闰十月，荷军发动作最后一次攻击，但仍寡不敌众，之后又有日尔曼佣兵逃脱向郑成功说明堡内荷军士气低落，并指出夺取热兰遮城，必先取卫星碉堡乌特勒支碉堡（在今安平第一公墓），夺取碉堡就可居高临下炮击热兰遮城最脆弱的四角附城。郑成功在月着手准备攻城计划。

十二月初六日（1662年1月25日）郑军在鲲鯓半岛发动总攻击，以大炮不停轰炸，当日即发出2500发炮弹，其中1700发左右打向乌特勒支碉堡，几乎将之夷为平地，荷兰守军被迫自行炸毁碉堡残余部分后撤退。此役彻底瓦解了热兰遮城内守军的士气，两天后大员评议会决定议和谈判。

大员长官揆一在同年十二月十三日（1662年2月1日）签字于缔和条约投降，至此，台湾台江领地，尽落明郑之手。

参见：永历帝、承天府

郑成功在大陆发展时，曾获南明永历帝特准设置六官方便施政，并可委任官职，武官最高许达一品，文职可达六部主事。

1661年，郑成功将已收复的台湾赤崁地方改为“东都明京”，并在台湾设立了承天府和天兴、万年二县。为解决兵粮问题，令诸将士寓兵于农，按镇分地、按地开垦。到了郑经时，采陈永华之议，建立完整的中央政府体制，体制层次分明。

郑成功来台后，依然优礼明朝宗室，接待鲁王世子朱弘桓、泸溪王朱慈旷、巴东王朱江、乐安王朱俊、舒城王朱著、奉南王朱熺、益王朱锆等宗室到台湾。1663年（永历十七年），继位延平王的郑经也迎宁靖王到台湾，在承天府府署（今台南市赤崁楼）旁的西定坊建立宁靖王府邸，并供岁禄。每次拜封官员，都请宁靖王朱术桂和其他宗室在旁观礼，以示尊重体制。

明郑在政治上以明朝之一部自居，奉南明永历帝为正主，以永历为年号，但实际统治者为延平王。

参见：郑经靖难

1661年（永历十五年），清廷颁布迁海令，自山东至广东沿海二十里，断绝郑成功的经贸财源；毁沿海船只，寸板不许下水；同时斩郑成功之父郑芝龙斩于北京菜市口；挖郑氏祖坟；永历帝也在缅甸遇害。

郑成功接连听闻噩耗，加上在台将士水土不服人心惶惶，其子郑经又在澎湖与乳母私通，使得郑成功内外交逼，于1662年（永历十六年）五月初八急病而亡，死前大喊：“我无面目见先帝于地下”，抓破脸而死，年仅39岁。

郑成功去世后，黄昭、萧拱辰等人以郑经得罪先王不得继位为由，在安平拥立郑袭（郑成功六弟）为王，将军马信、黄安不从。赏勋司蔡政奉郑成功之袍入厦门，洪旭等人遂拥郑经为王。同年11月，郑经命周全斌为五军戎政，亲率陈永华、冯锡范等人入鹿耳门。右虎卫黄安闻讯后，率师前来会合，进王城诛杀黄昭、萧拱辰等人。事后，郑袭遭郑经押回厦门软禁。

嗣位之争结束后，1663年初，郑经以洪旭守厦门、郑泰守金门。郑经听说郑泰与之前拥立郑袭为王的黄昭有书信往来，便怀疑他亦参与逆谋，因此欲召见他，郑泰却称病不见。参军陈永华以郑经将回东宁为由，委任郑泰为“居守户官”，铸印送至金门并邀郑泰入厦门饯行。7月10日，郑泰率兵船赴宴，被郑经扣留软禁，船舰皆为周全斌所并，只有蔡璋逃回金门。郑泰之弟郑鸣骏与子郑缵绪率部属及家眷入泉州投降清朝，郑泰闻讯后自缢。

郑经取得王位后，仍驻守在厦门。但是由於清朝政府实行“迁界”政策以来，沿海30至50里地区沦为荒地，使得郑氏家族控制下的“山路五商”无法获得出口物资以供应“海路五商”，厦门失去了物资和情报来源。1663年10月，清荷联军部队围攻金门、厦门，郑军节节败退。1664年（康熙三年）三月，郑经放弃闽南沿海各岛，全面撤兵退守台、澎，于初十日抵达台湾。这次退守台湾，可说是郑氏所代表的南明抗清势力的总撤退，不仅郑经所辖的军队、官员都撤入台湾，明朝的缙绅遗老，也随郑经来台，此批入台总人数约有7000人。

郑经退守台湾后，虽然仍奉南明的永历年号，但是他的政权本质，与郑成功时代显然不同，而俨然以独立王国的姿态出现。诚如学者陈春生所说的，郑氏政府虽是明朝政府的延长，但其在台湾实际上已成为一个独立自主的国家。

明珠

到达台湾后，郑经继承郑成功的政策，分配诸镇垦荒，寓兵于农。在台湾建立行政体制，设立六部管理政务。任命洪磊管吏部、杨英管户部、叶亨管礼部、陈绳武管兵部、柯平管刑部、谢贤管工部。厚待明朝到达台湾的诸宗室，以王礼相待宁靖王朱术桂。在承天府起盖房屋，安插诸宗室及乡绅。

1664年（康熙三年）八月，升天兴县与万年县为天兴州、万年州。又於澎湖安抚司外加南北路两安抚司，这是东宁王国的一府、两州、三司。以陈永华为总制，掌理国政，陈永华治国方法与目标为：十年成长，十年教养，十年成聚，三十年与中国相甲乙。陈永华善治国，督诸镇垦田，栽种五谷，插蔗煮糖，修埕晒盐，广事兴贩，国用日足。又采纳陈永华“建圣庙，立学校”的建议，并以陈永华为学院，“自此台人始知学”。还接纳洪旭“文事、武备，两者不可缺一”的建议，令各镇于农隙时教习武艺，“春、秋操练阵法”；并檄各镇，入深山采办桅舵，修葺、兴造船舰。平时装载货物，兴贩各国。从此，“台湾日盛，田畴市肆，不让内地”。

，而停止供应他们的生活费，使得宁靖王沦落到竹沪（今高雄县冈山一带）开垦。

当时，英国和西班牙先后遣人来访，郑经许其通商，但拒绝西班牙在台设教的要求，并面告西班牙使者：华人到吕宋（菲律宾）经商，“不许生端勒掯”，“苟背约，立遣师问罪”。1667—1669年（康熙六至八年），清廷又两次派人到台湾议抚，郑经均坚持“照朝鲜事例”，和议均未成。

参见：三藩之乱

1674年4月21日（康熙十三年），耿精忠响应吴三桂发起的三藩事变，以提供战船给郑经，换取出兵，郑经答应。五月，郑经从台湾出发，抵达厦门，要求耿精忠将漳州、泉州交给自己。耿精忠这时已经拥有整个福建，认为郑经兵力太少，早已取消和他共同作战，拒绝郑经的要求。郑经于是占领海澄、同安，耿精忠则以断绝和郑经贸易作为报复，双方开始交恶。

但是泉州、漳州、潮州陆续投靠郑经，耿精忠见郑经声势逐渐高涨，向他交涉，希望将泉州交还，郑经不允许。耿精忠决定用武力夺回泉州，郑经派刘国轩于涂岭（今泉港区涂岭镇）击退耿军，接着又为了争夺漳浦而发生战斗。直到永历廿九年（1675年）正月，耿精忠履行之前的约定，提供5艘战船给郑经，并以枫亭（今仙游县枫亭镇）为界线，北方属耿精忠、南方属郑经，双方才停止斗争。

郑经虽于之前两次击退广东的清军，仍然有潮州府的辖县不肯服从。与耿精忠和解之后，郑经打算南征潮州，他先派刘国轩击败尚之信，自己率军抵达海澄。这时漳州守将黄芳度私底下和清朝联系，郑经怀疑他的忠诚，要他出城和自己见面、或者是派兵一同进攻，这两项命令黄芳度都不服从，并于六月举兵反抗。郑经亲自包围漳州，于十月初六（11月22日）将漳州攻陷，迫使黄芳度投井自杀。为了报复黄梧破坏郑家祖坟，郑经车裂黄梧、黄芳度的尸体，黄芳度留在漳州的族人都被处死。

1676年（康熙十五年），尚之信再次遭郑军击败，只得加入三藩反清阵营，并将惠州割让给郑经。这时郑经已经拥有漳州、泉州、潮州、惠州四座首府，但附近都是盟友，没有清军的领土让他夺取，因此容易因领土争夺和盟友起冲突。五月，耿精忠打算会合吴三桂进攻江南，征召汀州总兵刘应麟出师，刘应麟不愿派兵，暗中联络郑经，攻下汀州。

这件事造成郑、耿同盟再次破裂，耿精忠面临郑、清包围，只好向清朝投降。少了耿精忠，郑经必须直接对抗清军主力，他先派3万人进攻福州，却于十月十五（11月20日）在乌龙江被清军击败，其他领地也相继失守，郑经只得退回厦门。

参见：东宁之变（东宁事变）

1679年，郑经西征清朝之际，听陈永华之请将王子郑克臧立为世子，并授职为监国，号监国世孙。由于其办事英明果断，颇有武王郑成功之风范，因此人称东宁贤主，但也因此得罪了王叔郑聪等人。

1680年，郑经西征无功而返，监国世子继续执政，并深得父亲郑经之信任，但后来总制陈永华去世，因此监国渐渐在政治上孤立无援。

1681年（永历三十五年），延平王郑经薨逝。逝世前，于北园别馆将监国郑克臧托付给刘国轩。

郑聪等人眼见郑经已薨，便与冯锡范、刘国轩等人联手向董太妃（郑经之母）进谗言，董太妃一时不察便下令收回郑克臧之监国印玺。得到董太妃允许后，刘国轩与冯锡范便领兵进入延平王府捉拿监国、囚禁于北园别馆，并于当夜遭郑聪等人刺杀。监国遭刺杀后，原意仅免监国职的董太妃亦无力挽回，遂命监国夫人陈氏将监国之尸送返延平王府、收敛守丧。丧毕，陈氏自缢。自责的董太妃也于同年6月去世。

董太妃死后，东宁大权落入外戚冯锡范与刘国轩之手，因此冯锡范立其婿郑克塽（次子）为王，民心从此涣散，明郑从此一蹶不振。

郑经的去世，郑克臧被弑，东宁民心涣散。而此时，明郑统治下的台湾在经济上、军事上也远非昔日可比。经济上，台湾已连续三年发生自然水旱灾害，粮食歉收，米价飞涨。多年战争的消耗，也使台湾府库空虚，财政拮据。为筹集粮饷，扩充军队，抵御清军的进攻，郑氏集团加强了对台湾各族人民的压榨和勒索，岛内阶级矛盾和民族矛盾空前激化，各种形式的反抗斗争时有发生。军事上，郑军在大陆沿海地区的作战中损失惨重，最后仅剩千余人逃回台湾。此时台湾、澎湖两地的郑军尚有5万余人，大小战船200艘左右，但军心涣散，士气低落，不断有郑军官兵驾船投奔大陆，向清政府投诚。

参见：清荷联军、澎湖海战

1682年（永历三十六年）9月，降清的原明郑大将施琅上疏康熙帝请求征台，康熙答应并授全军权予施琅。翌年6月，施琅奉康熙诏，进攻澎湖。经过澎湖海战后，七月中旬，施琅顺利击溃刘国轩海军，攻占澎湖。

澎湖海战后，郑克塽于廷上征众臣议，朝臣分成死守台湾、迁吕宋岛再战与降清三派。再战派以中书舍人郑得潇、建威镇黄良骥、水师镇萧武、中提督中镇洪拱柱等人为中心，向郑克塽以及冯锡范力主征伐吕宋、永保明郑国祚；然而，原本听从再战派的冯锡范却听信刘国轩的主和言论，最终选择投降清朝，而年幼无权的郑克塽也跟他一起投降了。

1683年（永历三十七年）九月；郑克塽采刘国轩建议，呈降表予清。明郑降清不久，许多在台湾的明朝宗室例如朱术桂等纷纷自杀殉国，冯锡范将郑克塽送交施琅，并提出“三不伤”请求，即清军入岛“不伤郑室一人，不伤百官将士一人，不伤台湾黎庶一个”。八月十三，施琅进入台湾受降。自此，明郑灭亡。

1684年4月，台湾（时为台湾府）正式纳入大清国版图，隶属福建省，下设台湾县，凤山县与诸罗县，总计郑氏政权在台湾只有短短二十几年的时间而已，但是因为其特殊历史背景，因此台海两岸以及日本的史界均对此关注，提出各种不同的观点。

清朝统一台湾之后，为了消除明郑政权复兴明朝的政治思想，废除明郑时期的府县地名，但对于台湾或守或弃，并无定议。当时靖海侯施琅向康熙皇帝上《恭陈台湾弃留疏》称：“台湾地方，北连吴会，南接粤峤，延袤数里，山川峻峭，港道纡回，乃江、浙、闽、粤四省之左护”，“弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉”，力主留台。疏上之后，得到大学士李蔚等人的支持，康熙皇帝乃决定将台湾纳入大清版图，设立台湾府，下辖台湾、凤山、诸罗三县，台湾作为指称全台的行政地名至此正式确立。

康熙二十二年（1683年）台湾平定后，清廷议政王等会议决议：将明郑后裔及伪官人等，安插直隶、河南、山东等省，但“郑克塽、刘国轩、冯锡范、陈允华乃贼中头目，不便安插外省，应将伊等近族家口，俱着遣来，编入旗下（应是内务府之谓）。”

施琅得知后权衡利弊，向朝廷上了《移动不如安静疏》，主张就近安插。奏道：“若行移驻，其间有眷口者不少，无眷口者亦多，远涉长途，不堪艰瘁，逃匿生患，所不能无。又沿途搬运，百姓有策应人夫之苦，经过郡县，官吏有备给口粮之费，所到地方有拨动民房之扰；开恳耕作，有应给牛种农具之资，又是一番苦累……”

这一意见既有利于稳定刚刚回归的台湾军民人心，又能节省大量人财物，于是康熙帝下旨改变了原来的决定，仅将郑、刘、冯及明裔朱恒等人遣京；其余郑军四万余名投诚人员发回原籍受职、入伍、归农，各听其便。

康熙二十三年（1684年）元宵节，为庆祝统一台湾，康熙帝赐封功臣；授郑克塽公爵（正黄旗海澄公）、刘国轩、冯锡范伯爵。

以军事专论，明郑活动区域多在闽浙一带，军事力量最大时候的1659年，以海军为主的郑家军有17万人之多精锐，并曾围攻南京。另外，1662年之前，延平郡王的军政中枢都是在厦门，即使在郑成功攻下台湾后，台湾仍只称“东都”。直至1663年，明郑政权实际领导人郑经才将政经中心从厦门移往台湾，并建立延平王朝廷，惟明郑统治辖域仍包含福建的金、厦两岛。

明郑有效统治区域只有今台南市大部以及嘉义县与高雄市沿海地区，台湾绝大部分地区依然由土著掌握，这是由于明郑汉人人口实在是太少而导致的。明郑灭亡时人口仍未达到20万，明郑一直对岛上大部分地区无法有效统治。

1664年4月，明郑于多次战役后，丧失金厦，明郑势力正式于中国大陆消失，转以台湾为最后根据地。同年，荷兰人出兵占领鸡笼（今基隆），郑军随后也于1665年进驻淡水，与荷军对峙。由于补给困难，贸易也始终无进展，1667年东印度议会以损失荷兰盾八万元为由，裁决撤出鸡笼，翌年7月将所有公司职员接回巴达维亚，自此荷兰人彻底放弃夺回台湾。

明郑除了拥有台湾地区部分领地外，也于1673年－1680年间，以军力占拥有对岸大陆闽南地区部分领土。

永历十五年（1661）郑成功光复台湾后，随即在当年五月规划行政区域，称全台湾为东都明京，在今台南一带设承天府，以北设天兴县，以南设万年县，这一府二县的设置是台湾第一次正式的行政区划。

永历十六年（1662）郑成功病逝，其子郑经继位。至永历十八年（1664）郑经重定行政区域，改东都为东宁，升天兴、万年二县为天兴州、万年州，增设南路、北路及澎湖三安抚司。

至康熙二十二年（1683）郑克塽降清为止，明郑皆维持一府二州三司的建置。郑经执政期间另将承天府分为东安、西定、宁南、镇北四坊，天兴、万年二州下设文贤、仁和、永宁、新昌、仁德、依仁、崇德、长治、维新、嘉祥、仁寿、武定、广储、保大、新丰、归仁、长兴、永康、永丰、新化、安定、善化、感化、开化等二十四里。这四坊二十四里的建置到清代台湾仍被清廷沿用。

咨议参军，又称为幕府，为延平王最高行政单位，总理政务、类似宰相之职。参军府辖下又设立六官（吏、户、礼、刑、兵、工），六官之下又设左右协理，协理之下为左右都事。另外，又设立察言司、承宣司、审理司、赏勋司、中书科、储贤馆、育胄馆等官僚机构。

1674年，郑经西征清朝，命陈永华为东宁总制，于六官之上；然而，郑经诸弟骄横难制，郑经因此于1679年立长子郑克臧为世子，并授职监国，于总制与六官之上，总理东宁国政。东宁之变后，冯锡范掌权，并以侍卫掌政，未设咨议参军以及东宁总制之职，而六官则继续实行。

1661年（永历十五年）郑成功攻入南台湾，五月占普罗民遮城，改赤崁地方为东都明京，台湾总地号为“东都”，设承天府，下辖天兴县、万年县二县，另设澎湖安抚司。其中，天兴县治设于佳里兴（今台南市佳里区），辖区涵盖今嘉南至台北的台湾西部区域；万年县县治设于二赞行（今台南市仁德区二行里），辖区除了包含台南一部外，也涵盖高屏地区。虽然辖区涵盖的范围甚广，但实际上郑氏政权对大部份区域毫无控制权。而于行政区划定后，郑成功即派杨朝栋担任府尹、庄文烈及祝敬分别担任天兴县知县及万年县知县。这是台湾首度实施郡县制度。

郑成功薨逝后，继位的郑经于1664年（永历十八年）改东都为东宁，东宁成为全台湾的称呼。同时，他又将承天府辖下的天兴万年两县改制为州。承天府典两州下，又增设三安抚司（澎湖安抚司、南路安抚司、北路安抚司）、四坊（东安坊、宁南坊、西定坊、镇北坊）、二十四里及数量不等的台湾原住民社。其中，澎湖安抚司、南路安抚司、北路安抚司设安抚使，州设知州、坊设签首、里置总理。其中，签首及总理两职负责如：户籍、迁徙、婚嫁、出生、死亡等基层民事，并规定按时汇呈州府。

明郑于1661年（永历十五年）改赤嵌地方为承天府，作为最高地方行政单位，以承天府府尹主其事。1664年（永历十八年），承天府被郑经所废，承天府府尹亦裁撤取消。

1674年（永历二十八年）明郑设立东宁总制，作为郑经在三藩之乱期间前往中国大陆征战时，总制台湾之用。担任此官职的为陈永华。而在郑经于大陆的军事行动失利回台后，东宁总制仍持续保留。

1680年（永历三十四年）五月，陈永华因病辞卸该官职，并于同年七月逝世。之后，即无人担任该官职。

明郑军队为郑芝龙所创立的私人军队，后来归郑成功掌管，并曾於中国南方发动过两次所谓“北伐”。郑成功在治军上非常的严苛，对于怯战者、畏战者、贪渎者、叛逆者都是杀无赦，而且常常株连全家。从1649年起至 1661年未攻打台湾前，郑成功所诛杀的将吏就有75员，因此明郑军队有“怯者不敢独退，勇者不敢独进，胆勇成列，心力俱齐”的描述，在与清军的对阵当中，胜率极高。

据估计，明郑兵力达20万，拥有超过三千艘船的船队，成为中国东南海洋世界的唯一强权。

郑成功与陈永华、郑经、刘国轩经营的屯兵态势或军事规模是台湾首见。1661年（永历十五年），郑成功除固守金门数万水师之外，亲自率领约25000名士兵攻打台湾岛大员，打败荷兰东印度公司的部队，展开对于台湾的统治。明郑军事制度与组织渊源复杂，且经多次变革。如简化之，其官职大约可分为五军戎政（五军戎务）、总督军务、管军提督、将军、亲军卫镇、陆师镇、水师镇及监军数部份。

攻台前的明郑军队，主要使用福船，亦称大船。这种船有如此的描述：“为楼三层，乘风冲击，不可遏抑，其高若墉不可抑攻；其坚若铁石，矢石不能贯，炬不可爇”。当时明郑于中国东南沿海有着绝对的制海权，没有向明郑缴交过路费的外国商船几乎不可能通行。

曾攻打过南京的明郑军队于未据台前，于1640年代大本营即驻于厦门，其编制为内司镇（藩主直辖） 前镇、后镇、一镇、二镇、三镇、四镇、五镇、楼船镇、左、右武卫营、左、右虎卫营、骁骑镇（骑兵营）、神器营（炮兵营）、亲丁镇等。

攻下台湾的明郑军队，随郑成功去世及丧失金厦据点后军力大幅受损，除郑经于闽南西征所建立的军队外，以屯兵方式为主的台湾明郑时期军队约数万名。并於台湾如简化成五军戎政（五军戎务）、总督军务、管军提督、将军、亲军卫镇、陆师镇、水师镇及监军数部份。

1683年（永历三十七年）明郑覆灭后，郑军将领与军队悉数被强迫内渡中国大陆，而据《钦命太保建平侯郑造报官员兵民船只总册》，据守台湾的官兵共有37500名。

在经济方面，明郑于台湾经济史仍占有一定比例，该时期是台湾农业发展的奠基时期。其中，以经贸与农业为主。

郑氏据台目的在於以台湾为根据地以便光复大陆，养军系其据台最迫切的大事，为了寓兵於农，实施屯田制，於是任凭部众圈地占田。虽然他的圈地运动有明令「不许混圈土民及百姓现耕田地」，但这只是文字功夫而已，实际上无论「文武官田」或「营盘田」多的是侵占平埔族社土而来的，诚如《海上见闻录》所说的：「以各社土田，分给与水陆诸提镇」。当初荷人要建造商馆，还知道向新港社人买地，现郑氏统治集团则肆行圈地占田。

农业经济方面，为了解决军队兵粮问题，不论郑成功或郑经基本上都贯彻“寓兵于农”的策略，也是诸将士平日分散各耕地，按镇分地、按地开垦。这种具有营盘田、文武官田的土地私有制，于定则征赋的经济模式下，大量提供经济产能。根据统计，包含承袭荷据已开垦的“王田”、后续开发的营盘田、官田、私田等，明郑时期拓垦的田地超过一万八千四百五十四甲以上。此等经济开发，虽造就农耕文化盛行的汉人，但郑氏王朝扩张领地的行动，却也同时让台湾原住民面临比荷据时期更严重的生存危机。军屯的发展很大程度上解决了郑氏军队军需粮饷供应难题,并较好地保持了部队战斗力,促进了台湾当地的经济发展和民族融 合,从而有效地抗击了清军,维持了郑氏政权的生存。

为了军需民食，台湾农产重心由糖转米，这个农业经济的性格转变直至今仍影响台湾。1665年，陈永华的农业水利更促使汉人移民至今高雄的方向发展。除此，陈永华引进同安制盐法至台湾来发展盐业经济，除此尚有鹿皮、鹿角、鹿脯等土产的外销，因此多鹿的台湾，来自原住民团体的捕鹿业，也是早期台湾的重要经济产业活动。

郑经主政后，陈永华的中央政府体制，除了可以行使及于全岛的行政力量，体制层次分明，让南台湾成为一独立于清朝的大明基地，也着实变成一个个别经济体。由于贸易对象众多，因此流通东宁的货币可以分为银币与铜钱二类，银币又有银元与银锭二者。银元主要是西班牙银元，于荷兰与西班牙时期大量进入台湾流通。东宁建国后，银元持续流通，依外型与重量主要分为剑钱、圆钱、方钱以及茇等类型：

银锭则是来自中国大陆，由郑氏携入台湾。东宁户官杨英，曾遣人前往麻豆社、新港社、目加溜湾社以及萧垅社，以银锭交易买籴禾粟。铜钱则主要来自东方世界，主要分为永历通宝、宽永通宝以及宋代古铜钱三种：

郑芝龙初建明郑势力后，立即成为海上霸主。明朝郑氏的崛起，虽影响到荷兰人的贸易，让荷兰人数度联合其他势力功击郑芝龙，但郑氏势力仍持续扩张。其规模史载叙述形容：“凡海舶不得郑氏令旗者，不能来往。每舶例入三千金，岁入千万计，以此富敌国，自筑城安平镇”； “从此海氛颇息，通贩洋货，内客外商，皆用郑氏旗号，无儆无虞，商贾有二十倍之利，芝龙尽以海利交通朝贵，寖以大显”“八闽以郑氏为长城”，至此，明郑势力的通商范围广及：大泥、浡尼、占城、吕宋、魍港、北港、大员、平户、长崎、孟买、万丹、旧港、巴达维亚、麻六甲、柬埔寨及暹罗，

1661-1683年间，台湾海峡两岸分别为清朝和郑氏政权所统辖，尽管居住在海峡两岸的 人们在政治上是对立的，可正是由于政治上的原因，加上经济上的原因和人文方面的原因，当时海峡两岸的海上交通去是相当繁忙的，但大多数与军事活动有关。在 清政府实行严厉的封锁政策下，人们克服了制约海峡两岸海上交通的各种因素，两岸的交通和贸易活动始终没有停止过。

郑经退守台湾后，试图透过贸易来提升国力。因为清朝实施迁界令，他接受陈永华的提议，贿赂清朝将领进行走私。由沿海流民负责转运货物，当时台湾的汉人男多女少，甚至进行妇女的人口贩卖。流民也负责替郑军据守岛屿。

郑经积极拓展国际贸易，因此派出使节团至万丹（Bantam，今日的西北爪哇）邀请英国东印度公司来东宁进行贸易通商并给予英方优惠礼遇。1670年（永历二十四年）6月3日，英方船舰万丹号（The Bantam Pink）与珍珠号（The Pearl）航抵台湾。同年9月10日，英方指挥官克利斯布（Ellis Crisp）与郑经签署非正式通商协议。

1672年10月13日，郑英正式缔结条约。此条约对英方来说是为了拓展国际贸易版图，而郑方则是为了取得军火以增强军事力量。英国人也帮助郑军训练炮兵，郑经还借用英军炮兵作战。虽然双方签订通商条约，但英国东印度公司却因郑方对货品的种种限制而经营不善。1681年，英国人关闭台湾商馆，仅留一人代理清理债务。双方关系遂告一段落。

德川幕府是郑氏王朝重要的贸易伙伴，台湾大量输入日本银、铜、铅、盔甲，以支援战争的需要，双方的贸易量在1665年到1672年达到高峰， 而为了加强郑、日的贸易关系，郑经允许日本商人住在基隆。

荷西统治时期的台湾汉人最少大约也有5到6千多人，荷兰统治后增加到大概1万多人。 1650 年增加到大概1万多人。到了郑成功时期，由于驱逐了荷兰人，又大量消灭中部大肚王国的平埔族叛乱，使人口锐减，但带来的军民使人口又增加到了3万多人，来到台湾的汉人都是追随郑成功从福建反清复明的郑军部队。1680年明郑末期，台湾人口20万人。

明郑汉人人口过少导致明郑政权实际统治区域只有台南沿海一带，台湾大部分地方还在土著的手里。尽管郑氏水师东亚第一，但由于缺乏后备力量，别说光复大明，连保住明郑不被清朝和西方殖民军所灭都很困难。

伴随着郑成功收台，一批饱学之士也随之迁来，他们为中华文化在台湾的传播做出了开拓性的贡献。郑成功、郑经父子及其后裔，在移植并推行大陆封建生产方式的同时，还兴学校、开科举，大力发展文化教育，改善了台湾的社会环境。

郑成功去世后，继承者郑经与明郑主要官员陈永华积极从事台湾教育工作。1666年（永历二十年），陈永华于承天府建造全台湾第一座孔庙（今台南孔庙），并在孔庙左厢内设置太学，即今该地全台首学由来，这也是全台湾的第一所由官方出资兴办的求学场所，名字称为官学，又因为设于孔庙内又称为儒学。

在选才方面，于各社设学校，八岁入小学，教授经史文章。天兴、万年二州，每三年举行科举考试。通过州试者可参加府试，通过府试者又可参加院试，各试策论，取三试皆通过者入太学。月课一次，给廪膳。三年大试，拔其尤者补六科内都事。

对於原住民「番童」的教育，东宁王国当局也一样在辖下的「番社」设立学校，教以儒家的内容及价值观，所使用的语文当然是汉语，不再是西拉雅人自己的新港文。平埔族西拉雅人的文化语言，开始受到侵害。受影响最深的是承天府（台南）以北的数个大「番社」—新港、麻豆、萧垄、目加溜等社，这是荷兰时代的基督教布教重点区，显然陈永华要扫除基督教的异端影响，施以中国文化的正统教化。荷兰人为传播基督教文化，让平埔族西拉雅人有了自己的文字，保留自己的语言；中国文化一进来，平埔族却要开始面对自己语文沦丧的危机。

平埔族在荷兰时代曾因不满荷兰人的统治，发生过数次反抗事件。郑成功攻打台湾时，有些平埔族对郑氏寄予厚望，还发生过杀荷兰人以迎郑军的情事。可是郑氏政权进入台湾后，统治平埔族，却比荷人更加酷烈。

在清廷控制全中国的过程中，由于强制推行剃发易服、圈地等政策，遭到了各地汉人大规模的武装抵抗，导致了清军的血腥镇压，尤其以江东、江南一带为残酷，如扬州十日、嘉定三屠。

汉人古代移居台湾即着汉服，至明郑治台期间，台湾汉族居民其衣饰也遵循着传统的明朝之制，与已为满族所统治的中土，所施行的满式服饰制度有别，而形成两种不同的衣饰文化。所以不论是郑成功所穿着的胄甲战袍；或是头戴折上巾冠帽、翼善冠，身穿宽衣宽袖的交领官袍。还有协助郑成功担任策士的通事何斌（客家籍），他头戴四方儒巾，身穿宽衣交领大襟袍，也都是明代的式样的汉服。

1650年代后，清朝多次尝试与明郑政权和谈，但从郑成功以至郑经，服制问题始终是明郑与清朝双方谈判时，所重视的条件之一。

1683年（康熙二十二年）明郑降清，台湾汉人的衣冠服仪制度也有所转变，根据文献的记载：

从这段内容中得知明郑最后一位继承者郑克塽被招抚的过程。郑克塽已知政局大势已去，于是借由遵循满族男士衣冠制度中的“薙发令”，以表彰归降于清朝的心意。往后，台湾汉人的传统丧礼中，遂产生戴笠登椅之套衫仪式，俾使完成灵魂上不见清朝天、下不踏清朝地之意愿，以表世守“东宁”王国正气，未受满人之侮辱。

暂无史料可证明郑定有“国语”或“标准语”。但据“郭弘斌：郑氏王朝”披露，明郑时期，当时民间普遍使用的的语言应是闽南话的泉州腔，并形成一个以闽南人为主体的社会体系。且根据荷治时代的台湾人民、地名等音译，与闽南语相同。如Zeelandia（荷文意为海中之地）译为热兰遮，Coyett为揆一（最后一任荷驻台长官）、Tyawan为台湾等。后来渐渐吸收部份原住民族语、荷兰语、日语等而成为今日的台湾闽南话（台湾人称为“台语”）。

不过当时中国官僚阶层通行南京官话，而明郑部分将领有曾在南明朝廷任职的经历。部分明郑官员应该有使用南京官话的能力。台湾客家话亦通行于客家地区，客家人于荷治时期即已渡台（例如荷兰通事何斌），郑军中亦有多位客家籍将领（如刘国轩）随同郑成功攻取台湾。

郑成功：《延平二王遗集》。

郑经：《东壁楼集》、《延平二王遗集》。

朱术桂：《绝命词》。

沈光文：《文开文集》、《流寓考》、《台湾赋》。

王忠孝：《王忠孝公集》。

徐孚远：《钓璜堂存稿》。

杨英：《先王实录》

1662年，郑成功在台湾建立政权，不少闽粤（福建、广东）居民纷纷来台，台湾成为闽粤汉人的移民目的地之一。因此，带来了闽南、广东的民间音乐。例如：说唱、南管、北管、歌仔（歌仔戏的原型）、布袋戏、客家八音。

明郑政权收复台湾，在渡台遗民情绪上引发了双重反应：一是夺回失地的民族自豪感；二是败退于清军的失落感。此种反应及于台湾诗坛的影响,则是出现了一些诗情昂扬的作品，这打破了自沈光文以来全面抒写悲情的局面，但未能从根本上改变抒写悲情的主线。之后，郑经失政、明政渡海西征，郑克塽降清，使得台湾诗歌抒情再经悲喜交错，最终回到悲情的老路上。此种创作情态是明郑政权直接作用于诗人心态的结果。

由于明朝极重视代表众星拱辰的真武玄天大帝，奉玄天上帝（上帝公）为护国之神。故明郑亦将明朝“护国家神”真武大帝奉为王朝守护神；香火传入大员后大力兴建真武庙，促成来台汉人热切信仰真武大帝；其中位阶最高的台南北极殿享有“大上帝庙”美誉，为官阶最高之大庙，敬以春秋两大祭。当时中国大陆渡来汉民、兵士、商船航行海上需依靠北极星以进行船舶导航，因此来台汉人亦多数信奉上帝公。

清王朝攻台是利用当时相对少数的妈祖信仰，对明郑官兵发动心理攻势，因此明郑灭亡后，清廷便大肆在台宣扬妈祖神迹，贬低原有的真武信仰与庙宇位阶。故明郑盛行的玄天上帝延至清治时代中叶后逐渐不及于妈祖。日后清王朝遂利用妈祖信仰之宣传战对付各种抗清运动，历经日据时期民间对传统信仰的凝聚力，最终使妈祖成为信仰主流。

除了祭祀政教地位的真武玄天大帝的武庙、孔子的文庙，郑氏另外又祭祀教人忠义、商业之神的关帝庙；关帝庙数量更是当时之冠。仅设民庙者为送子观音、去魔除煞的观音庙；保身家康健的大道公庙；以及主祀东岳大帝的东岳庙。

台湾在荷兰统治时期与基督教密不可分，研判当时已有不少汉人新教徒及新港社原住民新教徒，代表人物为郑成功在台通事何斌。随着荷兰东印度公司败退离台后，基督教也与荷兰人一起退出台湾，在台湾传播首度中断。

明郑时期在台湾设立土官。该制度适用的范围为归顺明郑的台蟹湾原住民族社，其中以“熟蕃”称之的平埔族各族社居多。

明郑于原住民部落中遴选可负责协调的首脑人物，充当明郑与该原住民的沟通管道。其遴选方式可能是由官方指派，亦可能由部落住民推选。而选出的土官并非该族社部落酋长，于两造之间也没有任何绝对的权力。

在配置数量上，此土官于小型的族群“蕃社”中可能只有一名，大社则会设置正副两名。选出后，明郑会给予该土官身分证明或牌照，其权限与任务为约束族群与负责族群行政业务。另外，土官也要经由汉人担任的通事来与官方沟通。整的来说，土官的权利与威望既不能与族群酋长相比，也无法跟通事比评。

参见：刘国轩屠村事件

郑氏政权变荷人的间接统治为直接统治，平埔族人不能忍受郑氏政权的奴役时，反抗就起来了。如1661年大肚社之役（此大肚系在赤崁一带）、1670年沙辘社之役、1682年竹堑、新港等社之役。然而，弱势的平埔族，每一次的反抗，只有引来更残酷的屠杀。其中最凄惨的，要算是沙辘社了。沙辘社原本有数百人，可是被郑成功的部将刘国轩一进去之后，杀得只剩下六人。连小孩都不留。诚如潘英在《台湾平埔族史》一书中所中的：郑氏对平埔族而言，不仅是第二个外来政权，而且是不公不义的暴虐政权。

永历十九年（1665年）四月，清荷联军进攻澎湖，却遇到台风无功而返。清朝因此放弃进攻台湾，恢复和郑氏王朝谈判。

郑经曾写信给其舅董班，称台湾“幅员数千里，粮食数十年，四夷效顺，百货流通，生聚教训，足以自强。又何慕于藩封？何羡于中土哉？”。故在1667年7月和谈中，郑经声称台湾“非属（中国）版图之中”、台湾“东连日本，南蹴吕宋，人民辐辏，商贾流通。王侯之贵，固吾所自有，万世之基已立于不拔”。而此观点并非郑经所有，明末也有人持有这种观点。

1669年和谈中，郑经又强调郑氏占据台湾，是“于版图疆域之外，别立乾坤”，又说台湾“东宁（台湾）偏隅，远在海外，与版图渺不相涉”两次谈判中，郑经都以不接受剃发为由拒绝。康熙帝允许郑氏封藩，世守台湾。郑经却仍然强调：“苟能照朝鲜事例，不削发，称臣纳贡，尊事大之意，则可矣”，这一点触及了康熙帝的底线，他答复：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从未所有之外国，郑经乃中国之人”，谈判因此最终破裂。

1677年和谈中，清朝康亲王杰书向郑经许诺，如果郑军撤离大陆沿海岛屿，退守台湾，就答应台湾变为藩属，与台湾“通商贸易，永无嫌猜”。

1678年3月10日（康熙十七年二月十八），郑经派遣刘国轩先攻下虎渡桥，切断漳州、泉州的联系，经过约3个月的包围，于7月28日（六月初十）攻陷海澄，但接下来在漳州、泉州一带的战斗，都没取得决定性的胜利，战况出现僵局。1678年和谈中，清朝将领赖塔给郑经信称，如果郑军肯退守台湾，则“本朝何惜海外一弹丸之地”，郑氏可永据台湾，“从此不必登岸，不必剃发，不必易衣冠。称臣纳贡可也，不称臣，不纳贡亦可也。以台湾为箕子之朝鲜，为徐福之日本”。十二月，清朝再度恢复迁界令，北从福州、南到诏安的沿海都设立要塞， 并且盖围墙当作界线，使得郑氏王朝的商业活动大受打击，无法再透过贿赂清将进行交易。经过多年的征战，郑氏王朝的财务已经严重透支，军队又缺乏补给，郑经只得放弃东南沿海的所有据点。

1680年（康熙十九年）正月，清福建水师提督万正色率舟师进攻金、厦。郑经以右武卫林陛督师抵御，刘国轩部亦自海澄来援，战皆不利，郑经率诸将回台湾。其母董夫人见而责之曰：“七府连败，二岛亦丧，皆由汝无权略果断，不能任人，致左右窃权，各树其党。”郑经无言以对。秋八月，清贝子赖塔复致书郑经，准照朝鲜事例，“不剃发，不登岸，称臣入贡，俾沿海生灵永息涂炭”。郑经复书，请如约，请要求留海澄为互市地。福建总督姚启圣不许，和议又再次搁置。

1673年，三藩之乱爆发，继承郑成功於台湾建立政府体制的延平王郑经，接受靖南王耿精忠请援，率军由台湾西渡福建。郑经先调遣兵万人、船百余艘先行至厦门，耿军派人往接。开始时，郑军军容不似郑成功时代之壮盛，耿精忠一开始甚为轻视。但郑经以厦门为根据地，陆续攻下漳州、泉州与潮州三府，进而攻下闽粤交接的重要据点惠州。郑经于攻下多座城市，商请耿精忠如约拨船及地方安插兵士。耿精忠不答，双方开始交恶。

1680年代始，广东平南王尚之信、福建靖南王耿精忠相继为清军所平定，云南平西王吴三桂亦死亡，明郑势力败退仅能守住厦门。1680年，清将万正色遣人游说郑军水师副总督朱天贵（原为耿精忠部将）率舰300艘，将士2万馀人降清，郑经放弃厦门并率残馀兵力回台，至此，明郑在闽南的势力再度消失。

郑经没有利用三藩之乱郑军渡海西征，占有闽南粤东一带的有利机遇，从大陆移民由于迁海令和战乱产生的大陆汉族流民充实湾岛，可以说是一大失策。也导致了郑经渡海西征失败后明郑一蹶不振。

英国东印度公司也因郑经的邀请前来台湾，双方于1672年签订通商条约。郑经因此透过英国获得火药和兵器，英国人也帮助郑军训练炮兵，郑经还借用英军炮兵作战。

永历三年，郑成功復遣使乞师日本。是时日本方行锁港之策，文恬武嬉，不欲有事国外，幕议不可，唯时馈军糈以助之。及克台后，日人之在台者，礼之有加。永历二十年，忠振伯洪旭以商船贩日本，购造铜砲、刀剑、甲冑之属，并铸永历钱。永历二十八年夏，为三藩之役，郑经至思明，命兵都事李德东聘，再作兵铸钱。而日本亦岁以宽永钱相餽，贸易繁盛。及郑氏亡，德川幕府亦严锁港，往来遂绝。

吕宋经略初，罗马神甫李科罗布教厦门，郑成功延为幕客，军国大事时諮问焉。克台之第二年，召之来。春三月，命赴吕宋，劝入贡，而阴檄华侨起事，将以舟师援也。既至，吕宋总督礼之。华人闻者，勃勃欲动，盖久遭西人残暴，思歼灭之，以报夙怨。事泄，西班牙人戒严。五月初六日，以骑兵一百、步兵八千，分驻马尼拉。凡华人商工之地，皆毁城破砦，虑被踞。而华人已起矣。鏖战数日，终不敌，死者数万，多乘小舟入台，半溺死，成功抚之。而吕宋仍俶扰，又虑郑师之伐也，遣使随李科罗入台。诸将议讨之，未成而郑成功病革矣。

永历二十年秋八月，吕宋总督遣使贡方物，且请传教。勇卫陈永华不可，命以中国之礼入覲，申通商之约。於是贩运南洋，远至安南、暹罗、噶拉巴，海通之利，国以日殖。

永历二十六年春正月，统领顏望忠、杨祥请伐吕宋，以为外府。侍卫冯锡范认为不可。

永历三十七年夏六月，清军破澎湖。诸将以台湾势蹙，不可居，议全师取吕宋。建威中镇黄良驥主其议，中书舍人郑德潜力赞之，出吕宋地图，指示险要。提督中镇洪邦柱愿为先锋，正总督刘国轩以为不可。冯锡范詰之，主张投降。郑克塽犹预，遂降清。南征之议，至今无有道者。

常见的“明郑”或“东宁”其实都并非郑氏王朝的国号，其国号沿用南明的“大明”国号。其中，东宁国的东宁二字并不是真有一个国家叫做“东宁”，东宁其实是地名，郑经从来没有正式宣布使用东宁为国号，记载中只称东宁为台湾的总地号。类似的情况，大略在同一时期越南的广南国也一样，虽然一般称其为广南国，但“广南”并非其正式国号。