1997年，鸟栖未来运营会社破产，法人解散，球队被取消J联盟准会员资格。2月5日，在佐贺县足球协会的策划下，新的市民俱乐部鸟栖砂岩足球俱乐部成立。同时，全国超过5万球迷向J联盟署名请愿，要求J联盟能够给予新球队鸟栖砂岩继续征战JFL以及J联赛相关赛事（联赛杯、J联赛卫星联赛）的资格。最终在佐贺足协和球迷们的努力下，J联赛特例准许鸟栖砂岩参加1997赛季JFL以及J联赛相关赛事（联赛杯、J联赛卫星联赛），即便鸟栖砂岩并不具有J联赛准会员资格。

1998年，球队法人·球队运营公司鸟栖砂岩成立。

1999年，日本职业足球乙级联赛（即J2联赛）成立，鸟栖砂岩成为J2联赛初始成员，由此正式成为了J联盟会员。

2003年，因创价学会会员、俱乐部社长古贺照子上任伊始便解雇了大量反对其管理方针的老资格社员，导致许多赞助商决定撤资，由此造成俱乐部经营混乱并出现了严重的财政问题。且古贺照子强行安排同为创价学会会员的千疋美徳担任球队主教练，最终导致鸟栖砂岩在2003赛季只赢了三场比赛，排名J2联赛第12位，该成绩为鸟栖砂岩历史最差成绩。

2004年，在J联赛的介绍下，鸟栖砂岩聘请原川崎前锋足球俱乐部教练松本育夫担任球队主帅。但时任社长的古贺照子在俱乐部经营上公私不分，强行要求主教练松本育夫先生和球队队员参加与公明党·创价学会有关的政治选举活动，被松本育夫拒绝后强制禁止松本育夫进入俱乐部的一切设施。而在经营方面鸟栖俱乐部依旧处于混乱的局面，财政问题已是迫在眉睫，对此古贺照子在球迷会议上提出了鸟栖球场解体案（由古贺照子自家的解体公司拆除鸟栖球场的计划）以解决球队的财政问题，此方案一出立马遭到了球场出资方鸟栖市政府的反对。于是在鸟栖市政府和球迷的抗议中，经过鸟栖市与球队股东们进行了多次谈判后，最终在佐贺县知事古川康的请求下由佐贺县出身的CREEK&RIVER会社社长井川幸广成立新的球队法人会社“砂岩Dreams运营公司”，并出资2400万日元将球队经营权从古贺照子的鸟栖砂岩运营公司手中过渡至砂岩Dreams运营公司。

2005年1月，球队法人运营公司鸟栖砂岩解散。在保留球队名称和留任主教练松本育夫的基础上，鸟栖砂岩的经营权交由新成立的砂岩Dreams运营公司管理。球队在松本育夫的带领下开始走上正轨，在当季的J2联赛前15轮过后曾一度位于联赛第二的位置。但在联赛第16轮因裁判家本政明误判点球导致球队输给草津温泉足球俱乐部（现群马草津温泉足球俱乐部）之后，再加上队中后卫大面积受伤，导致球队成绩一路下滑。在2005赛季，鸟栖砂岩在J2联赛排名第8名，无缘升级。球队前锋新居辰基打入17粒进球，为该年J2联赛日本本土射手王。

2006年，鸟栖砂岩引进原韩国国家队成员尹晶焕、金裕晋等3名韩国球员，球队以防守著称。在2006赛季，鸟栖砂岩在该年的J2联赛排名第4名。赛季结束后，主教练松本育夫退居鸟栖砂岩管理层担任球队经理，岸野靖之升任球队的主教练。

2007年，此前担任球队执行教练的岸野靖之升任鸟栖砂岩主教练。该年度球队从福冈大学引进了门将赤星拓，以代替离队转会至仙台的门将施奈德润之介。同时，在2005、2006赛季连续蝉联两届J2日本人射手王的新居辰基转会至J1球队千叶市原足球俱乐部。在2007赛季，鸟栖砂岩在J2联赛排名第8名，球队前锋藤田祥史以打进24球的成绩成为该赛季J2联赛日本人射手王。

2008年，鸟栖砂岩不再同尹晶焕、吉田惠等超过30岁的球员进行续约，并以年轻球员为中心进行引援，导致全队年龄最大的选手石田博行仅为28岁。在赛季中期球队一度登上J2榜首的位置，后因与下游球队的战绩不佳导致球队在2008赛季排名J2联赛第6名，无缘升级。

2009年，在岸野靖之担任鸟栖砂岩主教练的第三年，当家射手藤田祥史转会至J1球队大宫松鼠足球俱乐部，为此球队引进了效力于巴乙联赛的外援前锋托津作为替代品。但联赛伊始球队便遭3连败，并一度排名联赛倒数第一。为此球队在5月份从横滨水手足球俱乐部引进了前锋山濑幸宏和麦克·哈维纳尔。在2009赛季，鸟栖砂岩排名J2联赛第5名，再次无缘升级。赛季结束后，主教练岸野靖之辞职，后赴横滨足球俱乐部担任主教练。

2010年，此前担任鸟栖砂岩技术指导的尹晶焕以执行教练的身份担任球队的实际主教练，又因尹晶焕未获得日本足协S级教练资格，故鸟栖砂岩的主教练一职名义上由松本育夫担任。球队在该赛季从韩国大学引进了韩国外援后卫金民友和吕成海、从京都不死鸟足球俱乐部引进了前锋丰田阳平、从福冈大学引进了中场藤田直之。在2010赛季，鸟栖砂岩在J2联赛排名第9位，无缘升级。

2011年，鸟栖砂岩正式委任尹晶焕担任球队主教练，此前担任球队经理兼主教练的松本育夫退居二线担任鸟栖砂岩的球队顾问。在2011赛季，鸟栖砂岩排名J2联赛第2名，在建队14年之后首次升入J1联赛，球队前锋丰田阳平以打入23粒进球的成绩获得J2联赛射手王的称号。

2012年，鸟栖砂岩从横滨水手引进韩国后卫金根焕和中场水沼宏太，同时中场高桥义希由仙台七夕足球俱乐部回归鸟栖砂岩。在升级J1的首季中，鸟栖砂岩在被外界广泛预测为保级球队的情况下，几乎全赛季都处在联赛中上游的位置，甚至在倒数第二轮联赛结束后一度排名联赛第3名。但因在联赛最后一轮客场对阵横滨水手的比赛中告负，最终在2012赛季，鸟栖砂岩以升班马的身份排名J1联赛第5名，无缘2013年亚冠联赛。

2013年，鸟栖砂岩在赛季初从福冈黄蜂足球俱乐部引进了中场末吉隼也、从横滨水手引进了后卫金井贡史、从大阪钢巴足球俱乐部引进了后卫金正也、并获得了作为鸟栖砂岩特别指定选手的中场清武功晖和后卫坂井达弥等选手。由于鸟栖砂岩的战术之前已被J1联赛各支球队深入研究，导致球队在联赛上半赛季连续不胜，在联赛第13轮排名仅为联赛第15位，因此球队在7月中旬从大阪樱花足球俱乐部引进前锋播户龙二，并从新潟天鹅足球俱乐部引进后卫菊地直哉。但是在8月上旬，球队仅有的3位门将全部受伤，只剩下仍未从福冈大学毕业的特别指定选手藤岛荣介可用，为此球队从清水心跳足球俱乐部租借已被栉引政敏抢去首发位置的门将林彰洋应急。在2013赛季，鸟栖砂岩在联赛最后五轮比赛中取得4胜1平的不败战绩获得J1联赛第12名，成功保级。

2014年，鸟栖砂岩引进了韩国后卫金敏爀、从磐田喜悦足球俱乐部引进了后卫安田理大和中场菅沼实、从甲府风林足球俱乐部引进了韩国中场崔诚根、并从柏太阳神足球俱乐部引进了中场谷口博之。在赛季过半时鸟栖砂岩创造了半程冠军的佳绩，但由于在赛季中期主教练尹晶焕因在涨薪问题上与俱乐部发生分歧，从而导致俱乐部宣布尹晶焕与俱乐部经营理念不合而解约，并由吉田惠临时接任球队主教练一职。此后鸟栖砂岩在联赛下半程接连告负，最终因为少1个净胜球位居积分相同的柏太阳神之后，在2014赛季又一次名列J1联赛第5名，无缘2015亚冠联赛附加赛。

2015年，因尹晶焕的大幅度引援导致鸟栖砂岩在2013年、2014年已经出现连续两年财政赤字。面对J联赛连续三年赤字强制降级的规定，鸟栖在本年通过招引日本手游公司Cygames赞助（因Cygames社长渡边耕一同是佐贺县出身），从而成功实现了年度财政的黑字化，避免了球队因连续三年财政赤字而强制降级的情况发生。8月1日，在Cygames公司的赞助下，鸟栖砂岩与西班牙足球甲级联赛球队马德里竞技足球俱乐部在鸟栖市举行了一场友谊赛，最终鸟栖砂岩以1：1（点球1：4）的比分负于马德里竞技队。在2015赛季，鸟栖砂岩在J1联赛总排名为第11名，惊险保级。2015年末，球队决定引进德国著名教练马加特担任球队下赛季的主教练，在双方达成共识并即将签约前，因鸟栖砂岩放出中场司令塔藤田直之和前场攻击手水沼宏太导致马加特最终选择拒绝鸟栖砂岩，称（俱乐部）放出这两位选手的举动打乱了马加特对球队战术的布局。

2016年，作为马加特引进失败的替代人选，鸟栖砂岩引进了在2015赛季被东京足球俱乐部解雇的马西莫·菲卡登蒂作为球队新赛季的主教练。 但由于藤田直之、水沼宏太等主力球员大量流出，前任主教练森下仁志对球队战术及训练体系的破坏，再加上菲卡登蒂的战术风格与尹晶焕时期的战术风格迥异，导致球队在联赛第一阶段排名第15位，离降级区仅差一步。后半赛季，在确立镰田大地为攻击核心后球队的状态有所改观，曾有击破鹿岛鹿角足球俱乐部、川崎前锋等豪强球队的表现。在2016赛季，鸟栖砂岩在J1联赛第二阶段排名联赛第8名、总排名第11名。

2017年，在手游公司Cygames大规模资金的赞助下，鸟栖砂岩开始在该赛季进行大幅度的引援。在赛季初期，鸟栖砂岩从名古屋鲸鱼足球俱乐部引进了中场小川佳纯、从横滨水手引进了边后卫小林祐三、从川崎前锋租借引进了日本国奥队主力中场原川力、从柏太阳神引进了中场太田彻郎、从仙台七夕引进了原日本国脚中场水野晃树、从比利时甲级联赛的圣图尔登足球俱乐部引进了中场小野裕二、从阿根廷甲级联赛的图库曼竞技足球俱乐部引进了后卫弗兰科·斯布托尼、从奥地利乙级联赛的SV霍恩足球俱乐部引进了日本国门权田修一、从韩国水原三星蓝翼足球俱乐部引进了前韩国国脚前锋赵东建。同时鸟栖砂岩后卫矶崎敬太和后卫小林久晃退役、球队队长金民友因兵役问题与中场崔诚根一同转会至韩国水原三星队、主力门将林彰洋转会至东京FC、中场早坂良太转会至札幌冈萨多足球俱乐部。在该赛季J1联赛开始后的3月15日，鸟栖砂岩从意大利足球甲级联赛的卡利亚里足球俱乐部租借了前哥伦比亚国脚前锋维克托·伊瓦尔沃。在赛季中期，鸟栖砂岩中场镰田大地转会至德国足球甲级联赛的法兰克福足球俱乐部 ，同时因球队主力中后卫谷口博之重伤，鸟栖砂岩在夏季转会期中从韩国蔚山现代足球俱乐部引进了韩国国脚后卫郑升炫、从韩国全南天龙足球俱乐部引进了中场安庸佑、从东京足球俱乐部引进了中场河野广贵。在2017赛季，因整个赛季的客场战绩不佳（仅有2胜），鸟栖砂岩在J1联赛中排名联赛第8名。

2018年，鸟栖砂岩在主教练马西莫·菲卡登蒂留任和主力球员基本全部留队的基础上，将中场原川力从川崎前锋买断，并从德国杜塞尔多夫足球俱乐部U19梯队引进中场伊藤辽哉、从京都不死鸟足球俱乐部引进后卫高桥祐治、从东京绿茵足球俱乐部引进边后卫安在和树、从神户胜利船足球俱乐部引进原日本国脚高桥秀人、从保加利亚扎戈拉贝罗足球俱乐部引进原日本国脚加藤恒平。同时，鸟栖砂岩当家前锋丰田阳平被租借至韩国蔚山现代足球俱乐部。由于赵东建、伊瓦尔沃以及郑升炫等球员出现不同程度的伤病，鸟栖砂岩在联赛上半程战绩不佳，并创下联赛7连败的队史J1联赛最长连败纪录。6月7日，丰田阳平从蔚山现代结束租借，返回鸟栖砂岩。7月6日，鸟栖砂岩从长崎成功丸足球俱乐部租借引进后卫干大知。7月10日，鸟栖砂岩引进原西班牙国脚前锋费尔南多·托雷斯。7月24日，鸟栖砂岩从鹿岛鹿角引进原日本国脚前锋金崎梦生，同时后卫郑升炫转会至鹿岛鹿角。8月2日，鸟栖砂岩从阿联酋阿拉伯海湾联赛的迪拜胜利足球俱乐部租借引进了黎巴嫩国脚中后卫琼·奥马里。10月18日，在J1联赛第29轮鸟栖砂岩主场以0：1的比分不敌湘南美海足球俱乐部、位列联赛倒数第三之后，鸟栖砂岩俱乐部决定与主教练菲卡登蒂提前解约，由鸟栖砂岩U18梯队主教练金明辉代行鸟栖砂岩主教练一职。在J1联赛的最后5轮，金明辉带领鸟栖砂岩以3胜2平的联赛不败战绩最终位列J1联赛第14名，成功保级。

2019年，鸟栖砂岩聘请原巴塞罗那足球俱乐部球员路易斯·卡雷拉斯作为球队的新主帅，代理主教练金明辉作为助理教练进入教练组。因J联盟放宽外援的联赛注册限制，鸟栖砂岩在冬转窗口引进了西班牙边锋伊萨克·昆卡、克罗地亚中后卫尼诺·加洛维奇以及克罗地亚边后卫卡尔洛·布鲁西奇等外援球员。因球队门将权田修一转会至葡萄牙波尔蒂芒人足球俱乐部，鸟栖砂岩从东京足球俱乐部引进了门将大久保择生、从横滨足球俱乐部买断了门将高丘阳平。同时2018赛季球队队长吉田丰转会至名古屋鲸鱼足球俱乐部、中后卫琼·奥马里结束租借回归迪拜胜利足球俱乐部、中后卫金敏爀转会至韩国全北现代汽车足球俱乐部、前锋田川亨介转会至东京足球俱乐部、前锋池田圭转会至马来西亚联邦土地发展局足球俱乐部、门将赤星拓退役。

2020年2月6日，鸟栖砂岩俱乐部官方宣布，原广州富力队边后卫王嘉楠正式加盟球队。

2024年7月，清武弘嗣加盟鸟栖砂岩。8月10日，英冠伯明翰俱乐部官方宣布，21岁日本前锋横山步梦加盟英冠伯明翰，离队。10月，日职联第34轮，鸟栖砂岩客场0-2不敌京都不死鸟，提前4轮降级，队史首次降入J2联赛。

2023赛季一线队阵容，更新于2023年6月19日。

由细小的砂粒长年累月凝集而成的坚固“砂岩（日语：サガン）”，象征着每一个人的微薄之力可以集结成为对抗一切的强大力量。同时“砂岩（サガン）”也是佐贺方言“佐贺的（サガの）”意味。

综上所述，某些个人、网站和资料将“サガン鸟栖”译为“鸟栖沙岩”实际上是错误的译法，正确的译名应为“鸟栖砂岩”。

2005年1月30日，鸟栖砂岩俱乐部为了感谢佐贺县足球协会原理事长、佐贺大学教授坂田道孝先生对于鸟栖砂岩的创立及获得继续参加1997赛季JFL联赛及联赛杯·J联赛卫星联赛的资格所作出的巨大贡献，将俱乐部球衣的“17”号作为球迷号永久封存。“17”既是坂田道孝教授的忌日（坂田教授2000年1月7日因肾脏癌去世，享年54岁），也意味着球迷们是与赛场上11人首发+5名替补（当时规则，共计16人）一同战斗的第17位选手。这也是J联赛历史上的首个球衣号永久封存的案例。

2018赛季，鸟栖砂岩继续与美国球衣品牌New Balance合作，继续以“加速力”为主题设计了2018赛季的新球衣。

2018赛季的主场球衣以鸟栖砂岩传统的砂岩蓝水蓝色（R0%,G76%,B100%）为基调，并使用砂岩粉垂直细线线条构成尖锐棱角，来展现主场球衣的“速度感”。此外，球衣还使用了New Balance最新的“NBDRY”快速排汗技术，以维持球衣的干爽为在场上奋斗的球员提供最好的支援。

2018赛季的客场球衣以白色为基调，以“砂岩”为主题，将一块块方格状的“小型砂岩”聚集在一起，形成团结一致的“大型砂岩”，以此呼应队名“鸟栖砂岩”的内在含义。

2018赛季的守门员球衣在袖口增加了象征加速的纹理设计，以在对手射门前的瞬间快速出击反应来展现加速力。

因鸟栖砂岩为市民球队，且地理位置较为偏僻，故鸟栖砂岩的赞助商大多数都为本地的地方企业或是社长为佐贺县出身的大企业。以鸟栖砂岩的3家主赞助商为例：

2015年，在赞助商Cygames的策划下，鸟栖砂岩与Cygames开发的手游《偶像大师灰姑娘女孩：星光舞台》进行联动活动。

2017年，在赞助商Cygames的策划下，鸟栖砂岩与Cygames投资的动漫《YURI!!! on ICE》（中文译名：冰上的尤里）进行了联动活动。

鸟栖砂岩的主场是鸟栖球场（英文名：Tosu Stadium；日文名：鸟栖スタジアム）鸟栖球场是一座专业足球场，于1996年建成，可以容纳24490名观众。球场旧址原为旧国铁（现JR九州）鸟栖铁道停车场，1986年旧国铁民营化改革后该地皮被鸟栖市政府买下，后鸟栖市议会决定为引进一支职业足球队用该地皮建造专业足球场，鸟栖球场也就由此诞生。因球场与鸟栖车站之间仅一条铁路相隔，故从鸟栖车站步行3分钟就可以到达鸟栖球场。鸟栖球场原为鸟栖市地域振兴财团运营管理，现由鸟栖市政府所有并直接管理。

因福冈县的不动产会社站前不动产于2019年买下鸟栖球场的冠名权，所以鸟栖球场的冠名名称为站前不动产球场（日文：駅前不动产スタジアム），但在举办亚足联相关比赛时球场名称会变回为鸟栖球场。