、齐、代、岷五王，前后不到一年时间。

建文元年（1399）七月，当建文帝准备削夺燕王时，燕王朱棣就公开反叛。燕王聚集将士，誓师起兵，以“清君侧”、“诛奸臣”为名，自称“奉天靖难”。建文帝闻知朱棣在北平举兵反叛，急命老将耿炳文为大将军，带领大军30万伐燕。从此揭开了长达四年之久的靖难之役的序幕。1402年，靖难之役以燕王胜利而告终。

1402年六月，燕军入京，第二天，被建文帝削废的诸王便率文武群臣向朱棣上表劝进。六月十七日，在编修杨荣的提示下，朱棣首先拜谒了明孝陵，而后诸王和文武百官备好法驾，奉上宝玺，迎立于道，高呼万岁。朱棣升辇入宫，在奉天殿接受了以兵部尚书茹瑺为首的群臣朝贺，正式即帝位，改元永乐，是为明成祖。

⑴削藩与迁都

明成祖即位后宣布建文帝所改易的祖宗成法都要革除，又诏令将建文时更定的官制改回洪武旧制。明成祖又两次大封靖难功臣。明成祖在恢复诸王爵禄后暗中开始“削藩”。将边塞诸王迁回内地，减少诸王的撤护卫，同时收回诸王对将帅、卫所军的节制指挥权；重申不许诸王擅役军民吏士的禁令，不许过问地方事务；对犯有过失的诸王，先以书诫谕，继而示以惩罚，最后或废为庶人或加以惩治。这一“削藩”策略较建文帝稳蔽，步骤实施也更从容，收到了削藩效果又不致酿成祸乱。

永乐元年（1403）明成祖将北平改为北京，设北京行部诸衙门，将大宁都司徙至保定。

⑵创建内阁

明成祖登基后，决定起用一批资深而干练的文臣参预机务。命侍读解缙、编修黄淮入直文渊阁，同议朝廷机密重务，又命侍读胡广，修撰杨荣、编修杨士奇、检讨金幼孜和胡俨同值文渊阁参预机务，与解、黄二人一起朝夕侍从左右，作为顾问，称之为内阁。他们分掌文案，综理制诰，内阁制度随之创立。不过，这时的阁臣品秩远在六部尚书之下，仅为五品，而且不设官属，不辖诸司事务。经洪熙、宣德两朝，内阁制度才趋完备。

⑶建立厂卫制度

朱棣登基后恢复了太祖时期后来被废除的锦衣卫，另外他还设置了另外一个特务组织——东厂。明代厂卫制度得以确立。

⑴五征蒙古

蒙古人者虽被驱出中原，但明朝的北部安全仍受到极大威胁，自明初至永乐中叶曾发生过几次激烈战争。

⑵南征安南

元末战乱，安南趁机从中国版图脱幅，洪武年间，朱元璋以战争方息，重在安抚，不愿再起干戈，于是对称兵拒命的南安置之不理，安南从此处于半独立状态。

后明成祖派兵攻打安南，明宣宗时期安南独立，明封黎利为安南国王，从此朝贡不绝。

永乐元年（1403）七月，明成祖命翰林侍读学士解缙等，参照《韵府群玉》、《回溪史韵》二书的例子，采集各书所载事物，按类编排，而统之以韵。解缙等奉命而行，于次年十一月编成进呈，明成祖赐名《文献大成》。不久，朱棣认为所书事物多有遗漏，又命姚广孝、刘季箎现解缙一起重新编辑，又特别命令王景、王达等五人为总裁，邹辑等20人为副总裁，陈济等为都总裁，征调中外官及四方老宿文学之士为纂修，选善书的国子监及郡县生员为缮写，由光禄寺供饮食，共2169人，开馆于文渊阁。同时，又派官员分行天下，搜求遗书，以备收录。历时五年修成，改名《永乐大典》，全书共22937卷，装订11095册。它是中国历史上规模最大的一部类书，也是迄今世界所公认的一部大型百科全书。

⑴郑和下西洋

为了加强同海外各国的联系，明成祖派遣宦官郑和出使西洋。1405年，郑和第一次出使西洋。他率领27000多人，乘坐200多艘海船，地从刘家港出发。到1433年，郑和前后出使西洋共七次，经历了亚非30多个国家和地区，最远到达非洲东海岸和红海沿岸。这是世界航海史上的壮举。郑和船上满载着金银宝货，销路最好的是丝绸和青瓷碗盘。他们从各国换回珠宝、香料和药材等特产。郑和的远航，促进了中国和亚非各国的经济交流。

⑵苏禄国王来朝

苏禄本是一个群岛国，有东王、西王、峒王总理其事。永乐十五年（1417）八月，苏禄国王各率其亲属及随从头目，组成340余人的使团，漂洋过海，长途跋涉，带着珍珠、宝石、玳瑁等物而来。这是苏禄国对郑和使团访问苏禄的回访，也是继渤泥、满刺加国王之后，又一个海外国家首领亲自率领使团来中国访问。在京期间，三王受到最高规格的接待。东王在南归途经德州时，不幸因病去世。明成祖命令按照王礼祭葬，在德州为东王营建了壮观的陵墓。永乐十六年（1418）九月一日，明成祖亲自为苏禄东王墓碑撰写碑文，对其表示深切的缅怀与悼念之情。

明初社会经济经洪武、建文、永乐三朝的恢复发展，到仁宗、宣宗两朝，出现了社会经济的繁荣。

朱高炽是明成祖的嫡长子，因为他有足疾，行走不便，不善骑射，但为人宽厚仁慈。但明成祖却不太喜欢他，他对次子朱高煦印象好，认为很像自己。永乐二年（1404）四月，朱棣正式宣布立朱高炽为太子，朱棣死后，太子朱高炽即位，改元洪熙，是为明仁宗。

洪熙元年（1425），明仁宗更定科举名额。洪武初年时，科举取士是有定额的。但不久即取消了限制。明仁宗时，朝廷决定重新规定取士名额，阁臣杨士奇奏请分南北取士。洪熙元年（1425），明仁宗正式议定各省乡试取士名额。凡通古博今，端重沉静，年龄在25岁以上者可以应试。此规定尚未实行，明仁宗即驾崩。明宣宗登基后，诏颁天下，要求各省仍按此规定执行。

明仁宗登基九个月后，便于洪熙元年五月突然病逝，其子朱瞻基即位，是为明宣宗。明仁宗在皇位的争夺战中屡遭风险，如履薄冰。但围绕皇位继承问题的斗争并未结束。

明宣宗登基以后重用贤臣，执行与民休息的政策。有一次外出返京，看到农民正在耕田。他亲自到田间同农民谈话，接过农民手中的犁把推了几下。他感慨地对随从诸臣说道：“朕只推了三下犁，就觉得很累。老百姓一年到头劳作不休，那辛苦就更可想而知了！”在修建明仁宗的陵墓献陵时，遵照明仁宗的遗嘱，力主俭朴，3个月就完成陵墓的工程。明宣宗以后几代明朝皇帝的陵墓都修建得较为俭朴。直到明世宗在位时，才营建奢华的陵墓。

明宣宗有几句名言。一句是“省事不如省官”。那是在批评一个巡抚时说的。那个巡抚要求在杭嘉湖地区增设一名专门管理粮政的布政使司官员。明宣宗认为，国家的赋税有常额，不能养冗官，驳回了他的要求。还有一句是“安民为福”。那是在批评一个工部尚书时说的。那个工部尚书建议修建山西圆果寺的佛塔，好为国家求福。明宣宗认为，百姓安定就是国家的福气，用不着借修佛塔来“求福”。

河南有一个知县，在当地发生灾荒时，未经请示，就将驿站公粮上千石发放给灾民。明宣宗对他加以表扬：“如果拘守手续，层层申报，那老百姓早就饿死了。”他还继承了他父亲愿意接受意见的作风。他要求大学士杨溥尽力辅佐自己。杨溥叩首回答：“臣决不敢忘记报答陛下的恩情。”他嘱咐杨溥：“直接指出我的过错，就是对我的最好报答。”

正是由于明仁宗朱高炽，明宣宗朱瞻基的作风较为开明，才有了被史家赞扬的“仁宣之治”。

朱高煦是明成祖的第二个儿子，“靖难”时立有战功，多次营救明成祖于危难之中。但他恃功骄恣，凶悍不法，妄想篡夺太子之位。永乐二年（1404），朱高煦虽被封为汉王。后改封别地，朱高煦仍不肯前往，整日闷闷不乐，图谋不轨。洪熙元年（1425）六月，他曾企图伏击明宣宗，结果失败。

宣德元年（1426）朱高煦趁北京地震之机，在乐安（今山东广饶东北）谋反，设立王军府、千哨，分官授职，并勾结英国公张辅作内应。明宣宗在大学士杨荣的劝谏下御驾亲征朱高煦。大军到达乐安城北，送诏书给朱高煦。朱高煦无力抵抗，只得举手投降，余党都被擒获。明宣宗兵不血刃，大胜而还，改乐安为武定，将朱高煦软禁在西安门内的逍遥楼。参与谋反的王斌、朱恒及天津、山东各地的反贼或被处死，或被发配边关。

1435年明宣宗逝世，年仅九岁的朱祁镇即位，是为明英宗。在此后的80多年中，明朝经历了景帝、宪宗、孝宗、武宗等几任帝王，社会经济继续发展，出现了“弘治中兴”的繁荣局面；但英宗时期宦官王振擅权却为明代以后的政治生活留下了阴影，从英宗至明灭亡，明政府多次出现宦官专政的事例。正统十四年（1449），明英宗受王振怂勈率兵亲征也先之侵扰，被俘于土木堡，这一事件成为明朝由初期进入中期的转折点。

宣德十年（1435）正月三日明宣宗逝世，大学士杨士奇、杨荣等拥朱祁镇为帝，即为明英宗。这使仁宣时期政治较好的状况在正统初年仍然得以延续，“海内富庶，朝野清晏”，“纲纪未弛”。这时，杨士奇、杨荣、杨溥等元老重臣仍在朝中发挥重大作用，他们尊明宣宗遗嘱，协助太皇太后辅佐幼主，对稳定政局，保持“清明”局面，起到了积极的作用。

明英宗即皇位时，太皇太后张氏（仁宗之后）将决断权交给内阁，委托杨士奇、杨荣、杨溥三人同心辅政，共商臣民奏章。宦官王振多次私自做决定，干预朝政。正统二年（1437）正月末，太皇太后欲诛王振，由于明英宗及辅政五位大臣求情方免一死。此后，王振虽有收敛，但太皇太后及三杨死后，更加肆无忌惮，开了明朝宦官干政之先河。

元末明初，蒙古分为三部，即兀良哈部、鞑靼部、瓦剌部。瓦剌经过长期发展，势力增强，瓦剌首领也先统一蒙古三部，并有吞并中国之心。

正统十四年（1449）七月，也先分东、西、中三路进攻中原，北疆告急。明英宗在王振怂恿下率兵亲征。由于仓猝出兵，军伍不整，粮饷不齐，军卒情绪低落。八月一日抵达大同，也先佯败，诱明军深入。王振因前方败报踵至，惊慌失措，挥军急退。归途中，王振为了炫耀乡里，不听大同总兵要明英宗速入紫荆关的建议，反邀明英宗至蔚州（河北蔚县），以访其家。十四日停驻在土木堡，被也先部队合围。明军无水可饮，陷入困境，也先诱使明军移营出城，瓦剌军趁机四面围攻。明军仓猝间人马蹈藉，死者无数。明英宗突围不出，被俘。

明英宗被俘消息传来，京城混乱。廷臣为应急讦，合请皇太后立明英宗弟弟郕王朱祁钰即帝位。皇太后同意众议，但朱祁钰推让再三，此时有明英宗使者到来，令朱祁钰即位。朱祁钰于九月六日登基，以次年为景泰元年，是为明代宗，奉明英宗为太上皇。瓦剌自俘虏明英宗，遂大举入侵中原。以送太上皇为名，令明朝各边关开启城门，趁机攻取城池。十月，攻陷白羊口、紫荆关、居庸关，直趋北京。

正统十四年（1449）十月六日，也先挟持明英宗入犯北京，京城告急，北京保卫战开始。明代宗诏命各地诸王率兵入京，又命于谦全权负责守战之事。兵部侍郎于谦坚守京师，号召各地武装力量勤王救驾。随后，调通州仓库的粮食入京，并调河南、山东等地军队进京防卫。十三日，于谦派骑兵引诱也先，也先率数万众逼近德胜门。明朝伏兵趁机冲击，神机营火器齐发，败也先于城下。也先又转攻西直门，城上守军发箭炮反击，也先溃退。京师之围解除。

景泰元年（1450），也先又继续对明朝发动攻势，都被明朝军队挫败。军事上的失利导致也先进犯明朝的实力大大减弱，加上明朝又另立了皇帝，挟持明英宗已失去了当初的意义。也先于是决定改变策略，送回明英宗，与明朝议和。景泰元年（1450）八月十五日，明英宗回京，明代宗为了防止明英宗对自己产生不良影响，把迎回的哥哥送进南宫闲居，并派人专门守备南宫，不许群臣去朝见，也不许明英宗和廷臣交往，以防止他们进行复辟活动。

明代宗身患重病，而太子朱见济已死，皇位继承问题引起了朝中大臣们的忧虑，新立皇太子又无法取得一致意见。武清侯石亨深知明代宗难以康复，与太监曹吉祥、太常卿许彬、副都御史徐有贞等谋议拥立明英宗复位。景泰八年（1457年）正月十七日凌晨，石亨、徐有贞等以四方边警为借口，命手下带兵入城加强防备。随即前往南宫迎接明英宗至奉天殿升帝座，徐有贞向等待上朝的大臣们宣告太上皇已复位。明英宗命徐有贞掌管机务，次日加封为兵部尚书，将于谦、王文等逮捕入狱，后来又予以杀害。二十一日，明英宗宣布改景泰八年为天顺元年，封石亨为忠国公。此事件在历史上又称“夺门之变”。

明英宗再次登基后，一边罢黜明代宗任用的文武官员，一边积极封赏参加这次政变的主要人物。奖赏石亨，徐有贞，曹吉祥，总督三大营。不久，石、曹二人排挤徐有贞，将他谪戍到云南，从此大权独揽，飞扬跋扈，权倾朝野。他们的嚣张也令明英宗不满。天顺三年（1459）七月，明英宗对石亨、石彪内外掌握兵权深感不安，下令召石彪回京。石彪不肯从命，令千户杨斌等50人出面奏保，乞令石彪镇守大同，这进一步引起了明英宗的怀疑，下令逮捕了杨斌，经拷讯得知是受石彪的指使，明英宗便立即令石彪“疾驰入京”，八月，下锦衣卫狱，不久石亨也被关进了监狱。第二年（1460）二月，石亨的死使曹吉祥、曹钦等人惊恐万分，于是加紧了篡夺政权的活动。明英宗得知后，立即逮捕了曹吉祥，并派兵剪灭其党羽。曹吉祥于3天后被凌迟处死，一场蓄谋已久的叛乱被平息了。

天顺八年（1464）正月七日，明英宗在弥留之际废除自明太祖时残酷的殉葬制度，随后去世。天顺八年正月二十一日，长子朱见深登基正式即帝位，大赦天下，以翌年为成化元年，面对以前的痹症，明宪宗开启了成化新风之举。

明宪宗即位，命廷臣议上两宫尊号。中宫夏时承周贵妃旨意说：“钱皇后久病，不当称太后。而贵妃是皇上的生母，宜以宣德间故事行。”阁臣李贤、彭时持不可说：“今日事与宣德时不同。胡后上表让位，故正统初不加尊号。今钱后名分固在，安得为此？”彭时说：“先帝（英宗）健在时曾行，今谁敢革！朝廷之所以服天下，关键在正纲常。不正纲常、不正礼制，有损圣德。人臣阿谀顺从，是万世罪人。李贤亦极言之，议遂定，将上册宝。”彭时又说：“两宫同称则无差别，钱皇后宜加二字以便称谓。”遂于天顺八年（1464）三月一日，尊英宗钱皇后为慈懿皇太后，贵妃周氏为皇太后。议上两宫尊号之争始结。

明朝中期，土地兼并剧烈，连年的饥荒及苛重的赋役，流民渐多。湖广荆襄地区比较富庶，是流民集中地，明廷曾派重兵围剿，试图阻止流民进入，但未能如愿。到成化初，入山垦荒开矿者已达150多万人。

成化元年（1465）三月，在刘通、石龙与冯子龙等人的领导下，流民在房县大石厅立黄旗起义，集众占据了梅溪寺，刘通称汉王，国号汉，建元德胜，设将军、元帅等职。次年三月在大市与明军相遇，因寡不敌众，刘通被俘遇害。其部将及残兵在明军的进剿下，纷纷瓦解，起义失败。但明朝廷经过这次事件后制定了严厉的措施，强迫流民归乡，禁止流民进入郧阳地区。后又开设湖广郧阳府，在该地置湖广行都司和卫所，专门抚治流民。

成化十三年（1477）正月，明宪宗设立了一个西厂，由大太监汪直任提督。西厂缇骑倍于东厂，声势在锦衣卫之上。汪直用锦衣卫屡兴大狱，三品以下的京官大臣，汪直都可以擅自抄家逮问。虽因多名大臣弹劾而一度解散，但不久之后即又恢复，而且气焰更嚣张。当时，从京师到大江南北，西厂的校尉无所不在，大至军政要事，小至民间斗鸡骂狗等事，无不奏闻，弄得民心惶惶。到了成化十八年（1482）三月，明宪宗以东西两厂不宜并立为由，关闭了西厂。但东厂仍在，厂祸一直未能停息。

1487年明宪宗去世，其子朱祐樘继位，即明孝宗，年号弘治。明孝宗在位期间“更新庶政，言路大开”，使得自明英宗以来的陋习得以去除，被誉为“中兴之令主”。明孝宗先是将明宪宗时期留下的一批奸佞冗官尽数罢去，逮捕治罪。并选贤举能，将能臣委以重任。

明孝宗勤于政事，每日两次视朝。明孝宗对宦官严加节制，弘治十三年（1500）二月，明孝宗听从给事中杨廉的建议，更定刑部条例。明朝立法创制都在朱元璋时代。洪武、永乐年间定下制度，司法部门断案，必须依律拟议，不许妄引条例。明孝宗对繁琐的条例进行重新修订，选择便于操作执行的条例计290余条，与律同时施行。在整个弘治时期，廷杖、诏狱等惨酷的事情都没有发生过。而东厂、锦衣卫的横行不法也有所收敛。

明孝宗力行节俭，不大兴土木，减免税赋。明孝宗的励精图治，使得弘治时期成为明朝中期以来形势最好的时期，明史也称明孝宗“恭俭有制，勤政爱民”，在其治理下，弘治一朝期间政治清明，百姓富裕。被称为弘治中兴。

正德和嘉靖年间是明朝历史上极为重要的时期。明王朝在历史的轨道上继续发展，各种社会矛盾也进一步激化。长时间的稳定带来的是政治上的僵化与腐败，但是也为社会经济和文化的蓬勃发展创造了契机，这段时期是大明帝国最为繁荣的时期，然而一片繁荣的背后，巨大的危机已经孕育。

1505年明孝宗去世，其子朱厚照即位，是为明武宗，年号正德。明武宗即位后，宠信宦官，亲近佞臣，耽于游乐。宁王朱宸濠伺机夺取皇位。朱宸濠妄信术士谗言勾结明武宗身边权势宦官和宠臣，恢复了以前被削夺的护卫军队。又极力向明武宗献媚，企图让自己的儿子入继为嗣君。

正德十四年（1519），御史萧淮上奏揭发朱宸濠不法之事，请求早做处置，以防后患。明武宗即派员前往南昌，准备收其护卫，令其归还所夺官民田。朱宸濠闻讯后，于六月十四日发动武装叛乱。汀赣巡抚副都御史王守仁急檄各府州县，派兵会剿，一举攻下南昌。朱宸濠急从安庆回援，两军会战于黄家渡，朱宸濠大败被俘。朱宸濠从起兵到被俘，前后仅43天。明武宗为达南巡游玩目的，自号总督军务威武大将军，率师亲征。次年闰八月，明武宗在南京举行“受俘”仪式，然后北返。十二月于通州将朱宸濠处死。

明武宗在江彬的唆使下诏南巡，遭到明朝百官的集体反对，最终以一百余位官员受刑或贬迁，明武宗收回成命而告终。1519年六月，宁王朱宸濠叛乱，史称“宸濠之乱”。虽然佥都御史王守仁在七月底即平定叛乱，明武宗仍然隐瞒战功，而自封“镇国公”以平乱为由，于公元1519年八月开始南巡。

明武宗驾崩后，明孝宗之侄朱厚熜入嗣大统，是为明世宗。登基前后，因时任内阁首辅杨廷和、礼部尚书毛澄等权臣引宋濮安事强令明世宗皇帝尊亲生父母为皇叔父母，引起明世宗的反感，是为大礼议之争。

明世宗以地方藩王入主皇位后，统治阶级内部在皇统问题上的政治论争。“始而争考﹑争帝﹑争皇，继而争庙及路，终而争庙谒及乐舞。”斗争的焦点是如何确定世宗生父朱祐杬的尊号。

实质是明世宗通过议礼之争，打击杨廷和等先朝阁臣和言官，确立和巩固自身的统治，推行新政。这一事件以世宗一方胜利结束，不仅对嘉靖年间的政治生活中产生了深远的影响，更对整个大明王朝的言官体系产生不可磨灭的影响。

嘉靖帝效法明太祖和明成祖的治国手段推行“新政”，政治上英明苛察，严以驭官，整顿朝纲，大赦天下，严禁宦官干预朝政，集异纳谏，勤于政务，开创了嘉靖中兴的局面。

明世宗朱厚熜宠信方士，烧炼丹药，命礼部以“博求淑女，为子嗣计”为名，在京师内外广选8岁至14岁女子入宫淫乐。一部分遭受虐待的宫女极为怨恨，遂起杀死他的念头。嘉靖二十一年（1542）十月二十一日凌晨，以杨金英为首的16名宫女，乘明世宗熟睡于乾清宫时企图把他勒死。由于误将绳子打了死结，无法勒紧。宫女张金莲见事不济，急忙报告皇后。皇后赶到乾清宫后急忙解开绳子。并令领太医院事之许绅下药救治明世宗。16名宫女全部被擒，经审讯认为宁嫔王氏是主谋，端妃曹氏亦参预其事。嘉靖二十二年二月，有关人员全部处死。由于嘉靖二十一年是壬寅年，史称“壬寅宫变”。明世宗遇变幸免于死，在朝天宫建醮7日。事发次日，明世宗移居西苑万寿宫，从此不再回大内。

严嵩于嘉靖二十一年（1542）任武英殿大学士，入阁参预机务，兼礼部尚书。他一味献媚明世宗，窃权夺利，诛杀异已。严嵩擅长撰写一些焚化祭天的“青词”，因而受到皇帝的宠幸。他勾结道士陶仲文进谗言，排挤首辅夏言。因恨翟銮资历在其上，嘉靖二十三年（1544）八月暗令言官弹劾翟銮父子在考进士时作弊，至翟銮被削职为民。九月，严嵩升任首辅，大权独揽，被称为“青词宰相”。他年过花甲，整天在西苑值庐，未曾一归洗沐，明世宗称赞其勤奋，更加信任他。严嵩以儿子严世番和义子赵文华为爪牙，拉拢锦衣卫都指挥陆炳，操纵朝政十余年，权倾朝野，为所欲为，弄得政治极为黑暗，边防松弛不堪。

嘉靖年间，政治腐败，边防松弛，加以东南沿海工商业发展，一些富商和海盗商人如王直，徐海等与倭寇勾结劫掠，致使倭患愈演愈烈，祸殃沿海，危及漕运。及至嘉靖二十八年（1549）年浙江巡抚朱纨因抗倭反遭诬陷革职，倭寇之患日烈。从嘉靖三十一年（1552）起，倭寇连年掠劫东南沿海，生灵涂炭。明政府腐败无能，军备不修，对倭患束手无策。戚继光与俞大猷平定浙闽粤等地的倭寇。

从嘉靖二十年（1541）开始，蒙古鞑靼部首领俺答汗屡次入侵明边境，给明朝边疆造成了极大的威胁。嘉靖二十年（1541）九月，俺答汗偕兄长吉囊率鞑靼兵入侵山西。翌年闰五月，俺答汗愿意明朝修复关系，派使节石天爵与明朝协商，但是大同巡抚龙大将石天爵磔杀于市，传首九边，而且还悬赏“擒杀”俺答汗。俺答汗闻讯大怒，在同年夏六月纠合蒙古各部以及大同叛将高怀智等各率兵数万，经朔州，破雁关，分掠沁州、汾州等地。至七月，俺答汗率部在边境烧杀抢掠，又杀死明军副总兵张世忠等多人。自此，终世宗一代俺答汗一直为祸北边，成为明朝一个心腹大患。

后来山西兵部侍郎曾铣建议嘉靖皇帝收复河套地区，嘉靖本来支持此举，但是内阁辅臣夏言不遗余力地助成曾铣之说。然而生性多疑的世宗对夏言与曾铣之间的关系产生了怀疑，从而对出兵河套的信心产生了动摇。嘉靖二十七年（1548）嘉靖皇帝在严嵩的挑唆下处死曾铣，夏言也被弃市。自是，“后竟无一人议河套者”。

嘉靖二十九年（1550）七月，鞑靼部俺答汗聚众大举南犯大同。明军应对失措全线崩溃，俺答汗旋即统大军直趋通州，分兵剽掠昌平，进犯天寿山诸皇陵。京师宣布戒严。严嵩害怕出战失利，戒令诸将不要轻举妄动。俺答汗兵剽掠大量金银财物、牲口和人口后由白羊口（今北京延庆西南）从容出塞。由于这一年是庚戌年，史称“庚戌之变”。

参见：隆庆新政

明世宗去世以后，大明进入明穆宗时期。他即位后宣布免除嘉靖朝一切弊政，一时朝野士民都寄希望于新君，企望明穆宗能有所作为。明穆宗能任用才干大臣，因此他即“中材之主”。明穆宗的统治从总体上看，没有加剧嘉靖末年的社会危机，甚至有所缓和，而他中年逝世，留下幼子继承，这便给有才干的内阁大臣进一步施展治国谋略提供了机会。

明世宗晚年，对道家法术越是痴迷，渴求长生。嘉靖四十五年（1566）十二月，明世宗已是奄奄一息，他命令太监将自己抬回已离开了20多年的乾清宫，当天，便死去，终年60岁。明世宗死后，其第三子朱载垕因他两个哥哥先已死去，以次序得以继承皇位，是为明穆宗，改元隆庆。

明穆宗统治期间以隆庆作为年号，朱载垕因为即位前一直生活在宫外藩邸，所以较为体查民情，《明史》说他“端拱寡营，躬行俭约”。明穆宗用人不疑，文有徐阶、高拱、张居正、杨博，武有谭纶、王崇古、戚继光、李成梁。这一时期社会比较稳定，经济比嘉靖朝有了较大的改观，所以后世史学家称其为隆庆新政。

隆庆元年（1567年），明穆宗宣布解除海禁，调整海外贸易政策，允许民间私人远贩东西二洋，史称“隆庆开关”。民间私人的海外贸易获得了合法的地位，东南沿海各地的民间海外贸易进入了一个新时期，明朝出现一个比较全面的开放局面。大陆学者王裕巽经过分析认为，从1567年到1644年这段时间，海外流入明朝的白银总数大约为3亿3千万两，相当于全世界生产的白银总量的三分之一。

隆庆四年（1570）九月十三日，鞑靼部俺答汗的孙子把汉那吉降明，此事结束了明朝与俺答汗数十年的战争。俺答汗知道后获率兵前来攻打明朝，威胁明廷交出把汉那吉，十月，内阁首辅高拱、次辅张居正等决定接受把汉那吉来降，任命他为指挥使，赐给大红纻丝衣，并命总督王崇古、巡抚方逢时与俺答汗议和。

俺答汗于十一月遣使节谒见王崇古，双方达成协议：明朝赐其封号并开通边境互市。俺答汗将白莲教主赵全捆绑送往北京，明朝也派遣使节将把汉那吉等人送归俺答汗。

隆庆五年（1571）三月，明穆宗正式颁诏封俺答汗为“顺义王”，赐给印信，名俺答汗所居之城曰“归化”，其弟侄子孙也各授职有差。在俺答汗带动下，不久，河套吉能等部也请求入贡，得到批准。自此以后，俺答汗等部每年都进贡互市，同时对附属各部也严加约束，不许他们骚扰明朝边境。自此，明朝北方边患始见缓和。

隆庆六年（1572）五月，明穆宗病危，他传令大学士高拱、张居正、高仪为顾命大臣，命他们辅佐幼帝。二十六日穆宗病逝于乾清宫。六月初十，皇太子朱翊钧遵遗诏继承皇位，改明年为万历元年，此为明代在位最久的皇帝明神宗，即位时由于年纪幼小不能处理朝政，只好由两宫皇太后辅政。两宫皇太后宫内依靠执掌司礼监督领东厂太监冯保，外靠内阁首辅张居正，开创了万历初年的良好政治局面。

明神宗即位仅一个月，大学士张居正即利用宦官冯保排挤掉高拱，代之为首辅，并荐举礼部尚书吕调阳兼文渊阁大学士，参预机务。至此，国家朝政悉由张居正、冯保两人执掌。冯、张掌权后，冯保主内廷，张居正主外，朝政大权落在张的手中。张居正进行了一系列扶君举措。十二月十七日，张居正率讲官向明神宗进呈《帝鉴图说》，以图解形式对年幼明神宗进行教育。同时为扭转嘉靖、隆庆以来军政腐败、财政空虚、民不聊生、危机严重的局面，以除旧布新、振纲除弊和富国强兵为宗旨，在整顿吏治、整饬边防、整顿经济、兴修水利等诸多主面进行了一系列的改革。经过10年的努力，张居正的改革措施多数得到实施并取得显著成效，“海内肃清，四夷詟服，太仓粟可支数年”，“天下宴然”。但是他的改革却受到官僚大地主的反对抵制。万历十年（1582）张居正死，改革也随之终止。

明王朝经明光宗的短命和明熹宗的错庸使得国势进一步下滑。企图挽救明王朝灭亡的明思宗即位后，虽然有所作为，勤政有加，但内忧外患纷至沓来，而对这样一个积重难返的局面，明思宗朱由检已没有能力驾驭这种江河日下的形势了。

内阁首辅张居正死后，明神宗就开始荒于政事。李太后年纪渐大，对明神宗也实在无力再管束。万历十七年（1589）元旦，明神宗以日食为由免去元旦朝贺。万历十七年十二月，大理寺左评事雒于仁上疏，称明神宗沉湎于酒、色、财、气。阁臣王家屏次日再上一本，自请罢官。最后明神宗竟三十年不上朝，只在万历四十三年（1615年）勉强到金銮殿上亮了一次相，许多朝臣都没见过皇帝一面，经过这一时期明朝的国力进一步衰退。

而此时的努尔哈赤率领的女真族却崛起于东北地区，以后成了明朝的大患。

明神宗久未立储，成为朝臣争执之端，无意中亦成为东林党议上肇始。万历二十二年（1594），欲立郑贵妃所生子朱常洵为太子，廷臣则普遍请立皇长子朱常洛为太子，故朝廷出现国本之争。吏部文选郎顾宪成力争“无嫡立长”，触犯明神宗。首辅王锡爵将辞官，顾宪成推举王家屏代为首辅，王家屏也是立长派，顾宪成因此再次触怒明神宗被革职还乡。

万历三十二年（1604年），吏部郎中顾宪成因为得罪了皇帝而被革职，他与高攀龙、钱一本等在家乡无锡东林书院讲课，“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物”，常常和东林书院中人谈论朝政得失，他们渐渐形成了一个在野集团，被称为“东林党”。

万历三十三年（1605年）东林党人杨时乔与左都御史温纯主持乙巳京察，距癸巳已十二年，期间爆发了“伪楚王案”，形成沈一贯与沈鲤两大集团的斗争，沈鲤借机贬谪浙党官员给事中钱梦皋、钟兆斗及御史张似渠、于永清，沈一贯则称病闭门家居，最后内阁只剩朱赓一人，叶向高曾说“廊庙空虚一也；上下否隔二也；士大夫好胜喜争，三也；多藏厚积必有悖出之衅四也；凤声气习日趋日下莫可挽回，五也”。

万历三十九年（1611年）辛亥京察，由年届八十的吏部尚书孙丕扬主持，徐绍吉、周永春等策划倾覆东林，被吏部右御郎王图制止。这时期朝廷的党争形成南党和北党之争，互相攻击，京畿道御史徐兆魁说：“东林所至，倾动一时，能使南北交攻，角胜党附”。日后阁部大臣，长久缺员，万历帝亦置之不理，叶向高先后上疏百余次，力陈：“今自阁臣至九卿台省，曹署皆空，南都九卿亦只存其二”，“陛下万事不理，以为天下长如此，臣恐祸端一发不可收也”。吏部尚书孙丕扬曾推荐沈鲤、郭正域、顾宪成、赵南星、高攀龙等，神宗一概不理。

万历四十五年（1617年）浙党吏部尚书郑继之主持丁巳京察，是神宗朝最后一次京察，齐、楚、浙三党大肆斥逐东林党人。至此朋党之争，愈演愈烈。

泰昌元年（1620年）的移宫案中，杨涟、左光斗等东林党人拥立太子朱由校继位有功，赵南星、高攀龙、顾大章、夏嘉遇、周宗建等重新启用。天启三年（1623年）东林党人主京察，又逐齐楚浙党，明末考核京官的制度成为党争的工具。明末国子祭酒倪元璐说：“其始天子静摄，听臣工群类之自战而不为之理，所谓鼠斗穴中，将勇者胜耳。故其时其血玄黄，时胜时败”。

天启三年（1623年）京察，赵南星掌吏部，力斥浙党、齐党、宣党等三党官员亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣等“先朝结党乱政”，议当罢黜。

万历三大征是中国明代万历年间平息叛乱的宁夏之役、播州之役和支援朝鲜抗击日本侵略的朝鲜之役的统称。

哱拜原为蒙古族人，嘉靖年间降明，积功升都指挥。万历二十年二月，纠合其子哱承恩、义子哱云及土文秀等，嗾使军锋刘东旸叛乱，此后东旸自称总兵，以拜为谋主。明廷特调副麻贵驰援，又调李如松为宁夏总兵，以浙江道御史梅国桢监军，统辽东、宣、大、山西兵及浙兵、苗兵等进行围剿。将宁夏城团团包围，并决水灌城。叛军失去外援，城内弹尽粮绝，同时内部发生火并，哱拜之乱全部平息。

播州位于四川、贵州、湖北间，山川险要，广袤千里。自唐杨端之后，杨氏世代统治此地，接受中央皇朝任命。明初，杨铿内附，明任命其为播州宣慰司使。万历初为播州宣慰司使，骄横跋扈，作恶多端，并于万历十七年公开作乱。明廷起用前都御史李化龙兼兵部侍郎，节制川、湖、贵3省兵事，并调刘綎及麻贵、陈璘、董一元等南征。二十八年，征兵大集，二月，在总督李化龙指挥下，明军分兵八路进发。六月，明军入城，播州平。后分其地为遵义、平越二府，分属四川、贵州。

万历二十年，掌握日本大权的丰臣秀吉命加藤清正、小西行长率军从对马攻占朝鲜釜山，又渡临津江，进逼王京（汉城）。朝鲜国王李昖沉湎酒色、弛于武备，军队望风而溃。朝鲜八道几乎全部沦陷。在这种形势下，明廷应朝鲜之请，出兵援朝。十一月，战争基本结束。3次战役虽取得胜利，但也使明王朝的人力物力遭受巨大损失，成为导致明代灭亡的重要原因之一。

“三大征”是万历当政的48年中唯一可圈可点的政绩，这之后万历就隐居深宫倦理朝政，做了二十多年的“隐居皇帝”。

万历四十六年、后金天命三年（1618）四月，爱新觉罗·努尔哈赤以“七大恨”告天，正式叛明。万历四十七年（1619）三月，明军与后金战于萨尔浒，当时明军援辽之师大集，恰遇叶赫告急求援，明兵部左侍郎兼右佥都御史、经略辽东杨镐遂于二月在辽时誓师，期借此消灭后金，解除东北边防威胁。由于明朝指挥失当，明军进入伏击圈，前后夹击，全军覆没，朝鲜援军亦投降。这次萨尔浒大战，明军损失惨重，后金军势大振，又于六月、八月先后攻陷开元、铁岭，马林战死。从此，后金与明之间攻守之势逆转，后金兵开始了长驱直入征讨明朝的掠夺之战。

万历四十八年（1620）七月，明神宗去世。八月，朱常洛即位，改元泰昌，是为明光宗。

他在登基前的七月廿二日及廿四日，俩次发内帑共计一百六十万两，赏赐在辽东前线明军并重用名将熊廷弼对抗后金的崛起，缓解萨尔浒之役后前线的困境。光宗也相继重用东林党人使朝政转危为安，但仅仅过了1个月，朱常洛因病服用鸿胪寺丞李可灼所进红丸而死，史称“红丸案”。但光宗在十多年不得其父宠爱下登位，心理高兴有余一口气收下郑贵妃向他进献8位美女。由于纵欲过度不久病倒，太监崔文升进以泻药，连泻三四十次；八月二十九日，又因服用李可灼的红丸，九月一日五更时猝死，时年39岁。

泰昌元年（1620）九月一日，明光宗病逝，年已16岁的皇长子朱由校即位，下诏改元天启，是为明熹宗。

明熹宗即位后，魏忠贤开始得志。天启三年（1623）十二月，魏忠贤受命提督东厂，一时厂卫之毒流通天下。一大批不满魏忠贤之官员士子惨死狱中；一大批无耻之徒都相继阿附于他，其中有“五虎”、“五彪”、“十孩儿”、“四十孙”之号；更有一批阿谀之臣到处为他修建生祠，糜费民财数千万。他自称九千岁，打击异已，专断国政，以致人们“只知有忠贤，而不知有皇上”。天启七年（1627），朱由检即位后，大力惩治阉党，治魏忠贤十大罪，命逮捕法办。他得悉后自缢而死。至崇祯二年（1629年），其余党也被彻底肃清。

而此时的明朝正是国家内部饥荒频传，民变不断，外患持续，明朝已经陷入风雨飘摇之境地。

天启七年（1627）八月，明熹宗病逝于乾清宫，临终遗诏：“以皇五弟、信王由检嗣皇帝位。”朱由检当天傍晚入宫，第三天即皇帝位，诏明年为崇祯元年，这就是明思宗。

朱由检即位后，首要任务是从魏忠贤手中夺权，而此时的魏忠贤则由于熹宗早亡而失去了靠山，虽然手中仍有相当势力，但不敢如以前那样骄横。 九月，魏忠贤请辞东厂职，朱由检没有批准；他又“乞止生祠”，但只被允止少许。十月以后，魏忠贤集团内部分化，有人弹劾魏忠贤之罪。朱由检不失时机地向魏忠贤开刀，他先是下令安置魏忠贤于于凤阳，继而又下令逮捕。魏忠贤闻悉后自缢而死。由此，朱由检真正掌握了国家大权。

参见：丁卯之役、丙子之役、己巳之变

天启六年（1626年）努尔哈赤败回沈阳，后治疗无效而死。皇太极即后金汗位。皇太极即位以后，调整满汉关系，使他治下的汉人各安本业。他在改汗为帝之后不久，即崇德元年（1636）东征朝鲜，即消除了对明战争的后顾之忧，又扩充军事实力。皇太极采取的这些措施，也迅速巩固了自己的统治。

崇祯二年（1629年），皇太极改采绕道长城以入侵北京，袁崇焕紧急回军与皇太极对峙于北京广渠门。经六部九卿会审，最后杀袁崇焕，史称己巳之变。其后皇太极多番远征蒙古，终于在六年后（崇祯八年）彻底击败林丹汗，次年在盛京称帝，改国号为大清，并且五次经长城入侵明朝直隶、山东等地区。当时直隶连年灾荒疫疾，民不聊生。辽西局势亦日益恶化，清兵多次与明军作战，最后于1640年占领锦州等地，明军主力洪承畴等人投降，明朝势力退缩至山海关。

参见：李自成、大顺政权、大西政权

明朝中期之后时常发生农民起事，崇祯时期本身朝政混乱与官员贪污昏庸；与后金的战争带来大量辽饷的需求以及清兵的掠夺；以及因为小冰期气候变冷，农业减产带来全国性饥荒，这些都加重明朝百姓的负担。

崇祯三年（1630），李自成跟随“闯王”高迎祥起义，号为“闯将”。崇祯九年（1636）八月，高迎祥在战斗中被俘牺牲，李自成被推为闯王。经过九年多来的南征北战，这时的李自成已是农民军的领袖。他率领的部队坚甲铁骑，逐渐成为各路起义军中一支举足轻重的队伍。

崇祯十七年（1644年）三月，大顺军会师北京城下。李自成指挥大军环攻九门。大顺军将士架飞梯奋力攻城，攻占外城。与此同时，太监曹化淳献彰义门投降。崇祯帝听到城破，立即命其3个儿子更衣出逃，逼周皇后自缢，剑砍长女乐安公主手臂，又杀妃嫔数人，然后换上便服，携太监王承恩等数十人，出东华门，企图出逃，没成功，又返回宫内。十九日清晨，李自成军攻破内城。崇祯帝亲自响钟召集百官，竟无一人响应，崇祯帝见大势已去，便与太监王承恩入内苑，对缢于煤山（景山）寿皇亭树下，明朝至此宣告灭亡。

李自成攻克北京后，纵容部将在京城内不惜重刑相逼大肆搜刮遂失民心，又没有及时应对驻守山海关明将吴三桂，结果走投无路的吴三桂引清兵入关。四月二十一日，李自成亲率部队攻吴三桂，失败。四月二十九日，李自成在武英殿匆匆即皇帝位，深夜便焚烧宫殿与九门城楼，向西撤退。大顺军仅在北京驻扎四十一日。之后，大顺军接连内讧，战斗力大损，与清兵交战时也连连失败。

五月初二，清摄政王多尔衮进京。为安抚汉人笼络民心，多尔衮下令礼葬崇祯帝，臣民服丧三日。十月，顺治帝进北京，北京开始成为清朝的都城。

参见：南明

明朝灭亡后，在南方尚有势力，史称南明。南明主要势力有四系王，分别是福王弘光帝朱由嵩、鲁王监国朱以海、唐王隆武帝朱聿键与绍武帝朱聿鐭、桂王永历帝朱由榔等。当南明灭亡后，又有郑成功建立的明郑与夔东十三家军抗清。1644年北京被李自成攻陷后，南明大臣意图拥护皇族北伐。经过多次讨论后由凤阳总督马士英与江北四镇高杰、黄得功、刘泽清与刘良佐拥护明思宗的堂兄弟福王朱由嵩称帝，即弘光帝，史称南明。1645年清朝派多铎率大军南下南京，此时弘光帝昏庸，大权由阉党余孽掌握，江北四镇各自为营，最后陆续瓦解。清兵攻破史可法死守的扬州，弘光帝逃至芜湖被逮，送到北京杀害。此期间清兵发起扬州十日、江阴屠城与嘉定三屠等大屠杀以镇压反抗的汉人。

弘光帝死后，鲁王朱以海于浙江绍兴监国；而唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。然而这两个南明主要势力互不承认彼此地位而互相攻打。1651年在舟山群岛沦陷后，鲁王朱以海在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑成功，不久病死在金门。隆武帝屡议出师北伐，然而得不到郑芝龙的支持而终无所成。

1646年，清兵分别占领浙江与福建，鲁王朱以海逃亡海上，隆武帝于汀州逃往江西时被俘而死。郑芝龙向清兵投降，由于其子郑成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿键死后，其弟在广州受苏观生及广东布政司顾元镜拥立称帝，即绍武帝，于同年年底被清将李成栋攻灭。同时间桂王朱由榔于广东肇庆称帝，即永历帝。

1646年，永历帝获得瞿式耜、张献忠余部李定国、孙可望等势力以及福建郑成功势力的支援之下展开反攻。同时各地降清的原明军将领先后反正，例如1648年江西金声桓、广东李成栋、广西耿献忠与杨有光率部反正，一时之间南明收服华南各省。然而于同年，清将尚可喜率军再度入侵，先后占领湖南、广东等地。两年后，李定国、孙可望与郑成功发动第二次反攻，其中郑成功一度包围南京。然而，最后因为距离互相难以照应，内部又发生孙可望等人的叛变而节节败退。

1661年，清兵三路攻入云南，永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。后吴三桂攻入缅甸，莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后继8月12日，莽白发动咒水之难，杀尽永历帝侍从近卫，永历帝最后被吴三桂以弓弦绞死，南明最后一个政权灭亡。

参见：明郑、明郑时期

此时反清势力只剩夔东十三家军与在金厦的郑成功（史称明郑）。李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军。1662年，清兵开始进攻，到1664年首领李来亨被杀而亡。

郑成功在南京之战失败后退回金厦，于1661年率军远征荷兰人占据的台湾岛成功，明郑领有台湾，定都东宁（今台湾台南）。其子郑经曾参与三藩之乱，率军参与反攻失利。

1683年，清朝康熙帝命施琅为水师提督进攻台湾。施琅大败刘国轩，攻克澎湖，给台湾造成极大军事压力，结果郑克塽降清，明朝监国宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，明朝最后一股抗清势力覆灭。